PDB-4u9j: Crystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u9j

タイトル

Crystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the Mn(II) ligation state, Q154A/Q155A/K156A mutant

要素

NO-binding heme-dependent sensor protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / H-NOX. hemoprotein / gas sensor

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Herzik Jr., M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the role of iron-histidine bond cleavage in nitric oxide-induced activation of H-NOX gas sensor proteins.
著者: Herzik, M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2014年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u9j.cif.gz	236.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u9j.ent.gz	196.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u9j_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u9j_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4u9j_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	4u9j_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u99SC 4u9bC 4u9gC 4u9kC 2kii 2kil S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u99-1 4u9g-1 4u9k-1 4u9k-2 4u99-2 6cww-1 5dn5-2 3eee-4 6bdd-d 4xj2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NO-binding heme-dependent sensor protein

B: NO-binding heme-dependent sensor protein

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NO-binding heme-dependent sensor protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NO-binding heme-dependent sensor protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.801, 163.801, 102.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-312- HOH
2	1	A-315- HOH

#1: タンパク質	NO-binding heme-dependent sensor protein 分子量: 21157.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_2144 / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523(DE3) / 参照: UniProt: Q8EF49
#2: 化合物	ChemComp-MNH / MANGANESE PROTOPORPHYRIN IX 分子量: 615.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂MnN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: Obtained by equilibrating a 2 uL drop of 1:1 protein:reservoir against a 700 uL reservoir containing 1.6-1.9 M DL-malic acid (pH 7.3). For cryoprotection, 2 uL of mother liquor containing 10% ...詳細: Obtained by equilibrating a 2 uL drop of 1:1 protein:reservoir against a 700 uL reservoir containing 1.6-1.9 M DL-malic acid (pH 7.3). For cryoprotection, 2 uL of mother liquor containing 10% glycerol was added directly to the drop and crystals were serial transferred into mother liquor solution containing 5, 7.5 and 10% glycerol prior to flash freezing in liquid nitrogen. Crystal growth and manipulation was performed anaerobically.

結晶

マシュー密度: 4.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.01 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Obtained by equilibrating a 2 uL drop of 1:1 protein:reservoir against a 700 uL reservoir containing 1.6-1.9 M DL-malic acid (pH 7.3). For cryoprotection, 2 uL of mother liquor containing 10% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.027 Å / Num. all: 86341 / Num. obs: 86341 / % possible obs: 96.52 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U99

4u99

解像度: 2.1→48.027 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1972	4389	5.08 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1723	86341	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2951	0	89	165	3205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	3157
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.65	4290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.595	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.344	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3539	142	0.3578	2421	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1239-2.1489	0.3556	121	0.3306	2513	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1489-2.1751	0.3196	120	0.3291	2534	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1751-2.2026	0.3685	122	0.3088	2608	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2026-2.2316	0.3712	155	0.2995	2619	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2316-2.2622	0.2841	157	0.277	2674	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2622-2.2945	0.295	155	0.2799	2725	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2945-2.3287	0.2673	153	0.2512	2737	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3287-2.3651	0.2709	143	0.2491	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3651-2.4039	0.2673	152	0.2254	2827	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4039-2.4453	0.2936	140	0.217	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4453-2.4898	0.2405	135	0.22	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4898-2.5377	0.242	173	0.213	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2241	145	0.2026	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5895-2.6458	0.2417	177	0.203	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6458-2.7073	0.2532	153	0.2048	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7073-2.775	0.2225	146	0.2022	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.775-2.8501	0.2164	130	0.1953	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8501-2.9339	0.2159	150	0.1931	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9339-3.0286	0.2342	150	0.1808	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0286-3.1368	0.2152	170	0.1821	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1368-3.2624	0.1921	143	0.1779	2786	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2624-3.4108	0.1592	149	0.1697	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4108-3.5906	0.1922	157	0.1505	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5906-3.8155	0.1734	127	0.1515	2773	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8155-4.1099	0.1522	169	0.1318	2733	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1099-4.5232	0.1405	154	0.112	2725	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5232-5.1771	0.1622	141	0.1196	2748	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1771-6.52	0.1439	119	0.1446	2756	X-RAY DIFFRACTION	96
6.52-48.0393	0.1656	141	0.1425	2714	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3132	-0.4466	0.0622	1.9938	-0.6776	1.5171	0.0668	0.6778	-0.1224	-0.855	-0.0143	-0.5156	-0.2107	0.3063	-0.337	0.717	-0.0609	0.1186	0.5724	-0.1651	0.6282	107.173	13.9509	-9.1137
2	1.457	-1.4146	-1.4761	3.5254	0.3769	2.0835	0.0118	0.0011	0.4499	-0.2895	0.1294	-0.3348	-1.0789	0.3049	-0.5538	0.7644	-0.0912	0.0061	0.4708	-0.0756	0.5086	102.006	27.2022	-5.6592
3	1.8053	0.7634	-0.0593	1.7292	0.9795	3.193	-0.0007	0.1621	-0.327	-0.1168	0.0441	-0.0759	0.0496	-0.0159	-0.048	0.4086	0.0096	-0.0524	0.2992	-0.0934	0.4585	96.4538	12.1453	9.5463
4	6.8955	0.6697	-0.2282	0.3616	-0.4396	0.9749	0.1011	0.1293	0.0436	-0.0488	0.0335	-0.0077	-0.2518	-0.0341	0.0296	0.555	0.0601	-0.0396	0.3758	-0.0965	0.4766	91.1323	22.8568	14.762
5	2.5802	3.2795	-1.4787	5.6539	0.2622	5.0725	-0.2757	0.1249	-0.812	-0.5599	0.4301	-0.3886	0.0571	0.342	-0.1975	0.474	0.0311	-0.0691	0.3257	-0.1064	0.5044	101.4534	11.6564	6.592
6	3.0908	0.9802	0.488	3.6159	0.9778	4.1404	-0.0418	0.0582	-0.1344	-0.5633	0.102	-0.4054	-0.0429	0.2979	-0.2357	0.4364	-0.0449	0.0492	0.336	-0.0844	0.4542	116.3908	42.3146	15.0172
7	5.2299	1.7185	-1.1709	3.3991	-1.561	0.9515	-0.2582	1.1157	0.9956	-1.3112	0.2832	-0.6794	-1.0066	0.4947	-1.0415	1.409	-0.275	-0.0074	0.8047	0.0077	0.7332	111.8066	51.4148	-6.4803
8	3.827	1.4672	0.891	2.9886	0.1981	3.1288	-0.2373	0.4736	0.4912	-0.8576	0.1463	0.4105	-0.7724	-0.0786	-0.6473	0.9463	-0.0402	-0.0811	0.4365	-0.032	0.4947	101.9677	44.0917	0.3673
9	0.2927	1.104	-1.1144	4.3459	-4.2211	4.226	-0.6917	-0.4842	0.0424	0.185	0.1564	-1.0438	-0.2524	1.119	0.4906	1.0482	-0.0621	0.0125	0.9997	-0.1286	1.1459	99.2864	64.8169	-5.6845
10	2.2328	0.1687	0.8104	6.9295	-1.5804	3.1698	-0.23	0.7161	-0.0857	-1.2512	0.3808	-0.2406	-0.5314	0.3795	-0.2567	0.9446	-0.117	0.0168	0.4957	-0.0809	0.4218	110.3437	42.1617	1.1243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 50:67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 68:157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 158:187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 1:78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 79:95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 96:177
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 178:186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)