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万見
- PDB-4u9g: Crystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9g
タイトルCrystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the Fe(II)CO ligation state, Q154A/Q155A/K156A mutant
要素NO-binding heme-dependent sensor protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / H-NOX / hemoprotein / gas sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NO-binding heme-dependent sensor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Herzik Jr., M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association11PRE7370086 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the role of iron-histidine bond cleavage in nitric oxide-induced activation of H-NOX gas sensor proteins.
著者: Herzik, M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NO-binding heme-dependent sensor protein
B: NO-binding heme-dependent sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7298
ポリマ－42,3142
非ポリマー1,4156
水2,486138
1
A: NO-binding heme-dependent sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8905
ポリマ－21,1571
非ポリマー7334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NO-binding heme-dependent sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8393
ポリマ－21,1571
非ポリマー6822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.173, 164.173, 102.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NO-binding heme-dependent sensor protein


分子量: 21157.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_2144 / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523(DE3) / 参照: UniProt: Q8EF49

-
非ポリマー , 5種, 144分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: OBTAINED BY EQUILIBRATING A 2 UL DROP OF 1:1 PROTEIN:RESERVOIR AGAINST A 700 UL RESERVOIR CONTAINING 1.6-1.9 M DL-MALIC ACID (PH 7.3). FOR CRYOPROTECTION, 2 UL OF MOTHER LIQUOR CONTAINING 10% ...詳細: OBTAINED BY EQUILIBRATING A 2 UL DROP OF 1:1 PROTEIN:RESERVOIR AGAINST A 700 UL RESERVOIR CONTAINING 1.6-1.9 M DL-MALIC ACID (PH 7.3). FOR CRYOPROTECTION, 2 UL OF MOTHER LIQUOR CONTAINING 10% GLYCEROL WAS ADDED DIRECTLY TO THE DROP AND CRYSTALS WERE SERIAL TRANSFERRED INTO MOTHER LIQUOR SOLUTION CONTAINING 5, 7.5 AND 10% GLYCEROL. PRIOR TO FLASH FREEZING IN LIQUID NITROGEN, CRYSTALS WERE TRANSFERRED UNDER A LAYER OF OIL AND INCUBATED WITH CARBON MONOXIDE-SATURATED CRYOPROTECTANT FOR 15-45 MINUTES. CRYSTAL GROWTH AND MANIPULATION WAS PERFORMED ANAEROBICALLY.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→43.007 Å / Num. obs: 70856 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U99

4u99


解像度: 2.25→43.01 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 3571 5.04 %
Rwork0.182 --
obs0.182 70856 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2951 0 91 138 3180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8874290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5131118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27960.42331340.4942237X-RAY DIFFRACTION84
2.2796-2.31090.34481060.31252646X-RAY DIFFRACTION99
2.3109-2.34390.29461380.29442632X-RAY DIFFRACTION99
2.3439-2.37890.31621530.29732610X-RAY DIFFRACTION98
2.3789-2.4160.26721260.27152685X-RAY DIFFRACTION99
2.416-2.45560.27261710.25642579X-RAY DIFFRACTION98
2.4556-2.4980.26971290.26222641X-RAY DIFFRACTION98
2.498-2.54340.2411670.26042595X-RAY DIFFRACTION98
2.5434-2.59230.27281220.25072622X-RAY DIFFRACTION98
2.5923-2.64520.23021280.23982650X-RAY DIFFRACTION98
2.6452-2.70270.2511560.23572592X-RAY DIFFRACTION97
2.7027-2.76560.26011350.2262628X-RAY DIFFRACTION98
2.7656-2.83470.1911200.21352608X-RAY DIFFRACTION98
2.8347-2.91140.21931660.22022592X-RAY DIFFRACTION98
2.9114-2.9970.21081450.20132610X-RAY DIFFRACTION97
2.997-3.09370.20981500.20732588X-RAY DIFFRACTION97
3.0937-3.20430.30121200.19332618X-RAY DIFFRACTION97
3.2043-3.33250.18991440.18992604X-RAY DIFFRACTION97
3.3325-3.48410.19511500.17122541X-RAY DIFFRACTION96
3.4841-3.66770.1811190.17252615X-RAY DIFFRACTION97
3.6677-3.89740.18251540.16482553X-RAY DIFFRACTION96
3.8974-4.19810.16311480.13922573X-RAY DIFFRACTION96
4.1981-4.62010.12141310.12682572X-RAY DIFFRACTION96
4.6201-5.28760.13161260.12512574X-RAY DIFFRACTION96
5.2876-6.65780.12821340.15442560X-RAY DIFFRACTION95
6.6578-43.0150.1822990.14512560X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8654-0.2548-0.80162.58140.23783.53420.18680.6957-0.4242-0.7056-0.23490.37270.46040.23750.01190.64040.1644-0.17150.55780.02780.569-37.4677-99.952294.8157
21.7294-0.11931.4833.5785-0.38373.6328-0.01580.09010.1402-0.11640.02050.3597-0.0266-0.0847-0.00060.30540.0458-0.06030.38460.10240.4652-37.739-89.6844112.7213
31.34163.5678-0.23059.5121.40181.17610.04490.07650.03150.11750.08750.12970.13470.4129-0.19460.34880.0497-0.09160.5580.11140.5229-26.0852-90.5835117.4903
47.40285.79553.23735.16214.17665.66880.27550.1590.1953-0.2224-0.25090.42870.09750.1779-0.04110.37250.0641-0.10160.48170.12880.5189-40.7816-94.0714109.021
52.6742-0.33290.75925.13-1.56655.57380.3270.4777-0.357-0.6146-0.30590.25930.4726-0.0557-0.01380.4560.1227-0.1190.3945-0.01220.4734-20.8702-122.8077114.9195
68.83344.1479-0.67334.97010.09094.08420.47421.5419-0.0323-1.7606-0.4334-0.17081.15560.39470.15361.14060.44930.00320.96650.00550.5051-16.0333-117.257895.2293
74.8651-1.6981-0.25433.7172-0.45733.14950.21370.70320.1459-0.6701-0.4574-0.84930.32881.02780.08460.59740.28820.05550.89650.1940.5907-10.4336-109.4606104.4367
85.3867-1.9429-1.37335.27581.88293.63120.38470.8666-0.2728-1.2159-0.32850.55240.54510.1141-0.20810.64340.2403-0.0650.69050.02640.4447-18.8347-116.9235103.7113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:73
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 74:159
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 160:187
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 201
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 1:88
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 89:110
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESID 111:180
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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