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- PDB-4uc0: Crystal Structure Of a purine nucleoside phosphorylase (PSI-NYSGR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uc0
タイトルCrystal Structure Of a purine nucleoside phosphorylase (PSI-NYSGRC-029736) from Agrobacterium vitis
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Protein structure initiative / NYSGRC / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative purine nucleotide phosphorylase / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium vitis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cameron, S.A. / Sampathkumar, P. / Ramagopal, U.A. / Attonito, J. / Ahmed, M. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Glenn, A.S. ...Cameron, S.A. / Sampathkumar, P. / Ramagopal, U.A. / Attonito, J. / Ahmed, M. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure Of a purine nucleoside phosphorylase (PSI-NYSGRC-029736) from Agrobacterium vitis
著者: Cameron, S.A. / Sampathkumar, P. / Ramagopal, U.A. / Attonito, J. / Ahmed, M. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. ...著者: Cameron, S.A. / Sampathkumar, P. / Ramagopal, U.A. / Attonito, J. / Ahmed, M. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4652
ポリマ－31,3291
非ポリマー1361
水32418
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3946
ポリマ－93,9863
非ポリマー4083
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.881, 97.881, 46.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The biological assembly is a trimer

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase


分子量: 31328.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium vitis (バクテリア)
遺伝子: Avi_0263 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9JYS2, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.16M MgCl2, 0.08M Tris-HCl pH 8.5, 24% PEG 4000, 20% glycerol - MCSG1 #22); Cryoprotection (None)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19502 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.176 / Net I/av σ(I): 28.236 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 214774
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.4410.30.9423.19970.961100
2.44-2.4910.60.7179510.95799.7
2.49-2.5310.70.6529771.001100
2.53-2.5910.70.59610260.98999.6
2.59-2.64110.4529301.018100
2.64-2.711.10.38110131.023100
2.7-2.7711.20.2869421.11999.9
2.77-2.8511.40.2569891.107100
2.85-2.9311.40.20410091.17499.8
2.93-3.0211.60.1789391.228100
3.02-3.1311.60.1439861.2699.9
3.13-3.2611.70.1249731.364100
3.26-3.4111.70.1029911.324100
3.41-3.5811.40.0879831.391100
3.58-3.8111.30.0829721.303100
3.81-4.110.90.0749751.311100
4.1-4.5210.40.0719961.292100
4.52-5.1710.60.0649941.25199.8
5.17-6.5110.80.0629551.209100
6.51-509.80.0639041.17691.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2269 / WRfactor Rwork: 0.1859 / FOM work R set: 0.8193 / SU B: 18.073 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.4018 / SU Rfree: 0.2408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 519 5.2 %RANDOM
Rwork0.1791 9520 --
obs0.1816 10039 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.06 Å2 / Biso mean: 59.631 Å2 / Biso min: 34.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0.21 Å2-0 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 10 18 1834
Biso mean--67.24 51.31 -
残基数----247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3612.0112503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74434137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9315244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30922.94168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80315253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8881515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9294.061985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9134.059984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0366.081226
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 37 -
Rwork0.214 699 -
all-736 -
obs--99.86 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.4525 Å / Origin y: 34.2599 Å / Origin z: 15.5224 Å
111213212223313233
T0.0631 Å20.0052 Å20.0064 Å2-0.0635 Å20.0255 Å2--0.1229 Å2
L2.6865 °2-0.8059 °20.8934 °2-3.2188 °2-1.2091 °2--2.0342 °2
S-0.0607 Å °-0.3106 Å °-0.4777 Å °0.2643 Å °0.0925 Å °0.0201 Å °0.1123 Å °-0.1569 Å °-0.0318 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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