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- PDB-4u64: Structure of the periplasmic output domain of the Legionella pneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u64
タイトルStructure of the periplasmic output domain of the Legionella pneumophila LapD ortholog CdgS9 in the apo state
要素Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
キーワードTRANSFERASE / signalling / PAS-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / kinase activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain ...LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.141 Å
データ登録者Chatterjee, D. / Cooley, R.B. / Boyd, C.D. / Mehl, R.A. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.S.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-103485 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01- RAI097307 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM108440 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM08704 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB9984521 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Mechanistic insight into the conserved allosteric regulation of periplasmic proteolysis by the signaling molecule cyclic-di-GMP.
著者: Chatterjee, D. / Cooley, R.B. / Boyd, C.D. / Mehl, R.A. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.
履歴
登録2014年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1181
ポリマ－15,1181
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein

A: Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2372
ポリマ－30,2372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area3030 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.581, 61.581, 147.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-233-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Two component histidine kinase, GGDEF domain protein/EAL domain protein


分子量: 15118.335 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic output domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0829 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q5ZXA3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH=5.0), 14% PEG3350 and 4% v/v 2,2,2-trifluoroethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→30.79 Å / Num. obs: 9611 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 21.9 % / Net I/σ(I): 35.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.141→30.79 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.55 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 961 10 %
Rwork0.2194 --
obs0.2217 9611 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.141→30.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1042 0 0 90 1132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5981493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.249405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1412-2.25410.29271310.23951176X-RAY DIFFRACTION97
2.2541-2.39530.28061320.24691198X-RAY DIFFRACTION98
2.3953-2.58010.26921340.23051195X-RAY DIFFRACTION98
2.5801-2.83960.27771330.2461205X-RAY DIFFRACTION98
2.8396-3.25010.26261380.23651237X-RAY DIFFRACTION99
3.2501-4.09330.23381410.20921268X-RAY DIFFRACTION100
4.0933-30.79370.2121520.19951371X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.585-2.183-0.72851.3113-0.06542.61220.29890.31420.2232-0.173-0.191-0.1536-0.22140.3243-0.09540.2556-0.01950.00130.2210.00780.3184-13.6581-18.2418-11.1126
22.5059-1.05240.79882.8656-0.98571.8666-0.0032-0.11920.00430.02690.13930.2098-0.3145-0.0393-0.12620.24310.01770.06320.2456-0.02480.208-20.5589-11.6302-9.2614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:100)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 101:152)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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