PDB-4u1d: Structure of the PCI domain of translation initiation factor eIF3a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u1d

タイトル

Structure of the PCI domain of translation initiation factor eIF3a

要素

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

キーワード

TRANSLATION / translation initiation / eIF3 complex / PCI domain

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / incipient cellular bud site / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Erzberger, J.P. / Schaefer, T. / Ban, N.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular architecture of the 40S⋅eIF1⋅eIF3 translation initiation complex.
著者: Jan P Erzberger / Florian Stengel / Riccardo Pellarin / Suyang Zhang / Tanja Schaefer / Christopher H S Aylett / Peter Cimermančič / Daniel Boehringer / Andrej Sali / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /

要旨: Eukaryotic translation initiation requires the recruitment of the large, multiprotein eIF3 complex to the 40S ribosomal subunit. We present X-ray structures of all major components of the minimal, ...

履歴

登録	2014年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u1d.cif.gz	551.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u1d.ent.gz	466.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u1d_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u1d_full_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示
XML形式データ	4u1d_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	4u1d_validation.cif.gz	61.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/4u1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/4u1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2670C 2671C 3j8bC 3j8cC 4u1cC 4u1eC 4u1fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gla-d 1xqh-d 5z24-1 6u3w-d 4gri-1 3mv2-2 4dy7-2 7axe-2 6hay-2 3dy6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4)

登録構造単位

C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

171 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	242.530, 158.270, 93.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / Translation initiation factor eIF3 / p110 subunit homolog 分子量: 57012.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38249

#1: タンパク質

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...

分子量: 57012.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38249

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, KSCN, Bis-Tris-propane / PH範囲: 6.8-8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.294→40 Å / Num. obs: 48944 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 112 Å² / Net I/σ(I): 11.14
反射シェル	解像度: 3.294→3.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 3.3→39.568 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2037	2446	5.01 %	Random selection
R_work	0.1703	-	-	-
obs	0.1719	48847	94.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 118.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→39.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11013	0	0	0	11013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	15179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.626	4218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2943-3.3615	0.3403	135	0.3395	2553	X-RAY DIFFRACTION	88
3.3615-3.4345	0.2953	143	0.2961	2717	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4345-3.5144	0.2786	144	0.2693	2737	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5144-3.6022	0.299	145	0.2583	2744	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6022-3.6995	0.2479	140	0.2503	2677	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6995-3.8083	0.2607	140	0.2199	2638	X-RAY DIFFRACTION	91
3.8083-3.9311	0.2316	147	0.1985	2794	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9311-4.0715	0.2199	149	0.1843	2819	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0715-4.2343	0.1821	148	0.1526	2799	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2343-4.4268	0.1678	147	0.1386	2812	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4268-4.6598	0.1634	148	0.1345	2794	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6598-4.9513	0.1834	145	0.1292	2754	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9513-5.3327	0.2028	142	0.141	2686	X-RAY DIFFRACTION	93
5.3327-5.8678	0.2237	141	0.1637	2689	X-RAY DIFFRACTION	92
5.8678-6.7134	0.2092	148	0.1751	2797	X-RAY DIFFRACTION	96
6.7134-8.4446	0.1978	142	0.1559	2696	X-RAY DIFFRACTION	93
8.4446-39.5703	0.1632	142	0.1456	2695	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.22	0.3763	0.6042	0.5024	0.6659	0.3175	0.2182	0.2599	0.1751	0.0255	0.0059	-0.744	0.0419	-0.277	-0.0017	0.7469	0.1323	-0.0529	0.866	0.2497	1.3519	57.8259	114.9432	82.7074
2	0.1865	-0.0665	-0.5403	1.1508	0.4632	-0.1975	0.1652	0.0842	0.3635	-0.0875	0.0371	-0.2677	0.232	-0.223	-0.0001	0.7929	0.1564	-0.1041	0.9723	0.141	0.8581	53.5256	84.4308	70.0262
3	1.0522	0.5137	-0.5718	1.6043	0.0114	0.7351	0.1441	0.3257	-0.1357	-0.1522	-0.202	0.057	0.0739	0.0725	0	0.9087	-0.0454	-0.0479	0.9424	-0.1117	0.6311	62.9075	53.5537	65.673
4	0.5518	-0.4443	-0.2356	0.5397	0.0064	0.3805	-0.0005	0.1829	0.0546	-0.2393	-0.0203	-0.2329	0.2668	0.0753	-0	0.6851	0.0063	0.0843	0.6535	0.0311	0.7362	96.4051	49.6906	77.1488
5	-0.4158	-1.66	-0.8468	1.6999	0.5558	0.297	0.0252	0.0528	-0.0542	0.0291	-0.0191	0.0162	-0.0347	-0.1337	0.0048	0.4637	-0.0086	0.0285	0.4402	0.0179	0.4067	73.6064	65.9389	94.5479
6	1.2792	-0.2081	0.1035	1.1811	0.4318	0.089	-0.2201	0.1806	0.0488	0.369	0.0795	0.2735	-0.0451	-0.1705	0	0.9139	0.1928	0.0361	0.7293	0.003	0.8288	50.8578	91.1247	104.6933
7	0.6458	0.3145	0.2591	0.218	-0.1619	0.5469	-0.1747	0.0517	0.1082	-0.0864	0.0731	0.0082	-0.0047	0.0127	0	0.7342	-0.1583	-0.0095	0.7412	-0.1195	0.6801	44.6853	43.0622	86.6453
8	0.4146	0.2834	0.6333	1.0459	0.2674	0.2177	0.0028	-0.3227	0.0066	0.0606	-0.0222	-0.0715	0.0205	-0.1168	-0	0.6358	-0.0596	0.0686	0.6852	0.0219	0.5941	68.2857	44.5973	123.92
9	-0.0117	0.0155	0.0024	0.0925	-0.0043	0.0566	0.3881	0.0253	-0.1898	-0.2393	0.1372	-0.4861	-0.2263	0.8409	-0.0002	0.8883	-0.104	-0.0237	0.9062	-0.1031	0.7635	87.9544	53.4634	124.8749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:178)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 179:336)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:493)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 6:106)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 107:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:492)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 6:336)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 337:474)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 475:493)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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