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万見
- PDB-4u9r: Structure of the N-terminal Extension from Cupriavidus metallidur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9r
タイトルStructure of the N-terminal Extension from Cupriavidus metallidurans CzcP
要素CzcP cation efflux P1-ATPase
キーワードHYDROLASE / ferredoxin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type ion transporter activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. ...: / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / CzcP cation efflux P1-ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Smith, A.T. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: A new metal binding domain involved in cadmium, cobalt and zinc transport.
著者: Smith, A.T. / Barupala, D. / Stemmler, T.L. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CzcP cation efflux P1-ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0204
ポリマ－22,5451
非ポリマー4753
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.160, 58.160, 72.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 CzcP cation efflux P1-ATPase


分子量: 22545.195 Da / 分子数: 1 / 断片: ferredoxin-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: czcP, Rmet_5970 / プラスミド: pBAD Strep TEV LIC 8R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q1LAJ7
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 4000, 1 mM CdSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→36.01 Å / Num. obs: 12757 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 46.473 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 26.8 / Num. measured all: 144365
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
2.17-2.2311.20.7194102819200.22399.7
9.71-36.0110.70.02480.215981500.00797.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
xia2データスケーリング
精密化解像度: 2.17→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.093 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 1233 9.9 %RANDOM
Rwork0.2275 11270 --
obs0.2313 12503 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.57 Å2 / Biso mean: 64.851 Å2 / Biso min: 25.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.52 Å2-0 Å2
3----3.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1115 0 18 12 1145
Biso mean--79.4 44.46 -
残基数----147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9751551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7953.0022601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5745146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.23122.70848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77415195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3686.231588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3356.221586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9239.307732
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 91 -
Rwork0.251 786 -
all-877 -
obs--95.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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