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万見
- PDB-4u89: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT from Mycobacterium tuberc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u89
タイトル4'-phosphopantetheinyl transferase PptT from Mycobacterium tuberculosis
要素Phosphopantetheinyl transferase PptT
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Faille, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray structure of the 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT from Mycobacterium tuberculosis
著者: Faille, A. / Gavalda, S. / Rottier, K. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,15016
ポリマ－27,7721
非ポリマー1,37915
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.808, 121.263, 48.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphopantetheinyl transferase PptT / Phosphopantetheinyl transferase PptT (CoA:APO-[ACP]pantetheinephosphotransferase) (CoA:APO-[acyl- ...Phosphopantetheinyl transferase PptT (CoA:APO-[ACP]pantetheinephosphotransferase) (CoA:APO-[acyl-carrier protein]pantetheinephosphotransferase)


分子量: 27771.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pptT, Rv2794c, P425_02911, RVBD_2794c / プラスミド: pTet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O33336

-
非ポリマー , 6種, 286分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 % / 解説: platelets
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 22% PEG 1000, 0.2 M LiSO4, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.98011
シンクロトロンESRF ID2922.0664
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2012年4月9日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980111
22.06641
Reflection数: 685637 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.88 / D res high: 2 Å / Num. obs: 32126 / % possible obs: 82.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
8.9530.31643910.052
6.338.9579910.055
5.176.33102210.06
4.475.17123310.055
44.47136110.057
3.654153910.062
3.383.65167110.068
3.163.38179310.076
2.983.16187110.09
2.832.98202310.102
2.72.83206310.121
2.582.7218510.148
2.482.58227310.182
2.392.48232910.221
2.312.39230710.287
2.242.31235410.424
2.172.24200110.796
2.112.17140812.13
2.052.111023134.312
22.054321
反射解像度: 1.4→30.316 Å / Num. obs: 58569 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.98 % / Biso Wilson estimate: 21.864 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 15.12 / Num. measured all: 408859
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.4-1.480.8660.5142.7348946940192610.5798.5
1.48-1.590.9630.3175.1762331880988090.341100
1.59-1.710.9830.2038.0460662824382420.218100
1.71-1.880.9930.13112.0356252760276010.141100
1.88-2.10.9960.08718.3150511689268900.093100
2.1-2.420.9970.06924.2345263610861060.074100
2.42-2.960.9970.05929.3838765519851970.063100
2.96-4.180.9980.05135.0529631410041000.055100
4.18-30.3160.9960.04936.616498237123630.05399.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→30.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1611 / WRfactor Rwork: 0.1364 / FOM work R set: 0.9134 / SU B: 1.538 / SU ML: 0.028 / SU R Cruickshank DPI: 0.0485 / SU Rfree: 0.0469 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1663 2964 5.1 %RANDOM
Rwork0.1384 55599 --
obs0.1398 58563 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.09 Å2 / Biso mean: 20.226 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→30.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1713 0 82 271 2066
Biso mean--27.74 36.93 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4152.0152706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1025263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.3622.05573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05215304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4131518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0221485
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.27331958
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.913586
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.02152092
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 214 -
Rwork0.339 3730 -
all-3944 -
obs--96.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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