PDB-4u1f: Crystal structure of middle domain of eukaryotic translation init...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u1f

タイトル

Crystal structure of middle domain of eukaryotic translation initiation factor eIF3b

要素

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B

キーワード

TRANSLATION / translation initiation / eIF3 complex / beta-propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, S. / Erzberger, J.P. / Schaefer, T. / Ban, N.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular architecture of the 40S⋅eIF1⋅eIF3 translation initiation complex.
著者: Jan P Erzberger / Florian Stengel / Riccardo Pellarin / Suyang Zhang / Tanja Schaefer / Christopher H S Aylett / Peter Cimermančič / Daniel Boehringer / Andrej Sali / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /

要旨: Eukaryotic translation initiation requires the recruitment of the large, multiprotein eIF3 complex to the 40S ribosomal subunit. We present X-ray structures of all major components of the minimal, ...

履歴

登録	2014年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u1f.cif.gz	400.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u1f.ent.gz	329.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u1f_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u1f_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	4u1f_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	4u1f_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/4u1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/4u1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2670C 2671C 3j8bC 3j8cC 4u1cC 4u1dC 4u1eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6can-d 2ia6-d 4ao4-d 5t88-d 2agp-d 5o4p-d 4tvc-d 2ykv-d 3tto-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.160, 175.870, 71.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation ...eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit / eIF3 p90 / Translation initiation factor eIF3 p90 subunit 分子量: 56935.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRT1, CDC63, YOR361C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06103
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation ...

分子量: 56935.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRT1, CDC63, YOR361C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06103

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG MME 5000, potassium thiocyanate, CHES / PH範囲: 8-9.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.00, 0.9793

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9793	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 67154 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 18.51

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XSCALE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→43.637 Å / FOM work R set: 0.8066 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2262	4040	6.02 %	Random selection
R_work	0.1871	63094	-	-
obs	0.1895	67134	97.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.12 Å² / B_iso mean: 55.3 Å² / B_iso min: 19.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→43.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7685	0	0	207	7892
B_iso mean	-	-	-	48.27	-
残基数	-	-	-	-	949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	10756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1143
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.397	2874

