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- PDB-4tzi: Structure of unliganded Lyn SH2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzi
タイトルStructure of unliganded Lyn SH2 domain
要素Tyrosine-protein kinase Lyn
キーワードTRANSFERASE / SH2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Growth hormone receptor signaling / erythropoietin receptor binding / C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Platelet Adhesion to exposed collagen / response to sterol depletion / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family ...Growth hormone receptor signaling / erythropoietin receptor binding / C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Platelet Adhesion to exposed collagen / response to sterol depletion / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / regulation of mast cell activation / CD22 mediated BCR regulation / PECAM1 interactions / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / Regulation of KIT signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / eosinophil differentiation / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Co-stimulation by CD28 / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of intracellular signal transduction / GPVI-mediated activation cascade / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / regulation of B cell receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / FCGR activation / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / tolerance induction to self antigen / integrin alpha2-beta1 complex / negative regulation of mast cell proliferation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of mast cell proliferation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / glycosphingolipid binding / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / Cyclin D associated events in G1 / hemoglobin biosynthetic process / FCERI mediated Ca+2 mobilization / regulation of mast cell degranulation / platelet degranulation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of platelet aggregation / Regulation of signaling by CBL / regulation of B cell apoptotic process / phosphorylation-dependent protein binding / dendritic cell differentiation / neuroinflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-5-mediated signaling pathway / histamine secretion by mast cell / oligodendrocyte development / gamma-tubulin binding / platelet-derived growth factor receptor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / response to carbohydrate / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / postsynaptic specialization, intracellular component / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of MAP kinase activity / negative regulation of B cell proliferation / mitochondrial crista / negative regulation of protein phosphorylation / B cell homeostasis / hemopoiesis / B cell proliferation / signaling receptor activator activity / response to amino acid / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / ephrin receptor signaling pathway / fatty acid transport / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to axon injury / ephrin receptor binding / cellular response to retinoic acid / peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to hormone / regulation of cytokine production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / B cell receptor signaling pathway / erythrocyte differentiation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / non-specific protein-tyrosine kinase / adherens junction
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase Lyn
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wybenga-Groot, L.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell Proteomics / 年: 2015
タイトル: Tyrosine Phosphorylation of the Lyn Src Homology 2 (SH2) Domain Modulates Its Binding Affinity and Specificity.
著者: Jin, L.L. / Wybenga-Groot, L.E. / Tong, J. / Taylor, P. / Minden, M.D. / Trudel, S. / McGlade, C.J. / Moran, M.F.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Lyn
B: Tyrosine-protein kinase Lyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3982
ポリマ－26,3982
非ポリマー00
水1,892105
1
A: Tyrosine-protein kinase Lyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1991
ポリマ－13,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase Lyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1991
ポリマ－13,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.915, 27.995, 74.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Lyn / V-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene homolog / p53Lyn / p56Lyn


分子量: 13199.002 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain residues 115-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lyn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P25911, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 ul seed stock with 0.2 ul well solution (0.1 M Tris pH 8.5, 20% v/v ethanol) and 0.3 ul of protein (20 mM Hepes pH 7.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 22.5 mg/mL)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射モノクロメーター: Varimax VHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 13934 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 26.53 Å2 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HCK

3hck


解像度: 2.1→32.756 Å / FOM work R set: 0.7963 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2538 1062 7.63 %Random
Rwork0.199 12857 --
obs0.2033 13919 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.64 Å2 / Biso mean: 40.86 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→32.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1714 0 0 105 1819
Biso mean---39.64 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0932355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.882647
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.19580.26771150.211216221737
2.1958-2.31150.25541440.228115771721
2.3115-2.45630.30231530.225915361689
2.4563-2.64590.30171130.222716031716
2.6459-2.9120.27121300.222315991729
2.912-3.3330.28781340.212916111745
3.333-4.19790.22611270.176616271754
4.1979-32.76030.22481460.177816821828
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.2063 Å / Origin y: 32.3366 Å / Origin z: 19.0802 Å
111213212223313233
T0.2191 Å2-0.0718 Å2-0.0309 Å2-0.1984 Å2-0.0001 Å2--0.1892 Å2
L0.4052 °2-0.2001 °2-0.444 °2-0.8408 °2-1.39 °2--2.1605 °2
S0.0171 Å °0.0868 Å °-0.0091 Å °-0.0334 Å °-0.0897 Å °-0.0198 Å °-0.032 Å °0.1838 Å °0.0059 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA119 - 228
2X-RAY DIFFRACTION1allB120 - 228
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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