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- PDB-4tzp: As Grown, Untreated Co-crystals of the Ternary Complex Containing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzp
タイトルAs Grown, Untreated Co-crystals of the Ternary Complex Containing a T-box Stem I RNA, its cognate tRNAGly, and B. subtilis YbxF protein
要素
  • Ribosome-associated protein L7Ae-like
  • engineered tRNA
  • glyQ T-box Stem I
キーワードRibosomal Protein/RNA / RNA / Riboswitch / T-box / tRNA / Ribosomal Protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, putative / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-binding protein YbxF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8.503 Å
データ登録者Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Dramatic Improvement of Crystals of Large RNAs by Cation Replacement and Dehydration.
著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Co-crystal structure of a T-box riboswitch stem I domain in complex with its cognate tRNA.
著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-associated protein L7Ae-like
B: engineered tRNA
C: glyQ T-box Stem I
D: Ribosome-associated protein L7Ae-like
E: engineered tRNA
F: glyQ T-box Stem I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7186
ポリマ－131,7186
非ポリマー00
水00
1
A: Ribosome-associated protein L7Ae-like
B: engineered tRNA
C: glyQ T-box Stem I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8593
ポリマ－65,8593
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Ribosome-associated protein L7Ae-like
E: engineered tRNA
F: glyQ T-box Stem I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8593
ポリマ－65,8593
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.730, 108.749, 291.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome-associated protein L7Ae-like


分子量: 8492.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rplGB, ybaB, ybxF, BSU01090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46350
#2: RNA鎖 engineered tRNA


分子量: 24258.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#3: RNA鎖 glyQ T-box Stem I


分子量: 33107.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Bis-Tris (HCl) pH 6.5, 300 mM Li2SO4, and 20% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 8.5→48.63 Å / Num. obs: 1651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル最高解像度: 8.5 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LCK

