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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tw5 | |||||||||
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タイトル | Structure Of the First Two Thioredoxin Domains of Saccharomyces cerevisiae Eps1p | |||||||||
![]() | Eps1p | |||||||||
![]() | ISOMERASE / protein disulfide isomerase / thioredoxin / endoplasmic reticulum / oxidoreductase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fass, D. / Biran, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The eps1p protein disulfide isomerase conserves classic thioredoxin superfamily amino Acid motifs but not their functional geometries. 著者: Biran, S. / Gat, Y. / Fass, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31323.873 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-295 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: JAY291 / 遺伝子: EPS1, C1Q_00313 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 24% PEG 4,000, 100 mM sodium acetate, pH 6.4, 25 mM sodium citrate, pH 6.4, 17% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→41.77 Å / Num. obs: 52451 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.37→41.767 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.37→41.767 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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