PDB-4u9q: Crystal structure of NqrA in spacegroup P21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u9q

タイトル

Crystal structure of NqrA in spacegroup P21

要素

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sodium translocation / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Fritz, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the V. cholerae Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Steuber, J. / Vohl, G. / Casutt, M.S. / Vorburger, T. / Diederichs, K. / Fritz, G.

履歴

登録	2014年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4u9q.ent.gz	203.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4u9oSC 4u9sC 4u9uC 4uajC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v01-d 3vxg-d 3c0l-d 3pic-1 4tuf-2 3tev-1 7k9a-2 2dym-1 3pic-2 6bh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

78.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.183, 81.703, 85.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NQR subunit A / NQR complex subunit A / NQR-1 subunit A 分子量: 39121.918 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nqrA, VC_2295 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KPS1, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NQR subunit A / NQR complex subunit A / NQR-1 subunit A

分子量: 39121.918 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nqrA, VC_2295 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KPS1, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES NaOH pH 7.5, 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→45 Å / Num. obs: 44861 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.26 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_rim(I) all: 0.147 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 8.02 / Num. measured all: 187588

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.2		0.558	1.351	1.2	24448	5815	5811	1.547	99.9
2.2-2.3		0.651	1.124	1.54	20418	4855	4851	1.286	99.9
2.3-2.5		0.803	0.814	2.28	31799	7529	7523	0.93	99.9
2.5-4		0.992	0.154	8.53	84558	20127	20100	0.175	99.9
4-5		0.997	0.052	22.43	12871	3186	3175	0.06	99.7
5-6		0.997	0.048	23.76	5728	1420	1418	0.055	99.9
6-10		0.998	0.041	25.76	6176	1550	1550	0.047	100
	10	0.998	0.034	27.15	1590	446	433	0.039	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
XSCALE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U9O

