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- PDB-4u6p: Structural mechanism of error-free bypass of major benzo[a]pyrene... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6p
タイトルStructural mechanism of error-free bypass of major benzo[a]pyrene adduct by human polymerase kappa
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
  • DNA polymerase kappa
キーワードTRANSFERASE/DNA / benzo[a]pyrene-N2-Guanine / DNA replication / DNA damage tolerance / polymerase kappa / Environment pollution / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLK / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV ...nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLK / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #810 / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. ...DNA polymerase; domain 1 - #810 / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.593 Å
データ登録者Jha, V.K. / Ling, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structure and mechanism of error-free replication past the major benzo[a]pyrene adduct by human DNA polymerase kappa.
著者: Jha, V. / Bian, C. / Xing, G. / Ling, H.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Derived calculations
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32016年6月15日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase kappa
B: DNA polymerase kappa
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,01515
ポリマ－133,8166
非ポリマー1,1989
水1,856103
1
A: DNA polymerase kappa
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4327
ポリマ－66,9083
非ポリマー5244
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase kappa
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5828
ポリマ－66,9083
非ポリマー6745
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.150, 129.286, 167.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase kappa / DINB protein / DINP


分子量: 60184.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLK, DINB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pRARE / 参照: UniProt: Q9UBT6, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CPDT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 2740.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3982.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 4種, 112分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400 and potassium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→46.233 Å / Num. obs: 50663 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OH2

2oh2


解像度: 2.593→46.233 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1066 2.4 %
Rwork0.2002 --
obs0.2011 44341 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.593→46.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6700 894 70 103 7767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1810808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1623025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5932-2.71120.39721190.32275183X-RAY DIFFRACTION95
2.7112-2.85410.31951420.28555435X-RAY DIFFRACTION100
2.8541-3.03290.35411340.26855441X-RAY DIFFRACTION99
3.0329-3.2670.25561300.23855423X-RAY DIFFRACTION99
3.267-3.59560.23861470.20325437X-RAY DIFFRACTION99
3.5956-4.11560.25241330.18915454X-RAY DIFFRACTION98
4.1156-5.18420.18521390.16475433X-RAY DIFFRACTION97
5.1842-46.24040.20861220.17775469X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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