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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tzt | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ENOYL REDUCTASE (INHA) COMPLEXED WITH N-(3-CHLORO-2-METHYLPHENYL)-1-CYCLOHEXYL- 5-OXOPYRROLIDINE-3-CARBOXAMIDE | |||||||||
![]() | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / pyrrolidine carboxamide | |||||||||
機能・相同性 | ![]() trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | He, X. / Alian, A. / Stroud, R.M. / Ortiz de Montellano, P.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pyrrolidine carboxamides as a novel class of inhibitors of enoyl acyl carrier protein reductase from Mycobacterium tuberculosis 著者: He, X. / Alian, A. / Stroud, R.M. / Ortiz de Montellano, P.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-468 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10% MPD, 50mM Na Citrate pH 6.5, 100 mM Hepes pH 7.2 PH範囲: 7 - 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→42.341 Å / Num. obs: 33284 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.86→42.34 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→42.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 45.5974 Å / Origin y: 48.1684 Å / Origin z: 52.5347 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |