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- PDB-4u0g: Crystal Structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to ADEP and agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0g
タイトルCrystal Structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to ADEP and agonist
要素
  • (ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ...) x 2
  • ADEP-2B5Me
キーワードhydrolase/antibiotic / hydrolase / peptidase / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / peptidoglycan-based cell wall / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid / N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1978 Å
データ登録者Schmitz, K.R. / Carney, D.W. / Sello, J.K. / Sauer, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-101988 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ClpP1P2 suggests a model for peptidase activation by AAA+ partner binding and substrate delivery.
著者: Schmitz, K.R. / Carney, D.W. / Sello, J.K. / Sauer, R.T.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
c: ADEP-2B5Me
i: ADEP-2B5Me
d: ADEP-2B5Me
e: ADEP-2B5Me
f: ADEP-2B5Me
g: ADEP-2B5Me
h: ADEP-2B5Me
j: ADEP-2B5Me
k: ADEP-2B5Me
l: ADEP-2B5Me
m: ADEP-2B5Me
n: ADEP-2B5Me
o: ADEP-2B5Me
p: ADEP-2B5Me
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)638,290134
ポリマ－621,16842
非ポリマー17,12292
水52229
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
c: ADEP-2B5Me
i: ADEP-2B5Me
d: ADEP-2B5Me
e: ADEP-2B5Me
f: ADEP-2B5Me
g: ADEP-2B5Me
h: ADEP-2B5Me
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,13667
ポリマ－310,58421
非ポリマー8,55246
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
j: ADEP-2B5Me
k: ADEP-2B5Me
l: ADEP-2B5Me
m: ADEP-2B5Me
n: ADEP-2B5Me
o: ADEP-2B5Me
p: ADEP-2B5Me
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,15467
ポリマ－310,58421
非ポリマー8,57046
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.748, 187.673, 294.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain O
91chain P
101chain Q
111chain R
121chain S
131chain T
141chain U
12chain H
22chain I
32chain J
42chain K
52chain L
62chain M
72chain N
82chain V
92chain W
102chain X
112chain Y
122chain Z
132chain a
142chain b

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEALAALAchain AAA15 - 2113 - 199
21TYRTYRSERSERchain BBB14 - 2102 - 198
31ILEILESERSERchain CCC15 - 2103 - 198
41ILEILELEULEUchain DDD15 - 2093 - 197
51ILEILEALAALAchain EEE15 - 2113 - 199
61ILEILESERSERchain FFF15 - 2103 - 198
71ILEILESERSERchain GGG15 - 2103 - 198
81ILEILESERSERchain OOO15 - 2103 - 198
91ILEILELYSLYSchain PPP15 - 2083 - 196
101ILEILELEULEUchain QQQ15 - 2093 - 197
111ILEILESERSERchain RRR15 - 2103 - 198
121ILEILESERSERchain SSS15 - 2103 - 198
131ILEILESERSERchain TTT15 - 2103 - 198
141ILEILESERSERchain UUU15 - 2103 - 198
12THRTHRILEILEchain HHH17 - 19011 - 184
22SERSERILEILEchain III19 - 19013 - 184
32ASPASPARGARGchain JJJ18 - 19212 - 186
42SERSERILEILEchain KKK19 - 19013 - 184
52ASPASPTHRTHRchain LLL18 - 19112 - 185
62SERSERTHRTHRchain MMM19 - 19113 - 185
72ASPASPTHRTHRchain NNN18 - 19112 - 185
82ASPASPARGARGchain VVV18 - 19212 - 186
92ASPASPARGARGchain WWW18 - 19212 - 186
102ASPASPARGARGchain XXX18 - 19212 - 186
112ASPASPTHRTHRchain YYY18 - 19112 - 185
122THRTHRTHRTHRchain ZZZ17 - 19111 - 185
132ASPASPTHRTHRchain aaAA18 - 19112 - 185
142THRTHRTHRTHRchain bbBA17 - 19111 - 185

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ... , 2種, 28分子 ABCDEFGOPQRSTUHIJKLMNVWXYZab

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / Endopeptidase Clp 2


分子量: 22235.328 Da / 分子数: 14 / 断片: mature enzyme / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: clpP2, Rv2460c, MTV008.16c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC3, endopeptidase Clp
#2: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / Endopeptidase Clp 1


分子量: 21441.100 Da / 分子数: 14 / 断片: mature enzyme / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: clpP1, clpP, Rv2461c, MTV008.17c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC5, endopeptidase Clp

