PDB-4twv: Horse heart myoglobin mutant (K45E/K63E/K96E) with Zn-deuteroporp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4twv

タイトル

Horse heart myoglobin mutant (K45E/K63E/K96E) with Zn-deuteroporphyrin IX

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Myoglobin / Zn-deuteroporphyrin IX

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.06 Å

データ登録者

Span, I. / Rosenzweig, A.C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Charge-Disproportionation Symmetry Breaking Creates a Heterodimeric Myoglobin Complex with Enhanced Affinity and Rapid Intracomplex Electron Transfer.
著者: Trana, E.N. / Nocek, J.M. / Woude, J.V. / Span, I. / Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C. / Hoffman, B.M.

履歴

登録	2014年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4twv.cif.gz	85 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4twv.ent.gz	61 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4twv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4twv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4twv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rj6SC 4ns2C 4twuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vxg-d 6n02-d 4pqb-d 1bvd-d 4fwx-d 3edb-d 5ojb-d 2blj-d 3ecx-d 6ls8-6 1mno-2 2zsp-d 6ls8-5 6jp1-2 2ef2-d 7l3y-d 2zsz-d 1nz5-d 2zso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.530, 34.970, 123.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17114.512 Da / 分子数: 1 / 変異: K45E, K63E, K96E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-ZND / Zinc (II) Deuteroporphyrin IX 分子量: 573.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₈N₄O₄Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris/HCl, 2.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.6 % / 数: 367507 / R_merge(I) obs: 0.064 / D res high: 1.06 Å / D res low: 28.53 Å / Num. obs: 55463 / % possible obs: 97

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Redundancy
1.06	1.09	1	0.533	4.2
4.74	28.53	1	0.028	5.8

反射

解像度: 1.06→28.53 Å / Num. obs: 55463 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.221 Å² / R_merge F obs: 0.999 / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 16.98 / Num. measured all: 367507

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all
1.06-1.09		0.801	0.536	2.38	12459	4138	2986	0.614	72.2
1.09-1.12		0.889	0.458	3.07	16961	4053	3543	0.514	87.4
1.12-1.15		0.935	0.381	4.44	24105	3955	3879	0.416	98.1
1.15-1.19		0.965	0.307	5.92	26572	3866	3866	0.332	100
1.19-1.22		0.973	0.264	6.79	25623	3713	3712	0.285	100
1.22-1.27		0.978	0.217	8.28	25036	3608	3608	0.235	100
1.27-1.31		0.985	0.181	9.81	24405	3500	3498	0.195	99.9
1.31-1.37		0.988	0.157	11.16	23735	3379	3379	0.17	100
1.37-1.43		0.99	0.135	13.09	22777	3234	3233	0.145	100
1.43-1.5		0.993	0.106	16.51	21964	3095	3095	0.115	100
1.5-1.58		0.995	0.087	19.55	20942	2952	2952	0.094	100
1.58-1.68		0.996	0.076	22.56	20096	2825	2824	0.082	100
1.68-1.79		0.997	0.067	25.74	18561	2615	2613	0.073	99.9
1.79-1.94		0.998	0.056	30.09	17556	2473	2468	0.061	99.8
1.94-2.12		0.998	0.047	35.19	15949	2271	2264	0.051	99.7
2.12-2.37		0.999	0.041	39.28	14676	2114	2111	0.044	99.9
2.37-2.74		0.999	0.036	41.57	12638	1836	1829	0.039	99.6
2.74-3.35		0.999	0.032	44.54	10749	1587	1582	0.035	99.7
3.35-4.74	5.8	0.999	0.029	46.28	8319	1272	1268	0.031	99.7	4384	753	0.999	0.012
1.09-4.74	4.2	0.999	0.028	42.94	4384	770	753	0.03	97.8	12459	2986	0.797	0.29

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.06 Å	27.8 Å
Translation	1.06 Å	27.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XSCALE	2.5.6	データスケーリング
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RJ6

3rj6

解像度: 1.06→28.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.873 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1654	2690	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1479	52707	-	-
obs	0.1488	55397	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 44.48 Å² / B_iso mean: 8.686 Å² / B_iso min: 3.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.06→28.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1199	0	78	144	1421
B_iso mean	-	-	6.35	16.22	-
残基数	-	-	-	-	153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.983	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.784	3	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.519	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.238	25.439	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.089	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.458	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.95	0.666	613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.949	0.666	614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.39	1.003	765
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.656	3	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.252	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.352	5	2651

LS精密化シェル

解像度: 1.06→1.088 Å /

	反射数	%反射
R_free	130	-
R_work	2854	-
obs	-	72.2 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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