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- PDB-4u6a: X-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small mol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6a
タイトルX-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small molecule inhibitor
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor / WNT signalling (Wntシグナル経路)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス / mitotic spindle pole / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / spindle assembly / mRNA transport / 核膜孔 / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / 核膜 / chromosome, telomeric region / nuclear body / Ub-specific processing proteases / 細胞分裂 / ゴルジ体 / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3DN / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Oliver, A.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustSDDI 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Design and discovery of 3-aryl-5-substituted-isoquinolin-1- ones as potent and selective tankyrase inhibitors
著者: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. / ...著者: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. / Lopes, F. / McLeary, R. / Trindade, I. / Vendrell, E. / Munkonge, F. / Porter, R. / Perrior, T. / Springer, C. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. / Ashworth, A. / Lord, C.J.
履歴
登録2014年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,44310
ポリマ－29,4171
非ポリマー1,0269
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.380, 80.980, 84.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1407-

GOL

21A-1408-

EDO

31A-1409-

GOL

41A-1409-

GOL

51A-1523-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tankyrase-1 / / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 29417.082 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1091-1325 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Catalytic Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / プラスミド: pNic-Bsa4-TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 103分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-3DN / 3-(4-{[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]methyl}phenyl)-5-methylisoquinolin-1(2H)-one / 3-(4-(4-(ジメチルアミノ)ピペリジノメチル)フェニル)-5-メチルイソキノリン-1(2H)-オン


分子量: 375.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N3O
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M ammonium tartrate, 12-16% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→58.31 Å / Num. obs: 11373 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 50.5 Å2 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.37-2.430.5780.9181.533354159314951.17893.8
2.43-2.50.6390.8381.913263157214811.08494.2
2.5-2.570.640.7682.063110151414321.00294.6
2.57-2.650.5850.7092.563008150613910.92692.4
2.65-2.740.8140.483.33111143914050.62397.6
2.74-2.830.840.383.872919138213480.49997.5
2.83-2.940.8710.3054.242851135213100.496.9
2.94-3.060.8890.2654.982778126712320.34797.2
3.06-3.20.9350.2085.62675124011880.27195.8
3.2-3.350.9630.1386.982405119611150.18293.2
3.35-3.530.9770.1127.942438114710980.14795.7
3.53-3.750.9840.0939.052246107310310.12196.1
3.75-4.010.9890.06810.7719629729040.08993
4.01-4.330.9920.06112.2320079488890.07993.8
4.33-4.740.9890.05613.8616828607740.07390
4.74-5.30.9910.05313.9616307557220.06895.6
5.3-6.120.9950.0512.6914326886620.06596.2
6.12-7.490.9950.04713.9112935855680.06197.1
7.49-10.60.9970.03617.39444504300.04795.6
10.60.9960.03417.974972442310.04594.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimless0.3.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
XSCALEデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RF5

2rf5


解像度: 2.37→58.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8759 / SU R Cruickshank DPI: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.32 / SU Rfree Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 581 5.11 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.194 11373 98.04 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4564 Å20 Å20 Å2
2--19.4294 Å20 Å2
3----25.8858 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.309 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.37→58.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 67 94 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011750HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.052346HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d796SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes280HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1750HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion210SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1980SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.6 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3608 124 4.71 %
Rwork0.2459 2510 -
all0.251 2634 -
obs--98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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