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1999-2.2258	0.3328	133	0.3162	2093	2226	95
2.2258-2.253	0.3151	140	0.2836	2146	2286	97
2.253-2.2815	0.3274	123	0.2842	2197	2320	98
2.2815-2.3115	0.3113	150	0.263	2212	2362	99
2.3115-2.3432	0.3262	138	0.2571	2184	2322	99
2.3432-2.3766	0.319	128	0.2579	2166	2294	98
2.3766-2.4121	0.2796	147	0.2458	2221	2368	99
2.4121-2.4498	0.2921	141	0.2426	2156	2297	99
2.4498-2.49	0.3312	147	0.2324	2188	2335	99
2.49-2.5329	0.3111	142	0.2444	2175	2317	99
2.5329-2.5789	0.2535	130	0.2414	2195	2325	98
2.5789-2.6285	0.2844	142	0.2384	2213	2355	99
2.6285-2.6822	0.3132	140	0.2381	2181	2321	99
2.6822-2.7405	0.2982	141	0.2281	2194	2335	97
2.7405-2.8042	0.2814	141	0.2165	2147	2288	98
2.8042-2.8744	0.261	144	0.2125	2180	2324	98
2.8744-2.9521	0.2569	139	0.2149	2177	2316	98
2.9521-3.0389	0.2676	138	0.21	2178	2316	98
3.0389-3.137	0.2388	143	0.2132	2189	2332	99
3.137-3.249	0.2614	128	0.2076	2206	2334	99
3.249-3.3791	0.2413	147	0.1978	2200	2347	99
3.3791-3.5328	0.235	140	0.1834	2154	2294	96
3.5328-3.719	0.2105	134	0.1831	2120	2254	96
3.719-3.9518	0.2318	140	0.1748	2205	2345	99
3.9518-4.2567	0.1718	143	0.1487	2185	2328	98
4.2567-4.6846	0.1633	142	0.1293	2192	2334	98
4.6846-5.3615	0.1716	138	0.1432	2091	2229	94
5.3615-6.7509	0.1889	149	0.1756	2165	2314	97
6.7509-43.6452	0.2218	132	0.1805	2184	2316	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1827	0.7023	-0.6337	3.1382	0.5233	2.9416	-0.1088	0.6237	0.0613	-0.6772	-0.0283	0.5328	-0.0877	-0.3378	0.138	0.4215	0.0263	-0.0428	0.4269	-0.002	0.3552	25.8643	102.8002	14.1527
2	1.5456	-0.3509	-0.9059	1.2856	0.4043	1.4845	-0.056	0.6783	0.0218	-0.4315	-0.0073	-0.3475	0.2817	0.1705	0.0673	0.6736	-0.034	0.1778	0.6403	0.0717	0.3509	44.9234	102.8304	4.634
3	1.7485	0.3133	0.1411	1.22	0.8275	3.1882	-0.0052	0.2789	0.1492	-0.3815	-0.0634	-0.5323	-0.08	0.4311	0.0709	0.4701	-0.0227	0.1755	0.4506	0.0904	0.4924	53.248	111.996	18.4841
4	3.1532	0.4179	-0.1927	1.4848	0.9095	2.5298	0.1923	-0.301	0.2493	0.0909	-0.1528	-0.5981	0.0475	0.5212	-0.0133	0.3497	-0.059	0.0399	0.4771	0.0721	0.6023	55.2566	111.8255	36.1857
5	2.3339	0.8352	0.075	2.1887	-0.5419	2.1004	0.2046	-0.4133	-0.0473	0.461	-0.3401	-0.368	0.0029	0.2989	0.0346	0.3941	-0.0477	-0.0078	0.4044	0.0495	0.3481	43.9079	106.2335	45.5079
6	2.5429	0.6048	0.3754	1.7424	-0.2218	2.3255	0.1538	-0.6113	-0.1491	0.4828	-0.2106	0.2497	0.0748	-0.0876	0.1121	0.3681	-0.036	0.0889	0.3987	0.0446	0.3164	31.306	101.9152	44.4692
7	0.583	1.0441	0.4019	3.9366	0.2334	1.4317	0.0768	-0.059	-0.3146	-0.2364	-0.021	0.3068	0.3224	-0.1331	-0.1149	0.3424	0.0005	0.0838	0.2364	0.0267	0.3791	29.4059	93.7614	30.3186
8	1.2646	0.0548	-0.0483	2.5649	0.2401	0.9354	-0.1072	0.1764	0.2123	-0.7892	-0.0625	-0.858	-0.2323	0.2836	0.0196	0.2902	-0.0113	-0.0395	0.2641	0.0532	0.4524	37.4464	61.4069	26.9002
9	2.8031	1.126	0.3142	3.3664	0.0628	1.9939	-0.2112	0.6212	0.0726	-1.206	0.0793	0.1642	-0.0173	-0.2197	0.1265	0.7865	0.0083	-0.1141	0.4757	-0.0317	0.2393	22.7744	55.1251	11.6695
10	2.2861	0.7533	-0.5028	3.3133	-0.1219	2.26	0.0764	-0.2415	0.0247	0.2342	-0.2858	0.5337	-0.0377	-0.3688	0.105	0.2518	-0.014	-0.0272	0.3165	-0.0938	0.3616	17.0897	52.6713	38.35
11	1.1415	-0.1566	-0.248	2.7145	-0.2803	1.3657	-0.1407	0.1434	-0.2515	-0.5345	-0.0869	0.5367	0.2151	-0.4457	0.2476	0.1968	0.0007	0.0496	0.2996	0.0032	0.3863	23.9922	98.1855	26.3848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 146 through 212 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 213 through 272 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 273 through 354 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 355 through 433 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 434 through 505 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 506 through 564 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 565 through 596 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 597 through 625 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 315 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 316 through 596 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 597 through 625 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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