PDB-4tw5: Structure Of the First Two Thioredoxin Domains of Saccharomyces c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tw5

タイトル

Structure Of the First Two Thioredoxin Domains of Saccharomyces cerevisiae Eps1p

要素

Eps1p

キーワード

ISOMERASE / protein disulfide isomerase / thioredoxin / endoplasmic reticulum / oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

cell redox homeostasis / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Fass, D. / Biran, S.

資金援助

European Union,

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The eps1p protein disulfide isomerase conserves classic thioredoxin superfamily amino Acid motifs but not their functional geometries.
著者: Biran, S. / Gat, Y. / Fass, D.

履歴

登録	2014年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Data collection
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tw5.cif.gz	223.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tw5.ent.gz	180.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4tw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4tw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tveC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ifq-d 6wuw-d 2a0l-d 5msm-d 853 3sqj-d 7m0k-d 7dna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Eps1p

B: Eps1p

C: Eps1p

D: Eps1p

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.026, 133.031, 124.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Eps1p 分子量: 31323.873 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-295 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: JAY291 / 遺伝子: EPS1, C1Q_00313 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: C7GJH6, EC: 5.4.3.1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 24% PEG 4,000, 100 mM sodium acetate, pH 6.4, 25 mM sodium citrate, pH 6.4, 17% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→41.77 Å / Num. obs: 52451 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.37→41.767 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	3266	6.23 %
R_work	0.2115	-	-
obs	0.2153	52435	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→41.767 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8552	0	0	240	8792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.277	11964
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.608	3298
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.4054	0.3518	136	0.2713	2090	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4054-2.443	0.3276	146	0.271	2117	X-RAY DIFFRACTION	99
2.443-2.483	0.3547	134	0.2649	2156	X-RAY DIFFRACTION	99
2.483-2.5258	0.3023	151	0.257	2126	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5258-2.5717	0.3246	136	0.2592	2095	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5717-2.6212	0.3279	149	0.258	2116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6212-2.6747	0.3578	142	0.2566	2200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6747-2.7328	0.3343	142	0.2523	2078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7328-2.7964	0.2954	145	0.2501	2149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.8663	0.2887	138	0.2289	2169	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8663-2.9438	0.2831	138	0.2266	2103	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9438-3.0304	0.3009	142	0.2315	2143	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0304-3.1282	0.2859	151	0.2198	2110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1282-3.2399	0.2983	132	0.2177	2139	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2399-3.3696	0.3158	143	0.224	2176	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3696-3.5229	0.2645	136	0.2056	2109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5229-3.7085	0.262	152	0.1978	2146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7085-3.9407	0.2738	134	0.1928	2152	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9407-4.2447	0.2455	142	0.1796	2135	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2447-4.6713	0.2098	141	0.1698	2142	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6713-5.3461	0.2043	146	0.1824	2170	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3461-6.731	0.252	137	0.2146	2179	X-RAY DIFFRACTION	100
6.731-41.7731	0.2562	153	0.191	2169	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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