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- PDB-4u42: MAP4K4 T181E Mutant Bound to inhibitor compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u42
タイトルMAP4K4 T181E Mutant Bound to inhibitor compound 1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / kinase / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / creatine kinase activity / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of MAPK cascade / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of JNK cascade ...positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / creatine kinase activity / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of MAPK cascade / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of JNK cascade / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / MAPK cascade / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3C8 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P. / Coons, M.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural Plasticity and Kinase Activation in a Cohort of MAP4K4 Structures
著者: Wu, P. / Chen, H. / Coons, M. / Crawford, T.D. / Kirkpatrick, D.S. / Murray, L. / Ndubaku, C.O. / Nonomiya, J. / Pham, V. / Schmidt, S. / Smysczek, T. / Vitorino, P. / Ye, W. / Harris, S.F.
履歴
登録2014年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6597
ポリマ－75,7962
非ポリマー8635
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26770 Å2
手法PISA
2
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4274
ポリマ－37,8981
非ポリマー5293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2323
ポリマ－37,8981
非ポリマー3342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.448, 83.672, 95.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 37898.086 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 2-328) / 変異: T181E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K4, HGK, KIAA0687, NIK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-3C8 / 6-[(3S)-3-(4-methyl-1H-pyrazol-3-yl)piperidin-1-yl]pyrido[3,2-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 309.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N7
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 0.2 M potassium citrate, pH 8.3, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22483 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 55.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.032 / Net I/av σ(I): 22.414 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 132882
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.5-2.595.921921.13599.8
2.59-2.695.922011.14199.70.877
2.69-2.825.922271.06599.90.673
2.82-2.96622111.07899.90.398
2.96-3.15622151.02999.90.263
3.15-3.39622371.0141000.145
3.39-3.73622440.991000.083
3.73-4.275.922690.9311000.049
4.27-5.385.922820.89999.70.036
5.38-505.624051.04399.50.032

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.504→39.724 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3029 1146 5.11 %
Rwork0.2272 21263 -
obs0.231 22409 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.484 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.98 Å2 / Biso mean: 66.4944 Å2 / Biso min: 31.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9174 Å20 Å2-0 Å2
2--10.0869 Å20 Å2
3----4.1695 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.504→39.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4415 0 62 47 4524
Biso mean--68.56 53.26 -
残基数----547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1766219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4981717
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.504-2.61780.35991380.28622556269498
2.6178-2.75580.35981530.275426162769100
2.7558-2.92840.36821430.262725972740100
2.9284-3.15440.35521290.270326532782100
3.1544-3.47160.32931400.245626712811100
3.4716-3.97360.27941600.217326602820100
3.9736-5.00480.25651520.188126792831100
5.0048-39.7290.30521310.221328312962100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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