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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u9d | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb562 variant, AB3 | |||||||||
![]() | Soluble cytochrome b562 | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / designed enzyme / Zn-coordinating protein / tetramer assembly | |||||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tezcan, F.A. / Song, W.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A designed supramolecular protein assembly with in vivo enzymatic activity. 著者: Song, W.J. / Tezcan, F.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11835.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-128 変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, V69I, D73H, A89H, T96C, R98C, A100H, Y101C 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 400 in 20 mM Tris (pH 8.5) and 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→47.48 Å / Num. obs: 13889 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→47.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.907 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100 Å2 / Biso mean: 70.973 Å2 / Biso min: 25.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→47.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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