4u9o

解像度: 2.1→37.693 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	2241	5 %
R_work	0.2009	-	-
obs	0.2026	44817	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.693 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4625	0	0	287	4912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	6398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.319	1737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	759
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1457	0.3894	136	0.3687	2589	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1457-2.1956	0.3833	139	0.3255	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1956-2.2505	0.3349	141	0.3062	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2505-2.3113	0.3315	139	0.2868	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3113-2.3793	0.3037	139	0.2708	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3793-2.4561	0.3399	140	0.2392	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4561-2.5439	0.3167	142	0.2513	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5439-2.6457	0.2526	138	0.2389	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7661	0.2925	140	0.2282	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7661-2.9118	0.2446	141	0.2221	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9118-3.0942	0.2564	140	0.211	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0942-3.333	0.2041	140	0.2012	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.333-3.6681	0.2201	141	0.1849	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6681-4.1983	0.1871	140	0.1546	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1983-5.2871	0.1614	141	0.1367	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2871-37.6995	0.1945	144	0.1582	2745	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9986	0.4696	0.0271	3.7792	0.9813	1.1871	0.0186	0.0785	-0.1615	-0.0967	0.0214	-0.7085	-0.0103	0.1491	-0.0614	0.3124	-0.0082	0.0508	0.2999	0.0043	0.5211	-13.1312	10.3655	-41.6191
2	4.214	-0.6316	-0.1078	4.0957	0.1133	1.8576	-0.1343	0.2565	-0.3777	-0.2111	0.047	-0.2021	0.1652	-0.0587	0.0367	0.3599	-0.0737	0.0289	0.2234	-0.0332	0.4183	-23.052	6.8199	-43.7244
3	4.8634	0.9711	-0.9932	4.4306	1.0829	3.86	-0.1043	-0.2073	-0.0583	0.3864	-0.0796	0.5361	0.2491	-0.1559	0.0148	0.3217	0.0218	0.0125	0.2329	0.0655	0.3014	-29.7126	11.1969	-31.3685
4	5.8147	1.0818	-0.924	3.9814	0.115	1.5776	-0.0714	0.0867	0.9077	-0.1834	0.1485	-0.0024	-0.17	0.0674	-0.0962	0.272	0.0042	0.0442	0.1974	0.0151	0.4034	-25.1834	27.0492	-37.5522
5	3.3428	1.0925	0.8789	4.9363	-2.0486	3.7871	0.0993	-0.5166	0.4151	0.3899	-0.0697	0.5573	-0.3728	-0.3314	-0.05	0.3436	0.0087	0.1209	0.3047	-0.0596	0.4401	-32.8488	26.8427	-29.851
6	3.148	0.4791	-0.0845	2.7804	0.0905	0.853	0.0326	0.1665	-0.1717	-0.1992	0.0469	-0.6003	-0.1003	0.2482	-0.0966	0.3034	-0.0126	0.0369	0.2518	0.0058	0.3727	-15.9134	21.0999	-41.7173
7	6.0105	1.3391	-0.4794	3.6197	-0.2567	1.637	0.167	-0.4115	-0.0353	0.2308	0.0394	-0.9105	-0.0261	0.6341	-0.0879	0.3558	-0.0604	-0.076	0.4614	-0.0105	0.9312	-1.2111	19.2252	-32.8561
8	2.9061	0.286	-0.2501	3.9807	0.0368	2.694	0.1302	-0.343	-0.1985	0.0047	0.0117	-0.6952	0.0073	0.3958	-0.1061	0.3102	-0.01	-0.0432	0.3494	-0.0093	0.6244	-7.4796	16.4806	-33.7516
9	1.8633	-0.2479	0.1272	6.6633	0.7785	0.2665	0.0264	-0.015	-0.2644	0.296	-0.0228	-0.6895	0.0641	0.3272	-0.2106	0.3374	0.0184	-0.0271	0.4093	-0.0072	0.6804	-10.2944	32.378	-1.3465
10	2.6121	-0.1447	-0.3038	5.4351	1.7273	1.9726	-0.0006	0.1378	0.2264	-0.2364	0.1987	-0.5337	-0.3331	0.4292	-0.0263	0.2172	-0.0199	0.024	0.3155	-0.0247	0.4355	-19.1011	53.1506	-2.3134
11	5.063	1.3349	0.2494	3.9776	0.8247	3.4355	0.0325	-0.0551	0.507	-0.2363	0.0706	0.0195	-0.2096	0.0353	-0.0448	0.2954	0.0054	0.0032	0.214	-0.0297	0.4167	-20.5072	52.2834	-2.3092
12	6.0733	1.2444	-0.5215	3.2041	1.2959	3.1597	0.3666	-0.2773	-0.0715	0.4015	-0.182	-0.5328	-0.5664	0.2515	-0.0858	0.2917	0.08	-0.0058	0.1498	-0.0142	0.3297	-19.2681	48.41	1.9456
13	4.5712	1.1316	-1.0883	4.5885	-0.4685	3.5218	-0.0675	0.2095	0.2085	-0.1091	-0.0005	0.7041	-0.1262	-0.3841	0.086	0.2312	0.036	-0.0232	0.2677	-0.0037	0.4066	-35.5116	42.1602	-4.6219
14	4.517	0.3042	0.6412	5.1014	0.374	2.7284	-0.0444	0.1427	-0.0998	-0.0183	-0.038	0.2511	0.035	-0.0198	0.0888	0.1693	-0.0038	-0.0197	0.2341	-0.0128	0.2491	-31.2857	26.8983	-5.4781
15	0.9485	0.9596	-1.1338	3.1244	-0.1678	4.4698	-0.112	0.5593	-0.0191	-0.3553	-0.067	0.7687	-0.0769	-0.2923	0.0782	0.2509	0.0168	-0.1482	0.4396	0.0369	0.4481	-32.8441	27.0693	-17.6217
16	2.669	-0.0908	-0.8899	4.0791	0.7488	1.8723	-0.0269	-0.1012	0.0865	0.3415	0.0363	-0.2008	0.096	0.2091	-0.0684	0.1902	0.0125	-0.0131	0.2642	0.0182	0.2941	-25.1752	34.6377	-0.2685
17	4.0925	-1.5885	-1.7339	3.696	1.8102	3.2352	-0.017	0.2083	-0.0205	0.1664	0.0741	-0.7366	0.0659	0.186	-0.0385	0.2181	0.0343	-0.0099	0.409	-0.0163	0.737	-7.7527	31.6246	-3.6122
18	5.336	-1.8263	0.0554	2.7056	0.8584	2.0605	0.2929	0.6088	-0.2024	-0.6065	0.1185	-1.285	-0.2546	0.7521	-0.1519	0.3986	0.0155	0.1538	0.5585	-0.0614	0.8929	-4.2873	34.7972	-11.9389
19	2.2897	-0.3529	0.8657	2.7676	0.2226	1.626	-0.0437	0.4186	0.3587	-0.388	0.2298	-0.3268	0.0901	0.4048	-0.2055	0.3057	-0.0079	0.1319	0.4173	0.0369	0.6795	-10.0737	37.5979	-10.9826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 148 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 149 through 185 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 236 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 237 through 287 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 288 through 311 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 312 through 329 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 15 through 33 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 34 through 56 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 57 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 82 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 148 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 149 through 206 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 207 through 236 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 237 through 266 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 267 through 287 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 288 through 311 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 312 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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