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万見
- PDB-4ubs: The crystal structure of cytochrome P450 105D7 from Streptomyces ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ubs
タイトルThe crystal structure of cytochrome P450 105D7 from Streptomyces avermitilis in complex with Diclofenac
要素Pentalenic acid synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / diclofenac / hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


pentalenic acid synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / lactone biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Pentalenic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xu, L.H. / Ikeda, H. / Arakawa, T. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Fushinobu, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the fundamental research funds for the central universities2013QNA4042 中国
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the 4'-hydroxylation of diclofenac by a microbial cytochrome P450 monooxygenase.
著者: Xu, L.H. / Ikeda, H. / Liu, L. / Arakawa, T. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Fushinobu, S.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentalenic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,81524
ポリマ－43,2741
非ポリマー3,54023
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.897, 139.897, 65.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-643-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pentalenic acid synthase / CYP105D7


分子量: 43274.266 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-402 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 (バクテリア)
遺伝子: cyp105d7, cyp28, SAV_7469 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q825I8, pentalenic acid synthase

-
非ポリマー , 6種, 327分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC / ジクロフェナク


分子量: 296.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl2NO2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Sodium chloride, Na/K phosphate, PEG200, 40% tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.4 Å / Num. obs: 37612 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCデータ収集
MOLREPモデル構築
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.108 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 1860 5 %RANDOM
Rwork0.1769 35399 --
obs0.1794 37259 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.78 Å2 / Biso mean: 41.988 Å2 / Biso min: 22.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 234 304 3582
Biso mean--57.24 50.73 -
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1342.0424481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0937459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2065392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.10422.431144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.39815502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2581538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4143.7481571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4133.7481570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3235.6031962
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 149 -
Rwork0.221 2605 -
all-2754 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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