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- PDB-4uau: Crystal structure of CbbY (mutant D10N) from Rhodobacter sphaeroi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uau
タイトルCrystal structure of CbbY (mutant D10N) from Rhodobacter sphaeroides in complex with Xylulose-(1,5)bisphosphate, crystal form II
要素Protein CbbY
キーワードHYDROLASE / haloacid dehalogenase (HAD) hydrolase superfamily / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


xylulose catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein CbbY-like / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Protein CbbY-like / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE / Protein CbbY
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bracher, A. / Sharma, A. / Starling-Windhof, A. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2015
タイトル: Degradation of potent Rubisco inhibitor by selective sugar phosphatase.
著者: Bracher, A. / Sharma, A. / Starling-Windhof, A. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CbbY
B: Protein CbbY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3618
ポリマ－50,3022
非ポリマー1,0596
水10,629590
1
A: Protein CbbY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6804
ポリマ－25,1511
非ポリマー5303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein CbbY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6804
ポリマ－25,1511
非ポリマー5303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.288, 69.767, 125.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Protein CbbY


分子量: 25150.752 Da / 分子数: 2 / 変異: D10N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: cbbY / プラスミド: pHue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95649
#2: 糖 ChemComp-XBP / XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE / D-キシルロ-ス-1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 310.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O11P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25 % PEG-1000, 0.1 M MES-NaOH pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97639 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97639 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.715 Å / Num. all: 80244 / Num. obs: 80244 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 10.533 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 502549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.534.70.711.152122110610.3530.71294.8
1.53-1.626.30.5141.569208110310.2210.5143.5100
1.62-1.736.50.3422.267662103910.1440.3425.4100
1.73-1.876.30.2143.56147896820.0920.2148.2100
1.87-2.056.80.1216.16131589770.050.12114100
2.05-2.296.80.0779.55554881210.0320.07721.3100
2.29-2.656.30.05712.74552171920.0250.05726.8100
2.65-3.246.70.03918.14146961650.0160.03939.3100
3.24-4.596.40.02625.53090448210.0110.02657.2100
4.59-47.4926.20.02226.41732228030.010.02256.299.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å46.72 Å
Translation2.9 Å46.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4UAR

4uar


解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1953 / WRfactor Rwork: 0.1635 / FOM work R set: 0.8686 / SU B: 1.28 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0706 / SU Rfree: 0.0735 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 4075 5.1 %RANDOM
Rwork0.1785 76015 --
obs0.1802 80090 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.92 Å2 / Biso mean: 23.354 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 0 62 590 4127
Biso mean--22.96 35.19 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9935037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.17522.118170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5415611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6781546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.52304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41723678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22931405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6724.51359
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 247 -
Rwork0.29 5063 -
all-5310 -
obs--90.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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