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万見
- PDB-3x39: Domain-swapped dimer of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x39
タイトルDomain-swapped dimer of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551
要素Cytochrome c-551
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-551
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nagao, S. / Ueda, M. / Osuka, H. / Komori, H. / Kamikubo, H. / Kataoka, M. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Domain-Swapped Dimer of Pseudomonas aeruginosa Cytochrome c551: Structural Insights into Domain Swapping of Cytochrome c Family Proteins
著者: Nagao, S. / Ueda, M. / Osuka, H. / Komori, H. / Kamikubo, H. / Kataoka, M. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-551
B: Cytochrome c-551
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6474
ポリマ－17,4102
非ポリマー1,2372
水3,441191
1
A: Cytochrome c-551
ヘテロ分子

A: Cytochrome c-551
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6474
ポリマ－17,4102
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area5900 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome c-551
ヘテロ分子

B: Cytochrome c-551
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6474
ポリマ－17,4102
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.611, 82.611, 89.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-266-

HOH

21B-267-

HOH

31B-268-

HOH

41B-273-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome c-551 / Cytochrome C8 / Cytochrome c551


分子量: 8704.892 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: nirM, PA0518 / プラスミド: pKK2332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JCB387 / 参照: UniProt: P00099
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-NaOH buffer containing 1.4M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 30970 / Num. obs: 29583 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 57.942
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 7.026 / Num. unique all: 2893 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 351C

351c


解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.412 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18814 1495 5.1 %RANDOM
Rwork0.13946 ---
obs0.14178 27950 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å2-0 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3----1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1220 0 86 191 1497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6042.0511881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93132940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6045166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.5226.53852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43515210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.369153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1672.514661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0922.51660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8443.78825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8583.784826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1612.77703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.152.77701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7193.9681055
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.13821.6311796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.61820.7871682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.69632637
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.695538
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.86952749
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 118 -
Rwork0.129 2007 -
obs-2007 99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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