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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tzv | ||||||
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タイトル | Co-crystals of the Ternary Complex Containing a T-box Stem I RNA, its Cognate tRNAGly, and B. subtilis YbxF protein, treated by removing lithium sulfate post crystallization | ||||||
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![]() | RIBOSOMAL PROTEIN/RNA / RNA / riboswitch / tRNA / T-box / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dramatic Improvement of Crystals of Large RNAs by Cation Replacement and Dehydration. 著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R. #1: ![]() タイトル: Co-crystal structure of a T-box riboswitch stem I domain in complex with its cognate tRNA. 著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8492.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24258.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 33107.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM Bis-Tris (HCl) pH 6.5, 300 mM Li2SO4, and 20% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 6.5-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.03→46.03 Å / Num. obs: 3756 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 5.03→5.2 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.828 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LCK 解像度: 5.03→46.03 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.03→46.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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