PDB-4twh: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4twh

タイトル

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) mutant F16'S

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ELIC / LGIC / cys-loop / channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya chrysanthemi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Ulens, C. / Spurny, R. / Thompson, A.J. / Alqazzaz, M. / Debaveye, S. / Lu, H. / Price, K. / Villalgordo, J.M. / Tresadern, G. / Lynch, J.W. / Lummis, S.C.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: The Prokaryote Ligand-Gated Ion Channel ELIC Captured in a Pore Blocker-Bound Conformation by the Alzheimer's Disease Drug Memantine.
著者: Ulens, C. / Spurny, R. / Thompson, A.J. / Alqazzaz, M. / Debaveye, S. / Han, L. / Price, K. / Villalgordo, J.M. / Tresadern, G. / Lynch, J.W. / Lummis, S.C.

履歴

登録	2014年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4twh.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4twh.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4twh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4twh_validation.pdf.gz	525.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4twh_full_validation.pdf.gz	635.9 KB	表示
XML形式データ	4twh_validation.xml.gz	116.4 KB	表示
CIF形式データ	4twh_validation.cif.gz	153.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4twh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4twh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4twdC 4twfC 2vl0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zkr-2 2yoe-1 3uq7-2 4z90-1 4a97-1 2yoe-2 2vl0-2 5sxv-1 3zkr-1 4a97-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

F: Cys-loop ligand-gated ion channel

G: Cys-loop ligand-gated ion channel

H: Cys-loop ligand-gated ion channel

I: Cys-loop ligand-gated ion channel

J: Cys-loop ligand-gated ion channel

353 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Cys-loop ligand-gated ion channel

G: Cys-loop ligand-gated ion channel

H: Cys-loop ligand-gated ion channel

I: Cys-loop ligand-gated ion channel

J: Cys-loop ligand-gated ion channel

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.901, 264.974, 111.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC 分子量: 35281.191 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 11-316 / 変異: F246S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.65 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM ammonium sulphate 50 mM ADA, pH 5.5 20 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→48.96 Å / Num. obs: 66992 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.993 / Num. unique all: 9751 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VL0

2vl0

解像度: 3.6→48.624 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2634	3360	5.02 %
R_work	0.2201	-	-
obs	0.2224	66917	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→48.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24970	0	0	0	24970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	25640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.589	34950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.525	9200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	3890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.6515	0.3624	133	0.3265	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6515-3.7059	0.3462	123	0.3084	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7059-3.7638	0.3609	118	0.3049	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7638-3.8255	0.3609	130	0.2909	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8255-3.8914	0.3017	134	0.2711	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8914-3.9622	0.2876	138	0.2553	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9622-4.0383	0.2632	147	0.2406	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0383-4.1207	0.3146	123	0.2325	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1207-4.2103	0.2904	125	0.2276	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2103-4.3082	0.253	131	0.2171	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3082-4.4158	0.2604	158	0.2058	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4158-4.5351	0.2394	128	0.1931	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5351-4.6685	0.2362	157	0.1848	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6685-4.8191	0.2586	137	0.1773	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8191-4.9911	0.2366	151	0.1907	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9911-5.1907	0.2284	162	0.1771	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1907-5.4267	0.256	135	0.1806	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4267-5.7124	0.2071	154	0.1962	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7124-6.0697	0.2547	158	0.2021	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0697-6.5373	0.3079	151	0.2172	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5373-7.1933	0.2877	147	0.2241	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1933-8.2298	0.2965	125	0.2105	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2298-10.3522	0.1962	152	0.1759	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
10.3522-48.6283	0.2736	143	0.262	2672	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1289	0.0693	0.1966	2.6915	2.2748	9.0783	0.1778	-0.0957	-0.2537	0.5073	-0.0622	0.5899	0.2251	-0.9604	0.0141	0.7133	-0.0325	0.184	0.7258	0.0822	0.8237	-124.09	-50.9696	-45.2405
2	0.6973	-0.7495	-0.7671	2.0806	2.2114	6.8989	0.0594	-0.0895	-0.163	0.0012	0.0396	-0.071	-0.0711	-0.1557	0.0321	0.9556	-0.0303	0.149	0.4583	-0.0005	0.7602	-103.8276	-63.0373	-40.847
3	0.949	0.0604	-1.6875	1.2528	0.7254	7.3166	0.1372	-0.0549	-0.0196	-0.1159	0.1598	-0.5369	0.2983	0.6188	-0.1797	0.6182	0.1611	0.0064	0.445	0.0239	0.8036	-85.3559	-47.8887	-42.7416
4	0.9159	-0.5227	-0.9812	1.2419	1.3528	8.8566	0.0272	-0.1906	0.3379	-0.1676	0.084	-0.4534	0.2336	0.3901	-0.2536	0.8659	0.0196	0.2432	0.4987	0.0232	0.9419	-94.1137	-26.2127	-48.2786
5	0.8012	0.085	0.403	1.1272	1.3297	4.9236	0.0723	-0.09	0.139	0.0704	0.0381	0.208	-0.3745	-0.1505	-0.2598	0.9677	0.149	0.2004	0.7075	0.1753	0.7097	-118.1097	-28.1671	-49.9185
6	8.3218	1.7581	-0.0385	1.7929	0.3278	1.3277	0.1296	-0.682	0.4904	0.5141	-0.0688	0.0768	0.0953	-0.0167	0.0244	0.8059	0.0931	0.1416	0.5853	0.0212	0.7059	-81.914	-119.0447	-17.6145
7	7.5869	3.0255	1.1247	1.6523	0.3704	0.5364	-0.1119	-0.1155	-0.302	-0.0003	0.0116	-0.1726	0.2291	0.1537	0.0257	0.846	0.0041	0.2644	0.5309	-0.0018	1.0488	-78.068	-129.8295	-38.8452
8	8.331	0.7591	1.6223	1.3051	0.1878	0.9594	-0.1353	0.5506	-0.5262	-0.2613	0.1143	-0.2706	0.1177	0.1848	-0.1254	1.0364	-0.0835	0.2204	0.4301	-0.0401	0.7941	-80.5934	-113.4583	-56.259
9	7.9132	1.1765	0.6896	1.4615	0.2652	0.8267	-0.4222	0.1273	-0.0246	-0.2774	0.2594	-0.3785	-0.116	0.2213	0.1862	0.7769	0.0127	0.0809	0.5007	0.0672	0.942	-86.1107	-92.494	-45.8805
10	8.7982	1.7028	-1.1469	1.1475	-0.3927	1.1343	-0.3944	-0.5116	0.3193	0.2658	0.133	0.1599	-0.0072	-0.0107	0.1669	0.7274	0.1402	0.0119	0.6176	-0.1791	1.0466	-87.0082	-96.0464	-21.9905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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