PDB-4ud5: Structural Plasticity of Cid1 Provides a Basis for its RNA Termin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ud5

タイトル

Structural Plasticity of Cid1 Provides a Basis for its RNA Terminal Uridylyl Transferase Activity

要素

POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

キーワード

TRANSFERASE / CAFFEINE / URIDYLYLTRANSFERASE ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Yates, L.A. / Durrant, B.P. / Fleurdepine, S. / Harlos, K. / Norbury, C.J. / Gilbert, R.J.C.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural Plasticity of Cid1 Provides a Basis for its Distributive RNA Terminal Uridylyl Transferase Activity.
著者: Yates, L.A. / Durrant, B.P. / Fleurdepine, S. / Harlos, K. / Norbury, C.J. / Gilbert, R.J.C.

履歴

登録	2014年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ud5.cif.gz	285.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ud5.ent.gz	234.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ud5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ud5_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ud5_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	4ud5_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	4ud5_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/4ud5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/4ud5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ud4C 4e7xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wq4-1 4y3c-1 3x39-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

B: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.800, 103.770, 76.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1 / CAFFEINE-INDUCED DEATH PROTEIN 1 / CAFFEINE-INDUCED DEATH SUPPRESSOR 1 URIDYLYLTRANSFERASE 分子量: 41663.445 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) プラスミド: PGEX-6P-TCID1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O13833, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS PROTEIN HAS THE SURFACE ENTROPY REDUCTION MUTATIONS K133A R137A R277A K282A THIS PROTEIN HAS ...THIS PROTEIN HAS THE SURFACE ENTROPY REDUCTION MUTATIONS K133A R137A R277A K282A THIS PROTEIN HAS THE SURFACE ENTROPY REDUCTION MUTATIONS K133A R137A R277A K282A

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 20MM HEPES, 200MM NACL, 0.5MM TCEP, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→58.83 Å / Num. obs: 30480 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.52→2.6 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1772)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E7X

4e7x

解像度: 2.52→58.833 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	1538	5.05 %
R_work	0.1761	-	-
obs	0.1782	30460	98.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→58.833 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5452	0	0	34	5486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	7553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.845	2079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	827
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.6014	0.3248	158	0.2707	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6014-2.6943	0.3195	129	0.2644	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6943-2.8022	0.3023	135	0.2462	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8022-2.9298	0.3034	130	0.2343	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9298-3.0842	0.2888	127	0.226	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0842-3.2774	0.2722	138	0.2139	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2774-3.5304	0.2473	152	0.2021	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5304-3.8857	0.2105	135	0.1757	2594	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8857-4.4478	0.19	150	0.1511	2584	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4478-5.603	0.1807	137	0.1372	2617	X-RAY DIFFRACTION	97
5.603-58.8488	0.1776	147	0.1454	2639	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6649	4.1318	-3.0305	4.4308	-3.8531	2.9807	-0.2841	-0.0686	-0.754	-0.0713	-0.0386	-0.8499	0.3644	0.0756	0.4102	0.6103	0.0348	-0.0069	0.445	0.0461	0.6001	66.0681	-2.9357	28.4825
2	1.827	2.375	3.7288	3.6044	5.2526	8.6515	0.1169	0.1659	-0.1226	-0.1085	-0.1013	0.3508	0.8266	-0.5357	-0.1313	0.7111	-0.0525	0.112	0.4943	0.036	0.686	51.6521	-17.6227	35.57
3	9.1018	-3.8736	3.0087	2.7588	-3.3105	7.1026	-0.0353	-0.3995	0.7485	-0.0218	-0.1033	-0.3154	-0.1368	0.5695	0.1198	0.7981	-0.0839	0.1444	0.455	-0.0568	0.665	56.3276	-11.3105	40.0089
4	2.739	0.4735	0.5442	3.7413	-0.4809	3.0711	-0.0058	-0.1524	0.0621	0.4595	0.2114	0.4863	-0.1217	-0.5009	-0.1941	0.4962	0.062	0.0871	0.4329	0.0984	0.4527	52.2669	11.5434	22.8039
5	7.9443	4.6216	4.2939	3.7902	5.0187	8.4856	0.0071	0.0482	0.8188	-0.4507	-0.0965	0.4338	-1.0078	-0.5023	0.2403	0.7921	0.1286	0.0782	0.6417	0.0587	0.6386	70.3853	20.0576	-0.4021
6	4.1865	1.1309	1.6931	8.958	7.0036	6.0561	-0.0795	0.0001	-0.2707	0.3014	-0.2512	0.2092	0.3972	-0.6082	0.3674	0.672	-0.0932	0.1309	0.5876	0.0726	0.4333	66.548	-5.6281	-8.3625
7	4.86	2.1348	3.3691	4.9237	2.1216	9.5477	0.1544	-0.2079	-0.0989	0.0359	-0.0881	-0.2199	0.4643	0.0084	-0.1171	0.7079	-0.0467	0.1358	0.4931	0.0074	0.5436	72.4303	-12.0941	-16.7542
8	4.2107	0.0788	-0.4713	5.6291	-1.4965	3.7462	0.2142	0.4298	-0.0147	-0.5519	-0.0051	-0.1904	0.023	0.4552	-0.1665	0.3553	0.0093	0.0129	0.5119	-0.0844	0.3685	81.7001	7.3438	-2.3508
9	3.7093	-1.0356	-0.4457	7.2272	-0.834	5.4854	0.1165	-0.1757	-0.2002	0.2971	0.1489	-0.076	0.4717	0.4041	-0.2729	0.4669	-0.0338	-0.0812	0.5457	-0.0508	0.3148	83.7097	4.6802	9.9542
10	3.4737	-1.8001	-1.7179	5.8601	1.8965	5.1364	0.1403	0.0065	-0.0125	-0.6064	0.0142	-0.9957	-0.0124	1.5652	-0.1519	0.5788	0.0092	0.0259	1.063	-0.0663	0.7934	99.7351	5.8347	0.5167
11	5.1033	-2.8379	-3.4751	4.7987	2.772	2.5444	-0.2503	0.8472	-1.0373	-1.1924	0.2739	-0.2352	1.1029	0.5335	-0.0497	0.9589	0.1629	0.0259	1.2052	-0.2309	0.7938	95.5677	-0.7364	-9.5876
12	2.5719	-3.5417	-0.2499	8.2667	-0.7701	4.6205	0.426	0.9501	0.809	-0.6803	-0.3085	-0.4591	-1.0595	0.5117	-0.2389	0.8409	-0.1065	0.1984	0.8996	0.1407	0.8184	85.4531	24.2246	-8.5392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 127 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 128 THROUGH 165 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 166 THROUGH 381 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 41 THROUGH 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 59 THROUGH 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 102 THROUGH 165 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 166 THROUGH 224 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 225 THROUGH 280 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 281 THROUGH 312 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 313 THROUGH 343 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 344 THROUGH 382 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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