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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tyq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an adenylate kinase mutant--AKm2 | ||||||
![]() | Adenylate kinase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moon, S. / Bae, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of thermally stable adenylate kinase mutants designed by local structural entropy optimization and structure-guided mutagenesis 著者: Moon, S. / Bae, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24406.096 Da / 分子数: 2 変異: L3I, G17A, E22A, D23K, K69R, G73S, D75S, Y103M, K105R, P106K, I107L, D108E, N112H, D106R, K107Q, D108E, V109E, S169A, T179M, Q180A, D184A, S187D, E188S, G190E, Y191V, A193V, I201M, Q202E, ...変異: L3I, G17A, E22A, D23K, K69R, G73S, D75S, Y103M, K105R, P106K, I107L, D108E, N112H, D106R, K107Q, D108E, V109E, S169A, T179M, Q180A, D184A, S187D, E188S, G190E, Y191V, A193V, I201M, Q202E, D203K, Y205F, A206K, V208L, K209R, D210E, L211I, G213Q, K216A, K217R 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 339分子 ![](data/chem/img/AP5.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22% (w/v) polyethylene glycol 3350, 200mM calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 47801 / Num. obs: 45746 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1ZIO 解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.167 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.729 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→50 Å
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拘束条件 |
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