[日本語] English
万見
- PDB-4u65: Structure of the periplasmic output domain of the Legionella pneu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u65
タイトルStructure of the periplasmic output domain of the Legionella pneumophila LapD ortholog CdgS9 in complex with Pseudomonas fluorescens LapG
要素
  • Putative cystine protease
  • Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
キーワードTransferase/Hydrolase / signalling / PAS-like fold / Transferase-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / peptidase activity / signal transduction / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transglutaminase-like cysteine peptidase, predicted / Bacterial transglutaminase-like cysteine proteinase BTLCP / LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / C8orf32 fold - #30 / C8orf32 fold / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain ...Transglutaminase-like cysteine peptidase, predicted / Bacterial transglutaminase-like cysteine proteinase BTLCP / LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / C8orf32 fold - #30 / C8orf32 fold / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Nucleotide cyclase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cystine protease / Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chatterjee, D. / Cooley, R.B. / Boyd, C.D. / Mehl, R.A. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.S.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-103485 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01- RAI097307 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM108440 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM08704 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB9984521 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Mechanistic insight into the conserved allosteric regulation of periplasmic proteolysis by the signaling molecule cyclic-di-GMP.
著者: Chatterjee, D. / Cooley, R.B. / Boyd, C.D. / Mehl, R.A. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.
履歴
登録2014年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
B: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
C: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
D: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
E: Putative cystine protease
F: Putative cystine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,51410
ポリマ－104,3536
非ポリマー1604
水12,196677
1
A: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
B: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
E: Putative cystine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2575
ポリマ－52,1773
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
2
C: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
D: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
F: Putative cystine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2575
ポリマ－52,1773
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.854, 73.674, 88.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein


分子量: 14836.964 Da / 分子数: 4 / 断片: Periplasmic output domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0829 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q5ZXA3
#2: タンパク質 Putative cystine protease


分子量: 22502.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: lapF, Pfl01_0130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q3KK32
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH=6.0) and 0.1 M magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.06 Å / Num. obs: 55783 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 12.4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→44.056 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 1997 3.58 %
Rwork0.17 --
obs0.1714 55727 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7095 0 4 677 7776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6419938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0022674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0971-2.14960.2711170.22113299X-RAY DIFFRACTION84
2.1496-2.20770.26091420.21483688X-RAY DIFFRACTION95
2.2077-2.27260.261380.19993771X-RAY DIFFRACTION97
2.2726-2.3460.26821410.19683797X-RAY DIFFRACTION97
2.346-2.42980.23991400.19883815X-RAY DIFFRACTION98
2.4298-2.52710.26191500.1893883X-RAY DIFFRACTION98
2.5271-2.64210.22681470.1823874X-RAY DIFFRACTION99
2.6421-2.78140.23641430.18543874X-RAY DIFFRACTION100
2.7814-2.95560.21221410.17333951X-RAY DIFFRACTION100
2.9556-3.18380.19871450.1763948X-RAY DIFFRACTION100
3.1838-3.5040.21831460.16973933X-RAY DIFFRACTION100
3.504-4.01080.18391500.15163932X-RAY DIFFRACTION100
4.0108-5.0520.16081490.133966X-RAY DIFFRACTION100
5.052-44.06550.19941480.16363999X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.94941.31490.2611.04330.06670.45830.0069-0.3133-0.27280.03690.0028-0.19030.05510.0971-0.01040.1810.0349-0.00530.15960.02180.1783104.161916.645548.8584
25.50170.23780.84370.45750.02741.4411-0.1980.8175-0.1074-0.23710.0917-0.14360.0180.14860.12190.28350.00560.04810.2789-0.02540.2122102.954617.667430.5778
37.4530.8101-0.69930.6573-0.16630.4166-0.0199-0.32080.14070.03630.03620.1317-0.0356-0.009-0.00940.19780.0335-0.00640.1281-0.00740.172983.425128.83445.2628
47.02030.7092-0.75670.3650.24071.1054-0.17780.8465-0.0715-0.21960.08490.07950.0221-0.09180.09230.25950.0092-0.0360.24790.01230.190684.038827.999-13.1716
51.350.5044-0.34553.1604-0.70640.71930.00560.0589-0.0381-0.02190.01820.04240.01970.0353-0.0260.13980.0191-0.02760.164-0.00860.192881.035235.795238.1325
61.37640.65860.45214.04160.76370.7295-0.0420.02010.0712-0.05820.0363-0.083-0.0517-0.04510.00280.12610.01850.02310.14230.0090.1559106.34979.7328-6.0901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:152)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 22:152)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 22:152)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 22:152)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 51:247)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 51:247)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る