PDB-4tza: TGP, an extremely thermostable green fluorescent protein created ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tza

タイトル

TGP, an extremely thermostable green fluorescent protein created by structure-guided surface engineering

要素

Fluorescent Protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / thermostable / engineered

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Close, D.W. / Bradbury, A.R.M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Thermal green protein, an extremely stable, nonaggregating fluorescent protein created by structure-guided surface engineering.
著者: Close, D.W. / Paul, C.D. / Langan, P.S. / Wilce, M.C. / Traore, D.A. / Halfmann, R. / Rocha, R.C. / Waldo, G.S. / Payne, R.J. / Rucker, J.B. / Prescott, M. / Bradbury, A.R.

履歴

登録	2014年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.4	2016年2月17日	Group: Data collection / Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tza.cif.gz	630.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tza.ent.gz	433.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4tza_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tza_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	4tza_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	4tza_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/4tza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/4tza	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4tzgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ppl-2 2z6z-6 6myb-5 2otb-1 3nez-2 5hzt-3 5h89-2 5hzu-9 5lk4-d 2gx2-8 4ppk-2 5h88-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Fluorescent Protein

A: Fluorescent Protein

B: Fluorescent Protein

D: Fluorescent Protein

113 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Fluorescent Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Fluorescent Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Fluorescent Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fluorescent Protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.1999, 141.22, 69.0897
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Fluorescent Protein 分子量: 28252.732 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pETCK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	CRQ is the chromophore that folds from the amino acids QYG, which are encoded in the original ...CRQ is the chromophore that folds from the amino acids QYG, which are encoded in the original sequence. MGAHA represents N-terminal residues added when expressed from the plasmid. SGGGSGGGASGKPIPNPLLGLDSTHHHHHH are C-terminal SV5 and His Tags.

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% w/v PEG MME 2000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→28.6 Å / Num. obs: 72746 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.7964299494 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.3

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	1.9_1685	データ収集
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1685)	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1685)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→28.5861694308 Å / SU ML: 0.187768078998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33087988092 / 位相誤差: 21.7324419422

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.200305594674	2047	2.84887200256 %	Random
R_work	0.173763175365	69806	-	-
obs	0.174538516473	71853	98.0112125056 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.4435785015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.5861694308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7010	0	0	816	7826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00688551734927	7209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.23434342435	9720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0408730419139	982
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0050412106213	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3346904396	2746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9442	0.435782929563	112	0.43276706847	3969	X-RAY DIFFRACTION	84.8088113051
1.9442-1.9928	0.249948203001	144	0.231515157764	4679	X-RAY DIFFRACTION	99.6281759967
1.9928-2.0467	0.210330296748	136	0.186941801159	4699	X-RAY DIFFRACTION	99.8966942149
2.0467-2.1069	0.21795455035	137	0.182959517019	4669	X-RAY DIFFRACTION	99.9168399168
2.1069-2.1749	0.2036556934	155	0.185503493934	4664	X-RAY DIFFRACTION	99.7929177884
2.1749-2.2526	0.336616676393	111	0.296793276224	4453	X-RAY DIFFRACTION	94.1224994844
2.2526-2.3427	0.306904897691	121	0.235478252235	4419	X-RAY DIFFRACTION	94.0542780195
2.3427-2.4493	0.231938170892	133	0.178271230811	4727	X-RAY DIFFRACTION	99.774173681
2.4493-2.5783	0.186227574878	160	0.174919422928	4699	X-RAY DIFFRACTION	99.7331691297
2.5783-2.7398	0.207855054492	142	0.166519828719	4717	X-RAY DIFFRACTION	99.7741273101
2.7398-2.9511	0.214383017688	147	0.174737497438	4738	X-RAY DIFFRACTION	99.7753267974
2.9511-3.2477	0.202928306442	128	0.169535042955	4763	X-RAY DIFFRACTION	99.8774760057
3.2477-3.7168	0.16676496596	140	0.157925605761	4771	X-RAY DIFFRACTION	99.6146044625
3.7168-4.6794	0.15983500125	139	0.125334013088	4835	X-RAY DIFFRACTION	99.6593868964
4.6794-28.5894	0.146896578699	142	0.1353675471	5004	X-RAY DIFFRACTION	99.4204018547

