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万見
- PDB-4ud8: AtBBE15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ud8
タイトルAtBBE15
要素FAD-BINDING AND BBE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOLIGNOL OXIDASE / FAD / BERBERINE BRIDGE ENZYME-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


coniferyl-alcohol dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の電子受容体を用いる / polar nucleus fusion / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / plant-type cell wall / embryo development ending in seed dormancy / plasmodesma / FAD binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 15
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.088 Å
データ登録者Daniel, B. / Steiner, B. / Pavkov-Keller, T. / Dordic, A. / Gutmann, A. / Sensen, C.W. / Nidetzky, B. / van der Graaff, E. / Wallner, S. / Gruber, K. / Macheroux, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Oxidation of Monolignols by Members of the Berberine Bridge Enzyme Family Suggests a Role in Cell Wall Metabolism.
著者: Daniel, B. / Pavkov-Keller, T. / Steiner, B. / Dordic, A. / Gutmann, A. / Nidetzky, B. / Sensen, C.W. / Van Der Graaff, E. / Wallner, S. / Gruber, K. / Macheroux, P.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-BINDING AND BBE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
B: FAD-BINDING AND BBE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,19714
ポリマ－119,4302
非ポリマー3,76712
水11,079615
1
A: FAD-BINDING AND BBE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5676
ポリマ－59,7151
非ポリマー1,8535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FAD-BINDING AND BBE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6308
ポリマ－59,7151
非ポリマー1,9157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.596, 94.742, 188.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FAD-BINDING AND BBE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN / ATBBE15


分子量: 59714.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FAD COFACTOR IS BICOVALENTLY LINKED TO THE PEPTIDE CHAIN VIA A COVALENT BOND OF HIS115 TO 8-ALPHA- METHYL GROUP AND CYS179 TO THE 6-POSITION OF THE ISOALLOXAZINE RING.
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PPICZALPHA / 発現宿主: KOMAGATELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: O64743

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 623分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.97167
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→47.38 Å / Num. obs: 67102 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 32.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 7.73
反射 シェル解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 3.2627 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D2H

3d2h


解像度: 2.088→47.371 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: A FEW RESIDUES POSITIONED AT THE N-TERMINAL PART COULD NOT BE MODELED INTO THE ELECTRON DENSITY MOST LIKELY DUE TO THEIR HIGH FLEXIBILITY (VAL43 AND SER44 IN CHAIN A AS WELL GLN40, SER41 AND ...詳細: A FEW RESIDUES POSITIONED AT THE N-TERMINAL PART COULD NOT BE MODELED INTO THE ELECTRON DENSITY MOST LIKELY DUE TO THEIR HIGH FLEXIBILITY (VAL43 AND SER44 IN CHAIN A AS WELL GLN40, SER41 AND ASP42 IN CHAIN B). NO CLEAR ELECTRON DENSITY WAS VISIBLE FOR THE SAME LOOP REGION (RESIDUES 301 TO 305) IN BOTH CHAINS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 3397 5.1 %
Rwork0.1835 --
obs0.1855 67070 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.088→47.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7919 0 248 615 8782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82511436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1363099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0878-2.11760.3438680.32351452X-RAY DIFFRACTION53
2.1176-2.14920.29061480.2472629X-RAY DIFFRACTION100
2.1492-2.18280.27611330.23462690X-RAY DIFFRACTION100
2.1828-2.21860.27641340.23432675X-RAY DIFFRACTION100
2.2186-2.25680.27471450.22312670X-RAY DIFFRACTION100
2.2568-2.29790.29421790.22372650X-RAY DIFFRACTION100
2.2979-2.34210.27591370.22162671X-RAY DIFFRACTION100
2.3421-2.38990.27631380.21882676X-RAY DIFFRACTION100
2.3899-2.44180.29461310.21852701X-RAY DIFFRACTION100
2.4418-2.49860.27331380.20852653X-RAY DIFFRACTION100
2.4986-2.56110.24691570.20952710X-RAY DIFFRACTION100
2.5611-2.63040.27861710.21052631X-RAY DIFFRACTION100
2.6304-2.70780.24711480.21042699X-RAY DIFFRACTION100
2.7078-2.79510.27721600.20152662X-RAY DIFFRACTION100
2.7951-2.8950.22431340.18922716X-RAY DIFFRACTION100
2.895-3.01090.20651380.18572693X-RAY DIFFRACTION100
3.0109-3.14790.22151230.18582730X-RAY DIFFRACTION100
3.1479-3.31390.20941360.18282703X-RAY DIFFRACTION100
3.3139-3.52140.22391550.16982729X-RAY DIFFRACTION100
3.5214-3.79320.18061360.15782728X-RAY DIFFRACTION100
3.7932-4.17470.17651520.14412718X-RAY DIFFRACTION100
4.1747-4.77830.16151350.13412761X-RAY DIFFRACTION100
4.7783-6.01830.16981360.15292799X-RAY DIFFRACTION100
6.0183-47.38320.18551650.17692927X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5101-0.0994-0.00020.7506-0.25531.03260.07160.22830.1134-0.076-0.07420.1868-0.134-0.19590.00850.22850.0528-0.02830.2560.00040.2197-1.30299.4001-54.759
21.1176-0.4861-0.45340.78170.16750.74460.0417-0.04820.08940.01020.0452-0.0914-0.05770.1223-0.07740.1608-0.0037-0.00520.1772-0.02340.132822.9774.0441-37.559
30.845-0.1762-0.23790.5566-0.00420.84480.01960.1004-0.1512-0.0828-0.03320.07760.0628-0.05930.00930.15470.0095-0.00810.1556-0.04780.173516.5046-10.333-48.9906
40.61920.4787-0.0241.06850.34960.3679-0.0833-0.1143-0.2132-0.02490.05560.52990.2819-0.20410.00680.3646-0.0499-0.01250.29290.11630.5007-15.1414-17.81118.9645
51.62550.84290.74811.2873-0.26670.8467-0.0373-0.191-0.24160.06010.19530.48960.0248-0.3575-0.0970.2344-0.02180.0060.25940.12240.4196-16.6902-10.83142.3528
60.9729-0.04490.08690.72120.00641.07710.0108-0.0375-0.06650.00030.01240.031-0.03810.0344-0.02270.17150.0054-0.01950.12790.0240.14475.12553.0323-2.6712
71.66110.61130.18781.5454-0.19221.00940.0738-0.2433-0.02290.0366-0.07330.4036-0.1386-0.333-0.02940.19230.045-0.00470.27790.03550.261-18.98377.2484-1.8334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 27:140)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 141:371)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 372:532)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 28:84)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 85:129)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 130:486)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 487:532)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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