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万見
- PDB-4u7w: The crystal structure of the terminal R domain from the myxalamid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u7w
タイトルThe crystal structure of the terminal R domain from the myxalamid PKS-NRPS biosynthetic pathway
要素MxaA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / thioesterase / Rossmann fold / polyketide / non-ribosomal peptide / polyketide synthase / non-ribosomal peptide synthetase / short-chain dehydrogenases
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain ...TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-NDP / MxaA
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Tsai, S.C. / Keasling, J.D. / Luo, R. / Barajas, J.F. / Phelan, R.M. / Schaub, A.J. / Kliewer, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM100305-03 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5F31GM100738-02 米国
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Comprehensive Structural and Biochemical Analysis of the Terminal Myxalamid Reductase Domain for the Engineered Production of Primary Alcohols.
著者: Barajas, J.F. / Phelan, R.M. / Schaub, A.J. / Kliewer, J.T. / Kelly, P.J. / Jackson, D.R. / Luo, R. / Keasling, J.D. / Tsai, S.C.
履歴
登録2014年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MxaA
B: MxaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7386
ポリマ－93,1292
非ポリマー1,6094
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.106, 159.050, 51.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MxaA


分子量: 46564.414 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1115-1513 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
遺伝子: mxaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93TX2
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.22M Ammonium Acetate, 28% PEG 3350, 0.1M Hepes pH.7.7
PH範囲: 7.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 61578 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MAD data set of the same MxaA Reductase construct

解像度: 1.899→41.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Good quality data could only be collected with SeMet crystals. We initially solved the structure by MAD and used SeMet crystals to collect single wavelength experiments for molecular replacement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2034 1997 3.25 %
Rwork0.1582 --
obs0.1617 61518 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→41.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6034 0 104 502 6640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9768540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7972366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036980
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041097
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9004-1.94790.29281410.26594172X-RAY DIFFRACTION97
1.9479-2.00050.28981460.24934218X-RAY DIFFRACTION97
2.0005-2.05940.25631430.24194287X-RAY DIFFRACTION97
2.0594-2.12580.25261420.23854256X-RAY DIFFRACTION97
2.1258-2.20180.241400.23464216X-RAY DIFFRACTION97
2.2018-2.28990.22671420.21454231X-RAY DIFFRACTION97
2.2899-2.3940.30091410.21054245X-RAY DIFFRACTION97
2.394-2.52020.27231470.19734251X-RAY DIFFRACTION97
2.5202-2.67790.20021440.1874268X-RAY DIFFRACTION97
2.6779-2.88450.20551420.18054232X-RAY DIFFRACTION97
2.8845-3.17430.19881400.15914258X-RAY DIFFRACTION97
3.1743-3.63270.18181410.12924281X-RAY DIFFRACTION97
3.6327-4.5730.15151430.10094245X-RAY DIFFRACTION97
4.573-26.59040.17261430.10164300X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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