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 14分子 cidefghjklmnop

#3: タンパク質・ペプチド
ADEP-2B5Me


分子量: 692.750 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#4: 化合物...
ChemComp-ZIL / N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine / Z-Ile-Leu / Cbz-Ile-Leu-OH


分子量: 378.463 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N2O5
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-39Y / (2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid


分子量: 142.196 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.77 % / 解説: 100x100x200 micron rectangular
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1:1 mixture of reservoir (1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES) and protein solution (2.5 mg/mL ClpP1, 2.5 mg/mL ClpP2, 0.2 mM ADEP-2B5Me, 0.5 mM Z-Ile-Leu, 10 mM HEPES, 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 15% DMSO)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1978→50 Å / Num. obs: 141536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 49.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.01 / Net I/av σ(I): 13.5 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 965776
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1978-3.267.10.5569240.8780.2210.5930.992100
3.26-3.317.10.46170170.9110.1860.4980.995100
3.31-3.387.10.41570350.9260.1670.4480.998100
3.38-3.4570.37169770.9420.150.41.004100
3.45-3.5270.33670320.950.1370.3631.001100
3.52-3.670.28370210.9620.1150.3061.007100
3.6-3.696.90.2470260.9730.0980.261100
3.69-3.796.80.20870120.9790.0860.2251.007100
3.79-3.916.70.18770220.9810.0780.2031.019100
3.91-4.036.40.15470270.9860.0660.1671.0199.9
4.03-4.1860.13370540.9880.0590.1451.023100
4.18-4.347.10.12470400.9920.050.1341.018100
4.34-4.547.20.10770670.9940.0430.1161.011100
4.54-4.787.10.10470810.9940.0420.1131.021100
4.78-5.0870.10970920.9930.0440.1181.016100
5.08-5.476.80.11870790.9920.0490.1281.005100
5.47-6.026.20.11971270.990.0520.131.025100
6.02-6.896.70.1171620.9930.0460.1191.028100
6.89-8.676.90.07472510.9970.030.080.982100
8.67-506.40.0574900.9980.0210.0541.04799.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å49.91 Å
Translation3.2 Å49.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-20002.5.5データ削減
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1978→49.913 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 7075 5.02 %random selection
Rwork0.1903 133824 --
obs0.1919 140899 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.26 Å2 / Biso mean: 36.0093 Å2 / Biso min: 1.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1978→49.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40064 0 3503 29 43596
Biso mean--55.11 17.83 -
残基数----5180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00441682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70256424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.50315895
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
12B16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
13C16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
14D16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
15E16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
16F16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
17G16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
18O16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
19P16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
110Q16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
111R16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
112S16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
113T16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
114U16135X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
21H13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
22I13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
23J13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
24K13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
25L13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
26M13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
27N13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
28V13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
29W13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
210X13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
211Y13003X-RAY DIFFRACTION2.382TORSIONAL
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LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1978-3.23420.35362370.3014295453297
3.2342-3.27220.3442110.27744348455999
3.2722-3.31210.31182290.27814396462599
3.3121-3.3540.29362170.26624471468899
3.354-3.39820.30281990.24554357455699
3.3982-3.44470.26192370.24054424466199
3.4447-3.49390.27672470.24224402464999
3.4939-3.5460.24712380.226544014639100
3.546-3.60140.24572440.2254447469199
3.6014-3.66050.25042440.219143864630100
3.6605-3.72360.23942430.212344374680100
3.7236-3.79120.23442380.196944434681100
3.7912-3.86410.2642490.195144144663100
3.8641-3.9430.22372370.182244464683100
3.943-4.02870.20222360.173344294665100
4.0287-4.12240.19462650.168844094674100
4.1224-4.22540.18292190.157844714690100
4.2254-4.33960.20752430.160544664709100
4.3396-4.46720.1742260.147644824708100
4.4672-4.61130.15792260.138944804706100
4.6113-4.7760.18042230.141445064729100
4.776-4.9670.1872330.159745034736100
4.967-5.19290.2192230.172644854708100
5.1929-5.46630.20512390.177544814720100
5.4663-5.80830.23422530.194444944747100
5.8083-6.2560.21182430.194345314774100
6.256-6.88410.22622250.188745184743100
6.8841-7.87690.19792620.16745564818100
7.8769-9.91130.17322350.158846164851100
9.9113-49.91940.20712540.1944730498499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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