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- PDB-4twu: Horse heart myoglobin mutant (D44K/D60K/E85K) with Zn-deuteroporp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4twu
タイトルHorse heart myoglobin mutant (D44K/D60K/E85K) with Zn-deuteroporphyrin IX
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Myoglobin / Zn-deuteroporphyrin IX
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc (II) Deuteroporphyrin IX / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Span, I. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Charge-Disproportionation Symmetry Breaking Creates a Heterodimeric Myoglobin Complex with Enhanced Affinity and Rapid Intracomplex Electron Transfer.
著者: Trana, E.N. / Nocek, J.M. / Woude, J.V. / Span, I. / Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C. / Hoffman, B.M.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1016
ポリマ－17,1431
非ポリマー9585
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.660, 30.350, 56.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17142.961 Da / 分子数: 1 / 変異: D44K, D60K, E85K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物 ChemComp-ZND / Zinc (II) Deuteroporphyrin IX


分子量: 573.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28N4O4Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris/HCl, 3.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→21.9 Å / Num. obs: 59805 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 12.916 Å2 / Rmerge F obs: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 9.98 / Num. measured all: 297036
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.08-1.110.7020.5722.2212710453733700.66874.3
1.11-1.140.8490.4323.1917849449440980.49291.2
1.14-1.170.9320.334.4521156433241610.36796.1
1.17-1.210.940.295.0920830419240810.32297.4
1.21-1.250.9510.2535.7720491410940210.28297.9
1.25-1.290.9650.2126.7419728393838500.23697.8
1.29-1.340.9720.1837.6919126381437350.20397.9
1.34-1.390.9770.1628.5818512366736010.1898.2
1.39-1.460.980.149.718015355135040.15698.7
1.46-1.530.9860.11411.517066335733220.12799
1.53-1.610.9860.10512.7116469322132000.11799.3
1.61-1.710.9890.09713.8315596305630360.10899.3
1.71-1.830.9880.09414.7414547284228310.10599.6
1.83-1.970.9880.08516.2613630268426770.09599.7
1.97-2.160.9890.08117.4812469247024640.0999.8
2.16-2.410.990.07618.1211270222322190.08599.8
2.41-2.790.9910.07618.5410063199619930.08599.8
2.79-3.420.9910.07418.938386168916780.08399.3
3.42-4.830.9870.07418.676100132412810.08496.8
4.830.9840.07217.9130237616830.08389.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.08 Å21.9 Å
Translation1.08 Å21.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALE2.5.6データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NS2

4ns2


解像度: 1.08→21.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.034 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1854 2948 4.9 %RANDOM
Rwork0.1629 56849 --
obs0.164 59797 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.51 Å2 / Biso mean: 14.916 Å2 / Biso min: 5.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å2-0.12 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.08→21.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1201 0 98 120 1419
Biso mean--20.91 23 -
残基数----153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2412.0011839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75933032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3845158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.5112552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11715242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.545152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6271.165620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6291.165621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2481.758776
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.06432665
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.588528
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.43552721
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.108 Å /
反射数%反射
Rfree162 -
Rwork3205 -
obs-74.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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