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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tx6 | ||||||
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タイトル | AfChiA1 in complex with compound 1 | ||||||
![]() | Class III chitinase ChiA1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / plant-type / inhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / side of membrane / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Aalten, D.M.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Screening-based discovery of Aspergillus fumigatus plant-type chitinase inhibitors 著者: Lockhart, D.E. / Schuettelkopf, A.W. / Blair, D.E. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 230.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34096.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % |
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結晶化 | 温度: 293.14 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.42-0.58 M NaH2PO4, 0.74-0.83 M K2HPO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24.98 Å / Num. obs: 81562 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XVP 解像度: 1.9→24.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.876 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.448 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→24.98 Å
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拘束条件 |
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