[日本語] English
万見
- PDB-4tw1: Crystal structure of the octameric pore complex of the Staphyloco... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tw1
タイトルCrystal structure of the octameric pore complex of the Staphylococcus aureus Bi-component Toxin LukGH
要素(Possible leukocidin subunit) x 2
キーワードTOXIN / octamer leukocidin pore-forming toxin
機能・相同性Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Distorted Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Logan, D.T. / Hakansson, M. / Saline, M. / Kimbung, R. / Badarau, A. / Rouha, H. / Nagy, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-Function Analysis of Heterodimer Formation, Oligomerization, and Receptor Binding of the Staphylococcus aureus Bi-component Toxin LukGH.
著者: Badarau, A. / Rouha, H. / Malafa, S. / Logan, D.T. / Hakansson, M. / Stulik, L. / Dolezilkova, I. / Teubenbacher, A. / Gross, K. / Maierhofer, B. / Weber, S. / Jagerhofer, M. / Hoffman, D. / Nagy, E.
履歴
登録2014年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32015年4月8日Group: Derived calculations
改定 1.42018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年6月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Possible leukocidin subunit
B: Possible leukocidin subunit
C: Possible leukocidin subunit
D: Possible leukocidin subunit
E: Possible leukocidin subunit
F: Possible leukocidin subunit
G: Possible leukocidin subunit
H: Possible leukocidin subunit
I: Possible leukocidin subunit
J: Possible leukocidin subunit
K: Possible leukocidin subunit
L: Possible leukocidin subunit
M: Possible leukocidin subunit
N: Possible leukocidin subunit
O: Possible leukocidin subunit
P: Possible leukocidin subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,06616
ポリマ－588,06616
非ポリマー00
水3,693205
1
A: Possible leukocidin subunit
B: Possible leukocidin subunit
C: Possible leukocidin subunit
D: Possible leukocidin subunit
E: Possible leukocidin subunit
F: Possible leukocidin subunit
G: Possible leukocidin subunit
H: Possible leukocidin subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,0338
ポリマ－294,0338
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37620 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area93190 Å2
手法PISA
2
I: Possible leukocidin subunit
J: Possible leukocidin subunit
K: Possible leukocidin subunit
L: Possible leukocidin subunit
M: Possible leukocidin subunit
N: Possible leukocidin subunit
O: Possible leukocidin subunit
P: Possible leukocidin subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,0338
ポリマ－294,0338
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37790 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area93450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.497, 198.558, 179.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Possible leukocidin subunit / LUKG


分子量: 35825.539 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / TCH1516 / 遺伝子: USA300HOU_2011 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta, Tuner / 参照: UniProt: A8Z4S0
#2: タンパク質
Possible leukocidin subunit / LUKH


分子量: 37682.680 Da / 分子数: 8 / Fragment: Residues 28-351 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / TCH1516 / 遺伝子: USA300HOU_2013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta, Tuner / 参照: UniProt: A8Z4S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.96 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Drops consisted of 100 nl protein in 20 mM HEPES buffer pH 7.5 and 100 nl reservoir 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M Na HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 12.5 % v/v MPD, 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % ...詳細: Drops consisted of 100 nl protein in 20 mM HEPES buffer pH 7.5 and 100 nl reservoir 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M Na HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 12.5 % v/v MPD, 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % w/v PEG 3350. Crystals appeared after 7 days.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.188 Å / Num. all: 222018 / Num. obs: 222018 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.194 / Rsym value: 0.16 / Net I/av σ(I): 4.824 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 685808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.953.10.8710.996878315570.5910.8711.795.4
2.95-3.133.10.5721.495716307140.3860.5722.698.3
3.13-3.343.10.3542.390326289940.2390.3544.198.5
3.34-3.613.10.2043.984102269770.1380.2046.898.4
3.61-3.953.10.1425.677132248210.0960.1429.498.6
3.95-4.423.10.0849.569405224750.0570.08414.998.5
4.42-5.113.10.05913.661181198660.040.0592098.5
5.11-6.253.10.07310.951663167570.050.07316.798.5
6.25-8.8430.05115.239428129810.0360.05122.298.4
8.84-48.1882.90.02429.81997768760.0170.0244194.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.3 Å48.19 Å
Translation7.3 Å48.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2.5.5データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B07 prepared using CHAINSAW

3b07


解像度: 2.8→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / WRfactor Rfree: 0.2318 / WRfactor Rwork: 0.1798 / FOM work R set: 0.6812 / SU B: 20.998 / SU ML: 0.362 / SU R Cruickshank DPI: 0.512 / SU Rfree: 0.3468 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.512 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2923 2207 1 %RANDOM
Rwork0.2381 216290 --
obs0.2387 218497 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.12 Å2 / Biso mean: 36.001 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.69 Å20 Å2-3.36 Å2
2---1.99 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37415 0 0 205 37620
Biso mean---17.55 -
残基数----4576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01938286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.9351726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.10954550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49124.9632005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.748156829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.72115180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.25427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02129365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3183.45518278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8875.17222802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6963.71420008
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.869 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 174 1 %
Rwork0.435 14319 -
obs--86.53 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る