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万見
- PDB-4tyq: Crystal structure of an adenylate kinase mutant--AKm2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tyq
タイトルCrystal structure of an adenylate kinase mutant--AKm2
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Moon, S. / Bae, E.
引用ジャーナル: J KOREAN SOC APPL BIOL CHEM / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of thermally stable adenylate kinase mutants designed by local structural entropy optimization and structure-guided mutagenesis
著者: Moon, S. / Bae, E.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8649
ポリマ－48,8122
非ポリマー2,0527
水5,981332
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4525
ポリマ－24,4061
非ポリマー1,0464
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4124
ポリマ－24,4061
非ポリマー1,0063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.003, 48.790, 54.832
Angle α, β, γ (deg.)90.98, 97.34, 95.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / ...AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / Superoxide-inducible protein 16 / SOI16


分子量: 24406.096 Da / 分子数: 2
変異: L3I, G17A, E22A, D23K, K69R, G73S, D75S, Y103M, K105R, P106K, I107L, D108E, N112H, D106R, K107Q, D108E, V109E, S169A, T179M, Q180A, D184A, S187D, E188S, G190E, Y191V, A193V, I201M, Q202E, ...変異: L3I, G17A, E22A, D23K, K69R, G73S, D75S, Y103M, K105R, P106K, I107L, D108E, N112H, D106R, K107Q, D108E, V109E, S169A, T179M, Q180A, D184A, S187D, E188S, G190E, Y191V, A193V, I201M, Q202E, D203K, Y205F, A206K, V208L, K209R, D210E, L211I, G213Q, K216A, K217R
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis 168 (枯草菌) / 遺伝子: adk, BSU01370 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16304, adenylate kinase

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非ポリマー , 5種, 339分子

#2: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% (w/v) polyethylene glycol 3350, 200mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月1日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 47801 / Num. obs: 45746 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZIO

1zio


解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.167 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2186 2309 5 %RANDOM
Rwork0.17534 ---
obs0.17747 43435 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0.01 Å2-0.59 Å2
2--0.39 Å2-0.09 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 119 332 3820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2462.0364788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.437839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3315428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03224.625160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10515655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8021528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.671.491718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6571.4881717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2712.2332144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2752.2342145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3551.9121821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3551.9121822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1132.692645
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.60213.7164258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.55113.0094126
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 173 -
Rwork0.192 2989 -
obs--88.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0190.10370.02510.84140.50660.8791-0.0034-0.001600.02520.0143-0.03220.05320.0182-0.01090.0086-0.0031-0.00890.0320.01340.017chain A flap region12.2199-15.9314-8.3248
20.0274-0.0553-0.08361.36551.5771.8923-0.0013-0.0077-0.0015-0.1005-0.0110.0144-0.1128-0.01180.01230.02830.00970.00190.00610.00040.0047chain B flap region12.3631-5.3635-18.1752
30.1913-0.0989-0.13070.17630.08760.2239-0.0005-0.00440.01040.01570.0061-0.01270.0217-0.0002-0.00560.0187-0.0006-0.0020.0003-0.00050.0012chain A lid domain12.1366-10.6868-13.131
40.0069-0.01810.02160.0672-0.03310.22810.0095-0.00660.0103-0.01890.0224-0.0395-0.0180.0282-0.03190.07220.00560.01580.08240.00120.0856chain B lid domain12.2574-8.1454-15.715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1B31 - 60
3X-RAY DIFFRACTION2A127 - 164
4X-RAY DIFFRACTION2B127 - 164
5X-RAY DIFFRACTION3A1 - 30
6X-RAY DIFFRACTION3B1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION3A61 - 126
8X-RAY DIFFRACTION3B61 - 126
9X-RAY DIFFRACTION3A165 - 215
10X-RAY DIFFRACTION3B165 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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