PDB-4u9c: STRUCTURE OF THE LBPB N-LOBE FROM NEISSERIA MENINGITIDIS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u9c

タイトル

STRUCTURE OF THE LBPB N-LOBE FROM NEISSERIA MENINGITIDIS

要素

Lactoferrin-binding protein B

キーワード

Lactoferrin-binding protein / beta barrel / lipoprotein / lactoferrin / transferrin

機能・相同性

Lipocalin - #250 / Porin - #90 / Porin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis CU385 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.995 Å

データ登録者

Brooks, C.L. / Arutyunova, E. / Lemieux, M.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: The structure of lactoferrin-binding protein B from Neisseria meningitidis suggests roles in iron acquisition and neutralization of host defences.
著者: Brooks, C.L. / Arutyunova, E. / Lemieux, M.J.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u9c.cif.gz	352.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u9c.ent.gz	292.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ehu-1 4xun-d 4xur-d 2z7a-3 5v6r-1 5h0r-2 5vlo-d 4wvh-d 3dak-2 4ijz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoferrin-binding protein B

B: Lactoferrin-binding protein B

77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.870, 65.020, 83.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	27 - 330
2	1	1	chain B	B	28 - 330

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Lactoferrin-binding protein B 分子量: 38863.773 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-365 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis CU385 (髄膜炎菌) 遺伝子: NMBCU385_0651 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: F0AS41
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月9日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.995→57.7 Å / Num. obs: 43471 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Rejects	% possible all	Mean I/σ(I) obs
1.995-2	3.5	0.359	1	0	92.1
10.91-62.79	2.8	0.026	1	0	97.8	18.4

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.995→35.095 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	2107	5.05 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.175	41761	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.995→35.095 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4722	0	0	374	5096
B_iso mean	-	-	-	41.71	-
残基数	-	-	-	-	586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4819
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	6478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.475	1821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	860

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3426	X-RAY DIFFRACTION	11.154	TORSIONAL
1	2	B	3426	X-RAY DIFFRACTION	11.154	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.995-2.0414	0.257	142	0.2301	2468	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0414-2.0925	0.2389	135	0.2108	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0925-2.149	0.2865	137	0.191	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.2122	0.2572	140	0.1877	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2122-2.2836	0.2432	136	0.1892	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2836-2.3652	0.2346	145	0.1853	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3652-2.4599	0.2566	145	0.1862	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4599-2.5718	0.2559	135	0.1816	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5718-2.7074	0.2687	155	0.1836	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7074-2.8769	0.1959	131	0.1776	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8769-3.0989	0.2089	124	0.1713	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0989-3.4106	0.2177	157	0.1643	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4106-3.9035	0.1878	152	0.1524	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9035-4.9159	0.1464	137	0.1455	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9159-35.1007	0.2174	136	0.1854	2748	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5061	0.4246	0.2526	2.0471	-0.401	2.1352	0.0806	-0.1297	0.05	0.3204	-0.113	0.0297	0.0802	0.1531	0.0206	0.2287	-0.0095	-0.0056	0.271	-0.0215	0.294	-6.0656	-19.4467	-28.6781
2	0.7872	-0.1931	0.0361	1.6366	-0.8338	1.2498	0.0789	-0.0575	-0.0108	0.0878	-0.1549	-0.3792	0.0149	0.2503	0.0808	0.1902	-0.0089	-0.0257	0.267	0.0053	0.2885	-0.5	-13.2386	-36.8129
3	1.7356	0.7879	0.1471	0.3881	0.1558	1.3077	-0.0591	0.099	0.269	-0.1139	-0.0624	-0.755	-0.2139	0.7237	-0.1068	0.2605	-0.0105	0.0829	0.4805	0.078	0.54	5.8941	-6.7192	-50.6871
4	1.0049	0.1567	-0.3006	2.7395	-0.328	1.6292	0.0854	0.0925	0.0739	-0.0754	-0.0763	0.0067	-0.0558	-0.0313	0.0267	0.1951	0.0144	-0.0271	0.2282	0.0152	0.2987	-8.6128	-7.8341	-44.8531
5	0.6736	-0.3539	-0.575	3.795	1.2516	1.306	0.0682	-0.0597	0.0984	0.281	-0.0678	-0.0069	0.0356	-0.2261	-0.0164	0.2842	-0.0094	0.0082	0.318	-0.0125	0.2048	-13.1927	-20.0007	8.0647
6	1.2487	-0.9247	-0.3	2.1997	1.1147	2.3386	-0.1457	0.0003	-0.185	0.3802	-0.0968	0.713	0.3663	-0.5978	0.1637	0.4519	-0.1323	0.045	0.5616	-0.0531	0.3453	-26.2958	-35.1742	3.4689
7	0.4015	0.4974	-0.3689	3.2516	1.3003	1.3579	0.1934	0.0113	0.1451	0.0548	-0.3874	0.2961	-0.0023	-0.3317	0.178	0.2883	0.0198	0.0364	0.3633	-0.0348	0.2967	-21.2578	-17.283	8.2761
8	0.2873	-0.3005	-0.1444	2.3975	1.0966	1.5516	0.096	-0.0406	0.0308	-0.0057	-0.1222	0.0345	-0.1009	-0.1926	0.0267	0.275	-0.0277	0.0088	0.3187	-0.0231	0.2483	-15.0266	-30.0476	-4.6662
9	1.1102	1.4139	0.2786	2.7868	1.9374	2.5606	0.0785	-0.0878	-0.0318	-0.2389	-0.144	0.2464	-0.4585	-0.6092	0.1414	0.2775	0.0348	0.0023	0.3819	-0.0548	0.294	-23.3106	-25.2587	-6.8337
10	1.3752	0.5782	0.9819	0.3359	0.3451	0.7402	-0.0238	0.0327	0.0992	-0.0373	-0.0614	0.1337	0.1016	-0.0818	0.1043	0.2666	-0.0365	0.0038	0.3014	-0.0082	0.2315	-17.8392	-37.9835	-14.6479
11	1.1995	-0.7972	0.484	2.0288	-0.8041	0.5493	0.0253	0.154	-0.1245	0.1834	-0.1544	-0.0126	0.1076	0.0785	0.0989	0.3245	-0.0193	-0.03	0.2508	0.0044	0.2374	-5.1215	-37.1083	-7.584
12	0.388	0.0033	-0.0844	1.7281	0.3155	1.7382	0.0737	0.0254	-0.02	0.1229	-0.0984	-0.0018	0.1292	-0.1323	0.0401	0.2552	-0.0192	0.0017	0.2864	-0.0114	0.2271	-9.3725	-32.0103	-6.8405

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 41:102 )	A	41 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 103:229 )	A	103 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 230:252 )	A	230 - 252
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 253:330 )	A	253 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 42:93 )	B	42 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 94:113 )	B	94 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 114:153 )	B	114 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 154:198 )	B	154 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 202:218 )	B	202 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 219:252 )	B	219 - 252
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 253:274 )	B	253 - 274
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 275:330 )	B	275 - 330

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)