PDB-4u7g: Oxidized quinone reductase 2 in complex with CK2 inhibitor TBBz

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u7g

タイトル

Oxidized quinone reductase 2 in complex with CK2 inhibitor TBBz

要素

Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]

キーワード

Oxidoreductase/Inhibitor / quinone reductase 2 / CK2 inhibitor / Oxidoreductase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

Model details

Metallo-flavoprotein

データ登録者

Leung, K.K. / Shilton, B.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Quinone Reductase 2 Is an Adventitious Target of Protein Kinase CK2 Inhibitors TBBz (TBI) and DMAT.
著者: Leung, K.K. / Shilton, B.H.

履歴

登録	2014年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u7g.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u7g.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/4u7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/4u7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u7fC 4u7hC 1qr2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gr9-d 3tem-d 5lbt-d 3ox3-d 1xi2-d 1sg0-d 3nhy-d 4gqi-d 4u7h-d 2qr2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]

B: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]

ヘテロ分子

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.24, 83.17, 106.65
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

詳細

The biological unit is a dimer and has two active sites. The inhibitor binds NQO2 in two orientations in both active sites.

#1: タンパク質	Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] / NRH dehydrogenase [quinone] 2 / NRH:quinone oxidoreductase 2 / Quinone reductase 2 / QR2 分子量: 25849.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO2, NMOR2 / プラスミド: pProEXhta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16083, EC: 1.10.99.2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-K17 / 4,5,6,7-TETRABROMO-BENZIMIDAZOLE 分子量: 433.720 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₂Br₄N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.7M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月7日

放射

モノクロメーター: Osmic Confocol Max-Flux (CMF) graphite monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→18.185 Å / Num. obs: 36697 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.69 Å² / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.126 / R_sym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 5.315 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 161368

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.91-2.01	2.1	0.415	1.8	6875	3245	0.346	0.415	2	57.3
2.01-2.13	4.3	0.377	1.3	22402	5231	0.23	0.377	3.6	97.5
2.13-2.28	4.7	0.267	2.3	23360	4995	0.156	0.267	5	98.4
2.28-2.47	4.7	0.201	3.7	21973	4663	0.114	0.201	6	98.8
2.47-2.7	4.7	0.157	4.2	20565	4353	0.089	0.157	7.1	99.2
2.7-3.02	4.7	0.107	7	18585	3933	0.061	0.107	8.6	99.5
3.02-3.49	4.7	0.068	9.8	16662	3539	0.039	0.068	11.2	99.8
3.49-4.27	4.7	0.052	6.9	14095	3009	0.03	0.052	13.5	100
4.27-6.04	4.6	0.038	16.7	11053	2392	0.023	0.038	14.1	100
6.04-18.185	4.3	0.041	10.5	5798	1337	0.026	0.041	13.4	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
MOSFLM		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QR2

1qr2

解像度: 1.96→18.18 Å / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.337 / 位相誤差: 22.78

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	3645	5.45 %	Random
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1776	36697	96.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→18.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3648	0	134	383	4165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00905990505779	3946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18151956908	5376
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0448633407014	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00531448415565	666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9988052874	1392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.9858	0.279324481401	85	0.283808940387	1514	X-RAY DIFFRACTION	60.7753705815
1.9858-2.0129	0.331771412377	116	0.262727149524	2147	X-RAY DIFFRACTION	83.1679529585
2.0129-2.0417	0.292610551527	133	0.24403613806	2346	X-RAY DIFFRACTION	93.7240075614
2.0417-2.0721	0.29837507813	137	0.237210387457	2401	X-RAY DIFFRACTION	96.1363636364
2.0721-2.1044	0.288737900483	143	0.225398540503	2426	X-RAY DIFFRACTION	96.7243975904
2.1044-2.1389	0.286441174329	144	0.221350527898	2483	X-RAY DIFFRACTION	97.4768089054
2.1389-2.1757	0.286765687755	140	0.217509968759	2456	X-RAY DIFFRACTION	97.704177644
2.1757-2.2152	0.25261984264	145	0.208751924896	2457	X-RAY DIFFRACTION	97.7827884254
2.2152-2.2577	0.240735761462	141	0.194364852665	2477	X-RAY DIFFRACTION	97.6865671642
2.2577-2.3037	0.275420064885	140	0.187627061411	2438	X-RAY DIFFRACTION	97.9855568225
2.3037-2.3537	0.273299469048	146	0.192028215985	2513	X-RAY DIFFRACTION	98.3721790603
2.3537-2.4083	0.24436055129	144	0.187724538123	2489	X-RAY DIFFRACTION	98.6142322097
2.4083-2.4684	0.248919402316	143	0.18995221823	2485	X-RAY DIFFRACTION	98.6486486486
2.4684-2.535	0.276310694823	144	0.17894485343	2476	X-RAY DIFFRACTION	98.6445783133
2.535-2.6094	0.239858877883	139	0.194735857173	2489	X-RAY DIFFRACTION	99.1324028668
2.6094-2.6933	0.257589987335	144	0.190101429425	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.2134831461
2.6933-2.7893	0.234051021517	145	0.184491950263	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.2161254199
2.7893-2.9005	0.252942706963	144	0.177348629351	2466	X-RAY DIFFRACTION	99.1641337386
2.9005-3.032	0.210775138063	146	0.16420467798	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.741219963
3.032-3.191	0.242420977775	148	0.170406410386	2501	X-RAY DIFFRACTION	99.6989085435
3.191-3.3897	0.229870180376	145	0.164593209778	2495	X-RAY DIFFRACTION	99.8109640832
3.3897-3.6495	0.191441833803	147	0.154853051525	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.8882681564
3.6495-4.0132	0.192692209169	148	0.141217162661	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0132-4.5858	0.151131054155	145	0.124812191547	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5858-5.7472	0.176086003426	149	0.131372081923	2510	X-RAY DIFFRACTION	99.9248402856
5.7472-18.1858	0.178359478334	144	0.151427677184	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.8876404494

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