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- PDB-4u1j: HLA class I micropolymorphisms determine peptide-HLA landscape an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u1j
タイトルHLA class I micropolymorphisms determine peptide-HLA landscape and dictate differential HIV-1 escape through identical epitopes
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GAG protein
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-42 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / HLA / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / integrase activity / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / integrase activity / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Binding and entry of HIV virion / detection of bacterium / viral life cycle / viral process / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / Budding and maturation of HIV virion / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / protein processing / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / host multivesicular body / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / RNA-directed DNA polymerase activity / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / host cell / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / peptidase activity / protein-folding chaperone binding / iron ion transport
類似検索 - 分子機能
gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain ...gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / : / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Gag-Pol polyprotein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / GAG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
Model detailsHLA-B4201 carrying TL9 peptide
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Sewell, A.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/H001085/1 英国
引用ジャーナル: Retrovirology / 年: 2015
タイトル: A molecular switch in immunodominant HIV-1-specific CD8 T-cell epitopes shapes differential HLA-restricted escape.
著者: Klverpris, H.N. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Carlson, J. / Beck, K. / Schauenburg, A.J. / Rizkallah, P.J. / Buus, S. / Sewell, A.K. / Goulder, P.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-42 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GAG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,49410
ポリマ－45,0603
非ポリマー4347
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.910, 81.740, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Chains A, B and C form one biological entity. Only one copy is present in the a.u.

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-42 alpha chain / MHC class I antigen B*42


分子量: 32148.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P30480, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド GAG protein / TL9


分子量: 1032.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q70A36, UniProt: P04585*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10% PEG 6000, 10mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月30日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→55.61 Å / Num. obs: 95297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 686282 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.38-1.427.40.9752.75167969770.6520.382100
6.19-55.616.40.05923777012180.9940.02599.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.8 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å55.61 Å
Translation2.5 Å55.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.1.27データ削減
Aimless2.1.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
GDAデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I4W

4i4w


解像度: 1.38→55.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2021 / WRfactor Rwork: 0.1754 / FOM work R set: 0.8823 / SU B: 1.944 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0533 / SU Rfree: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1958 4773 5 %RANDOM
Rwork0.1703 90415 --
obs0.1716 95188 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.12 Å2 / Biso mean: 19.56 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å2-0 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→55.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3176 0 28 419 3623
Biso mean--31.06 30.03 -
残基数----387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0193410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.9394647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94737080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.355417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.62623.495186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76415558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0411532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1020.81602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1020.7991601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.751.1952014
LS精密化 シェル解像度: 1.384→1.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 360 -
Rwork0.232 6605 -
all-6965 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0333-0.0943-0.26630.7338-0.04410.58190.0023-0.1718-0.04130.06650.00870.0014-0.0006-0.0233-0.0110.07850.0036-0.00840.01860.00440.0022-4.6689-12.789231.0606
20.2510.04720.66620.76470.85755.57170.02740.0731-0.0541-0.09960.01360.03060.2521-0.1606-0.0410.0985-0.0220.00030.07780.00010.0488-25.8703-15.22181.8093
33.3687-1.32541.31842.3427-0.7871.7826-0.08560.24690.3165-0.03330.00230.0319-0.16940.01260.08330.1048-0.0133-0.01110.03820.03340.0436-15.04032.690211.103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 277
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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