PDB-4ty8: An Ligand-observed Mass Spectrometry-based Approach Integrated in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ty8

タイトル

An Ligand-observed Mass Spectrometry-based Approach Integrated into the Fragment Based Lead Discovery Pipeline

要素

(Polyprotein) x 2

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / NS5B / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type peptidase activity / helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis C virus (ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Shui, W. / Yang, C. / Lin, J. / Chen, X. / Qin, S. / Chen, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: A ligand-observed mass spectrometry approach integrated into the fragment based lead discovery pipeline
著者: Chen, X. / Qin, S. / Chen, S. / Li, J. / Li, L. / Wang, Z. / Wang, Q. / Lin, J. / Yang, C. / Shui, W.

履歴

登録	2014年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月20日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年9月2日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ty8.cif.gz	413.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ty8.ent.gz	337.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ty8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ty8_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ty8_full_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示
XML形式データ	4ty8_validation.xml.gz	70.1 KB	表示
CIF形式データ	4ty8_validation.cif.gz	95.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4ty8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4ty8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4txsC 4ty9C 4tyaC 4tybC 4tx3 4txf PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ty9-1 4mkb-2 4txs-1 4ty9-3 4ty9-4 6mvq-1 5trj-1 4txs-4 3cj4-1 4jty-2 3cso-2 3cj0-1 3e51-2 4tya-3 2ax0-2 4gmc-2 1nhu-2 4ju1-2 5w2e-2 4tya-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Polyprotein

B: Polyprotein

C: Polyprotein

D: Polyprotein

ヘテロ分子

251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Polyprotein

登録者が定義した集合体
62.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Polyprotein

登録者が定義した集合体
62.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.937, 102.070, 251.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polyprotein 分子量: 62791.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0PY27
#2: タンパク質	Polyprotein 分子量: 62736.969 Da / 分子数: 1 / Mutation: W550M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0PY27
#3: 化合物	ChemComp-3AV / 6-methyl-2H-chromen-2-one 分子量: 160.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈O₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG4000, Dithiothreitol, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, Glycerin PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5415 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月3日
放射	モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5415 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 66811 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 12.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ抽出
HKL-3000		data processing
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

解像度: 2.78→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 15.813 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26799	3119	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20729	-	-	-
obs	0.21047	58493	92.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.529 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.78→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16918	0	24	0	16942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	17311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.963	23491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.818	3	37901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.59	5	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.184	22.788	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.217	15	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.23	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	2663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	19367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.635	3.101	8712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.635	3.1	8711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.708	4.642	10862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.708	4.642	10863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.6	3.256	8599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.599	3.254	8595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.695	4.819	12629
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.112	24.314	19497
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.112	24.291	19490
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.782→2.854 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	231	-
R_work	0.282	4315	-
obs	-	-	93.16 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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