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- PDB-4u2m: Crystal structure of a complex of the Miz1- and BCL6 POZ domains. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u2m
タイトルCrystal structure of a complex of the Miz1- and BCL6 POZ domains.
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / POZ domain / BTB domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production ...ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / gastrulation with mouth forming second / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / G1 to G0 transition / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of cell motility / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of Rho protein signal transduction / erythrocyte development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell cycle / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / regulation of T cell proliferation / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of immune response / core promoter sequence-specific DNA binding / Rho protein signal transduction / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / protein-DNA complex / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / cell morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / heterochromatin formation / regulation of cell population proliferation / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein / Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Stead, M.A. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Yorkshire Cancer ResearchL334 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures of heterodimeric POZ domains of Miz1/BCL6 and Miz1/NAC1.
著者: Stead, M.A. / Wright, S.C.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein
C: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein
D: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3114
ポリマ－113,3114
非ポリマー00
水2,936163
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3281
ポリマ－28,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3281
ポリマ－28,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3281
ポリマ－28,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3281
ポリマ－28,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.850, 97.880, 119.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a dimer. There are four biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,B-cell lymphoma 6 protein / Myc-interacting zinc finger protein 1 / Miz-1 / Zinc finger protein 151 / Zinc finger protein 60 / ...Myc-interacting zinc finger protein 1 / Miz-1 / Zinc finger protein 151 / Zinc finger protein 60 / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 28327.648 Da / 分子数: 4
断片: POZ domain, UNP residues 2-115,POZ domain, UNP residues 5-129
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ZBTB17, MIZ1, ZNF151, ZNF60, BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13105, UniProt: P41182
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 4 % PEG 3350, 3 % 2-propanol, 0.2 M ammonium citrate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→58.47 Å / Num. obs: 52962 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 215105
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.23-2.293.90.3114.81463337380.9190.17396.2
9.97-58.473.40.02150.823046690.990.01398.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.77 Å58.47 Å
Translation5.77 Å58.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
ARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→58.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.198 / FOM work R set: 0.8008 / SU B: 6.899 / SU ML: 0.169 / SU R Cruickshank DPI: 0.2853 / SU Rfree: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 2580 4.9 %RANDOM
Rwork0.2114 50287 --
obs0.2129 52867 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.85 Å2 / Biso mean: 46.076 Å2 / Biso min: 24.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å20 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→58.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7161 0 0 163 7324
Biso mean---50.29 -
残基数----941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.026993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.9529912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.457315953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5645939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29724.613310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69151213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7541529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9854.4873765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9824.4863764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5346.7044689
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.582 160 -
Rwork0.589 3532 -
all-3692 -
obs--95.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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