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.167617919963	-0.108295878956	0.0561535241033	0.0819901439007	-0.176289183464	0.189593876777	-0.0376146959854	-0.0716765742172	-0.0523358649365	-0.0448202466112	-0.125972330745	0.201500960784	-0.0179874695189	-0.207791781508	-0.00354238096881	0.10706187719	-0.00205462950408	0.00445440989744	0.17912419594	-0.0532015618484	0.160365935038	-7.17544736681	-8.52417454687	-27.2268026453
2	0.165872214962	0.0783955509243	0.0528688277599	0.0406720415275	-0.0803240142631	0.107542129157	0.0338632509112	0.0803330345352	-0.0255953212838	-0.0322469296928	-0.0495157759598	0.0615015266998	-0.0118916083666	-0.094474264951	-4.6931825371E-6	0.14810461295	0.0155459615242	-0.0190795477251	0.189521735083	-0.0437832874149	0.144880611363	-5.59442918668	-2.51796025344	-30.1416579336
3	0.205235068103	0.0251856261153	0.0381344548228	0.0294169790651	0.0247157771841	0.0146556263628	0.0123943448051	0.190533052954	-0.313336269195	0.0878404316259	-0.0783438477258	0.150845222477	-0.0209889435913	0.00734638896835	-0.056041287298	0.203883134411	0.0236904198139	0.0143887329654	0.204001393904	-0.0956801258783	0.192335251048	4.72088077424	-18.1262543011	-38.344902971
4	0.0337294505963	0.0254807793472	0.0248971195895	0.0349213118825	0.0384310692891	0.0877170203474	0.0133268682795	0.0499134197609	-0.0827749563117	0.163151770217	-0.010274648477	-0.296225008009	-0.0355428916017	0.0799786801036	-2.25127457777E-5	0.131497095968	-0.0139227666206	-0.0227955791281	0.109235503282	0.0131444388932	0.12836415943	7.92615896458	-0.140909879822	-26.4340100705
5	0.0408536054512	-0.0729097695191	0.0282427096445	0.0533467483153	-0.0705925699555	0.111423650573	-0.0342911147733	-0.17595654461	-0.125066495961	0.0241036302764	-0.077522413177	0.110724535783	-0.0299969059184	-0.0718689332491	-0.000520195572102	0.135677832037	-0.00937812331041	0.00336710818406	0.123812395421	0.00190463772674	0.175655902532	-1.30378935112	-9.77813162628	-24.3735522668
6	0.133630028862	0.175758674905	-0.125116487129	0.121274869819	0.078191657748	0.024304985875	-0.00226803166428	0.11677295774	0.0862059592658	-0.0208353429669	-0.0876065343196	-0.0707288890962	-0.115933892678	0.109378586879	-0.000730154123143	0.250917263705	0.0340478533517	-0.0114649483761	0.177968676665	-0.00183682172317	0.150142609262	5.53487667128	4.71153395025	-31.0677328819
7	0.0658827422237	0.0193340184593	0.0762953072994	0.10238073409	0.0496905899736	0.0449011454403	0.0726855139815	0.17484452214	-0.0188947743636	0.0185788570929	-0.173874584499	-0.0648485056945	-0.0895253323806	0.181301037738	0.00378639703382	0.17604628892	0.0156189209404	0.0127056441281	0.158488971715	0.0272464533501	0.0978022198106	8.23203359547	1.67001295099	-32.9048039231
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30	0.00671492783893	0.017498275995	-0.00639253939923	0.0706860710864	-0.0189975313628	0.132828318697	-0.0310551532075	0.0420008750051	0.0221153767057	-0.115062602297	0.0781820325449	-0.251174944029	0.0490160155421	-0.144405926232	-1.40772415939E-6	0.231681554918	0.0451224568599	0.0764532924291	0.273818116591	0.0352262571478	0.428714682106	-19.5182889732	-24.7107138962	-13.4012821561
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32	0.105770516116	0.0766904619518	-0.0811345067368	0.104996618222	-0.0494209661737	0.112656701007	0.0971883899116	-0.102959709054	0.0736619919748	-0.269126513757	-0.252034561585	-0.24738385979	-0.00103394587264	-0.0965148878666	0.00980428311491	0.168301868965	-0.0241808280754	0.12489572338	0.266371907299	0.00588278359536	0.417055399224	-16.6214064385	-10.5206561098	-14.8813640035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resseq 2:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resseq 33:66)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resseq 67:86)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 87:99)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 100:123)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 124:151)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 152:179)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 180:200)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 201:217)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 2:32)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 33:77)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 78:135)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 136:163)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 164:179)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resseq 180:200)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resseq 201:217)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 2:20)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 21:32)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 33:99)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 100:123)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 124:135)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resseq 136:163)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resseq 164:179)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resseq 180:200)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resseq 201:217)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 2:32)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 33:99)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 100:133)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 134:163)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 164:179)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 180:200)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 201:217)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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