4lck


解像度: 8.503→48.63 Å / SU ML: 1.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 47.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3733 160 9.71 %Random
Rwork0.2673 ---
obs0.2779 1648 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 8.503→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 7460 0 0 8508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81814456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8784507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005525
LS精密化 シェル解像度: 8.503→48.63 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3733 160 -
Rwork0.2673 1488 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07690.08420.05770.1090.00780.16490.3181-0.83140.87970.4665-0.03390.7429-0.1589-0.5372-010.56774.40221.6396.93820.808211.746-9.6546-11.2382-54.89
20.0535-0.0245-0.01560.01730.03340.0079-0.29290.09790.02250.3390.2644-0.1309-0.0268-0.15340.00015.43821.7171-2.09749.66010.3238.9883-4.7177-2.1248-52.6509
30.02670.0252-0.0290.0621-0.06870.0487-0.43550.28370.39870.48820.7112-0.01460.0049-0.3454-012.9814-0.5666-2.009210.4103-0.74576.15512.7149-7.0116-55.3678
41.9104-1.3865-5.76820.12790.62391.98620.02740.79840.1882-1.607-0.4386-0.5476-1.49960.6323-0.4331.80710.77310.335.4759-0.59664.32-5.6785-1.2438-54.4841
51.3731.5088-0.32082.4685-1.95313.73630.51770.3631-1.4219-0.3048-0.1354-0.65530.20930.0924-0.145310.09610.1016-3.24634.96560.55651.9138-12.4798-6.3163-49.8375
60.15430.12950.08190.00180.00990.02840.96960.15241.01170.4291-2.16610.51930.44680.099806.72043.8241-2.078811.6404-0.95198.2183-14.878-7.979.5885
7-0.4761-0.1806-0.0743-0.19080.2388-0.036-0.94467.2899-2.06995.21710.976-0.9837-0.60461.9864-04.03585.6609-3.71142.7712-1.46528.2014-3.9191-15.1164.3602
80.60180.45480.07920.18930.2278-0.04774.44751.086-0.0381-1.3973.48982.03481.17650.721107.7223-3.0148-0.608911.0794-5.96679.6208-1.6496-12.3735-2.8004
9-0.03090.23950.24420.4292-0.04640.21130.1224-0.9465-1.1858-0.1487-0.11170.94015.4348-0.843018.0854-2.247-4.91517.36852.37336.4898-16.8598-0.880924.6212
100.0245-0.06230.0586-0.1024-0.2419-0.090.95131.62861.0773-1.99082.4712-1.9264-0.98472.3551-06.38722.0152.67474.44582.74918.5891-25.675-11.0922-33.3092
110.0358-0.0114-0.21130.0988-0.10430.069-0.2606-0.22370.2256-0.34070.6403-0.5108-0.77030.625807.4789-0.9765.18593.5243-1.270610.6365-6.4903-27.6639-34.2528
120.0348-0.08140.0640.013-0.23250.0345-0.6699-1.17150.26962.3704-0.0719-2.5711-0.1795-0.1529010.41048.4883-4.394311.20668.66273.40129.7403-38.6115-9.2274
130.3820.44420.14790.05270.12680.0943-1.4985-0.1821-0.9522.87851.66380.69730.32090.680907.3453-2.986.714416.31910.63865.97585.4663-30.316319.4964
140.0942-0.06360.23030.2477-0.23240.1394-1.4037-0.72120.4471.5611-2.61440.79490.6104-2.7531-03.85240.47181.53411.3379-0.742813.710410.9201-23.37322.1007
150.13140.04860.031-0.0734-0.0245-0.12281.86260.39731.76921.6215-1.0556-3.401-0.32220.1731-04.8563-1.7624-0.00158.77830.48833.333411.6491-15.736127.6825
16-0.0013-0.05970.0050.02260.10620.13820.13030.26310.73470.8812-1.26711.0741-3.3564-0.0639-04.89938.066-0.47282.9417-2.68374.60815.5725-28.25319.6164
17-1.1649-0.31561.01630.19760.8361-0.15020.02121.1212-0.36221.711-0.76130.63040.8593-1.03010.3514-1.27293.88423.31540.540111.05280.0908-30.3023-25.5071
180.20630.04790.2022-0.1483-0.01970.096-0.77770.35030.3063-0.2798-0.49061.7038-0.5570.4136-011.6893-4.3952-2.469414.8741.39658.0766-27.6948-18.0076-31.079
19-0.0012-0.0054-0.05130.54870.67510.72270.4476-0.16980.61380.0106-0.3001-0.0126-0.5257-0.0048-0.20415.4043-2.3239-0.1788.29130.43614.268-39.309714.0597131.6411
200.0915-0.39060.05032.7752-0.14540.05260.51331.1122-0.84840.3054-1.22720.66620.43780.2670.00384.6619-5.81031.19547.6961-1.477413.1801-40.75215.8088124.0975
21-0.01410.0025-0.0070.01490.00010.00130.33190.38050.0639-0.0022-0.0768-0.1905-0.3794-0.4706-06.17262.32013.81925.98630.12978.5644-42.9142-0.7392125.8095
220.0276-0.0517-0.00870.1057-0.04480.0841-0.3183-0.04730.3207-0.0958-0.17070.4016-0.0509-0.1127-0.000411.71162.64661.3487.9671.34036.6191-51.0938.3533132.1425
230.04380.1178-0.03970.1423-0.00980.019-0.37770.5622-0.2605-0.12190.086-0.9066-0.26010.7412-0.0018.2918-0.2724-1.71394.91872.956811.2225-44.372814.146128.452
24-0.03150.06520.1532-0.0267-0.00080.0198-0.0396-0.3712-1.07890.6395-0.56850.4008-0.1430.477607.673-2.9467-2.15168.97134.738911.8548-46.5128.648365.9883
250.0912-0.3104-0.11390.11120.08270.0371-0.8369-2.7736-1.21824.8489-0.8871.08961.75241.268809.98922.71392.60159.7824-1.356411.8461-39.3905-2.756770.3986
260.39650.20980.2061.41490.2644-0.0918-3.1126-5.0253-0.29610.15233.64250.88242.99173.9914-013.9588-1.50180.54529.64795.320218.8162-42.2031-5.584477.3354
27-0.02180.01940.0809-0.00990.0405-0.0556-0.58910.02030.52430.3896-0.854-1.4042-0.20220.7028-05.2470.7696-0.24952.3448-2.50486.0997-47.45410.716346.4867
280.039-0.0699-0.04830.0518-0.14260.0048-0.759-0.17891.0899-1.7828-1.646-1.26490.85780.2725-07.34784.49941.8148.728912.658812.5193-58.859313.718654.5724
290.18680.1063-0.18090.0220.16220.0690.82320.2184-0.7629-0.53240.01620.6645-0.2983-0.0744-05.908-1.45474.47139.7274-5.128513.0679-60.209928.213351.7574
30-0.1138-0.1594-0.2878-0.1118-0.3477-0.11322.9525-1.3649-1.2233-0.59920.40050.82881.0655-1.667305.9823-9.65390.94162.289221.87294.603-36.790415.2106108.6894
310.10430.1061-0.04830.1126-0.14090.08451.62221.5611.63241.1160.491.3846-0.48180.1871-07.5044-6.9376-1.15726.00472.71746.0142-19.7698-8.3792100.8152
32-0.0743-0.06790.33190.0340.2169-0.104-2.30770.3358-4.8505-1.9705-2.97690.56260.14581.369509.02234.997-0.46467.63720.64146.292-16.1569-17.829372.4868
330.0320.2998-0.2787-0.0377-0.23410.3101-4.83264.10011.64681.814-3.4542-3.084-1.89280.7274-05.33142.71791.775413.75644.58952.8034-32.2989-14.782245.4442
340.5655-0.0984-0.34110.3409-0.01580.13670.6582-0.5252.70971.6825.58333.69750.29410.16904.6187-0.6168-0.635511.9573.123.041-29.1091-18.599253.657
350.58880.5310.54010.33780.2563-0.07274.0085-1.1152-1.5663-0.2627-1.1537-3.57873.27862.8215-013.9983-2.3779-6.61665.52812.285110.9011-19.7052-10.921493.8685
360.56260.3850.36730.30720.53960.311.21932.51860.54122.11040.1557-0.91862.5221-0.9503-011.9753-1.858-9.238817.05237.259417.5492-30.583113.8352109.4776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 52 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 63 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 64 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 30 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 51 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 79 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 11 through 20 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 21 through 33 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 34 through 43 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 44 through 50 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 51 through 65 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 66 through 74 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 75 through 95 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 96 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 2 through 15 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 16 through 38 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 39 through 57 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 58 through 63 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 64 through 82 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 5 through 15 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 16 through 30 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 31 through 51 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 52 through 60 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 61 through 68 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 69 through 79 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 1 through 13 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 14 through 23 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 24 through 38 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 39 through 57 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 58 through 74 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 75 through 92 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 93 through 102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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