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- PDB-4tvy: Apo resorufin ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tvy
タイトルApo resorufin ligase
要素Lipoate-protein ligase A
キーワードTRANSFERASE / E. coli LplA / computational enzyme design
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyltransferase activity / lipoate-protein ligase / lipoate-protein ligase activity / protein lipoylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoate-protein ligase A / Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Lipoate-protein ligase A / Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(3,7-dihydroxy-10H-phenoxazin-2-yl)pentanamide / Lipoate-protein ligase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Goldman, P.J. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Computational design of a red fluorophore ligase for site-specific protein labeling in living cells.
著者: Liu, D.S. / Nivon, L.G. / Richter, F. / Goldman, P.J. / Deerinck, T.J. / Yao, J.Z. / Richardson, D. / Phipps, W.S. / Ye, A.Z. / Ellisman, M.H. / Drennan, C.L. / Baker, D. / Ting, A.Y.
履歴
登録2014年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoate-protein ligase A
B: Lipoate-protein ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3356
ポリマ－76,0782
非ポリマー1,2574
水2,900161
1
A: Lipoate-protein ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6683
ポリマ－38,0391
非ポリマー6292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipoate-protein ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6683
ポリマ－38,0391
非ポリマー6292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.117, 89.951, 108.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lipoate-protein ligase A / Lipoate--protein ligase


分子量: 38038.867 Da / 分子数: 2 / 変異: E20A, F147, H149G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lplA, yjjF, b4386, JW4349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32099, EC: 2.7.7.63
#2: 化合物
ChemComp-37R / 5-(3,7-dihydroxy-10H-phenoxazin-2-yl)pentanamide


分子量: 314.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 uL of 5.6 mg/mL resorufin ligase containing 1 mM resorufin sulfamoyladenosine, 1 mM Mg(OAc)2, and 1 mM dithiothreitol mixed with 2 uL of precipitant solution (11% PEG 20,000, 0.15 M MES: ...詳細: 2 uL of 5.6 mg/mL resorufin ligase containing 1 mM resorufin sulfamoyladenosine, 1 mM Mg(OAc)2, and 1 mM dithiothreitol mixed with 2 uL of precipitant solution (11% PEG 20,000, 0.15 M MES:NaOH, pH 6.5). Red colored crystalline plates appeared after ~ 5 days. Crystals were looped and washed through a cryoprotection solution of 80% precipitant solution (12% PEG 20,000, 0.2 M MES:NaOH, pH 6.5) and 20% glycerol. Crystals were then cryocooled by direction submersion into liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→44.98 Å / Num. obs: 42531 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 38.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X2G

1x2g


解像度: 2.151→44.976 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 2144 5.05 %
Rwork0.212 40353 -
obs0.2145 42497 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.9 Å2 / Biso mean: 45.3337 Å2 / Biso min: 24.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.151→44.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5118 0 138 161 5417
Biso mean--56.53 42.89 -
残基数----650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0337243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8551927
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1509-2.20090.35911390.28822518265793
2.2009-2.2560.33261310.26792663279499
2.256-2.3170.30171380.265926842822100
2.317-2.38510.32941500.264526532803100
2.3851-2.46210.31811800.260126322812100
2.4621-2.55010.34281680.25812648281699
2.5501-2.65220.30481420.248527012843100
2.6522-2.77290.29491200.235726952815100
2.7729-2.91910.30111240.244127112835100
2.9191-3.10190.2951320.23672719285199
3.1019-3.34130.26461320.2212701283399
3.3413-3.67740.24941420.203727152857100
3.6774-4.20920.20561460.18722706285299
4.2092-5.30190.23161450.16932777292299
5.3019-44.98530.22961550.18892830298598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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