PDB-4tvu: Crystal structure of trehalose synthase from Deinococcus radiodur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tvu

タイトル

Crystal structure of trehalose synthase from Deinococcus radiodurans reveals a closed conformation for catalysis of the intramolecular isomerization

要素

Trehalose synthase

キーワード

ISOMERASE / Trehalose synthase / Glycoside hydrolase family 13 / Tris complex

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wang, Y.L. / Chow, S.Y. / Lin, Y.T. / Liaw, S.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of trehalose synthase from Deinococcus radiodurans reveal that a closed conformation is involved in catalysis of the intramolecular isomerization.
著者: Wang, Y.L. / Chow, S.Y. / Lin, Y.T. / Hsieh, Y.C. / Lee, G.C. / Liaw, S.H.

履歴

登録	2014年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tvu.cif.gz	873.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tvu.ent.gz	722 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wf7C 3zoaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gtw-2 4wf7-2 5gtw-1 5ykb-1 4wf7-1 6par-1 5ykb-2 3ttb-d 5ksd-1 2zo5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Trehalose synthase

B: Trehalose synthase

C: Trehalose synthase

D: Trehalose synthase

E: Trehalose synthase

F: Trehalose synthase

G: Trehalose synthase

H: Trehalose synthase

ヘテロ分子

521 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trehalose synthase

B: Trehalose synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Trehalose synthase

D: Trehalose synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Trehalose synthase

H: Trehalose synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Trehalose synthase

F: Trehalose synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.609, 195.896, 130.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 553 / Label seq-ID: 8 - 555

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Trehalose synthase 分子量: 64987.844 Da / 分子数: 8 / 変異: R99W, T315I, I382V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: I3NX86, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15 % PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 128557 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 1.113 / Net I/av σ(I): 13.104 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 462831

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.7-2.8	3.3	0.408	11771	1.076	89.4
2.8-2.91	3.3	0.331	12361	1.1	94.2
2.91-3.04	3.3	0.26	12710	1.122	97.3
3.04-3.2	3.5	0.201	13019	1.189	98.9
3.2-3.4	3.7	0.156	13030	1.183	99.4
3.4-3.66	3.8	0.113	13063	1.186	99.4
3.66-4.03	3.8	0.077	13065	1.122	99.6
4.03-4.61	3.8	0.054	13123	1.008	99.6
4.61-5.8	3.8	0.051	13154	1.01	99.8
5.8-30	3.7	0.033	13261	1.135	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
SCALEPACK		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZOA

3zoa

解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 14.459 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23626	6455	5 %	RANDOM
R_work	0.19372	-	-	-
obs	0.19586	122065	97.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.461 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.01 Å²	0 Å²	2.54 Å²
2-	-	-1.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35232	0	80	979	36291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	36352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	33128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.955	49528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.313	3	76104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.9	5	4376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.228	23.291	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.439	15	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.077	15	304
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	41728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	8944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.491	3.679	17536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.489	3.679	17534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.005	5.514	21896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.005	5.514	21897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.528	3.855	18816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.528	3.855	18816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.167	5.709	27633
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.55	29.161	42141
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.538	29.184	42008
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	33937	0.08
1	2	B	33937	0.08
2	1	A	34031	0.07
2	2	C	34031	0.07
3	1	A	33862	0.08
3	2	D	33862	0.08
4	1	A	34017	0.07
4	2	E	34017	0.07
5	1	A	33737	0.08
5	2	F	33737	0.08
6	1	A	34136	0.07
6	2	G	34136	0.07
7	1	A	33026	0.1
7	2	H	33026	0.1
8	1	B	33937	0.08
8	2	C	33937	0.08
9	1	B	34026	0.07
9	2	D	34026	0.07
10	1	B	34048	0.08
10	2	E	34048	0.08
11	1	B	33979	0.08
11	2	F	33979	0.08
12	1	B	33928	0.08
12	2	G	33928	0.08
13	1	B	33353	0.09
13	2	H	33353	0.09
14	1	C	34012	0.07
14	2	D	34012	0.07
15	1	C	34391	0.07
15	2	E	34391	0.07
16	1	C	34038	0.08
16	2	F	34038	0.08
17	1	C	34070	0.07
17	2	G	34070	0.07
18	1	C	33341	0.09
18	2	H	33341	0.09
19	1	D	34450	0.06
19	2	E	34450	0.06
20	1	D	34358	0.07
20	2	F	34358	0.07
21	1	D	34344	0.07
21	2	G	34344	0.07
22	1	D	33844	0.08
22	2	H	33844	0.08
23	1	E	34394	0.07
23	2	F	34394	0.07
24	1	E	34646	0.06
24	2	G	34646	0.06
25	1	E	33746	0.08
25	2	H	33746	0.08
26	1	F	34266	0.07
26	2	G	34266	0.07
27	1	F	33804	0.08
27	2	H	33804	0.08
28	1	G	33546	0.09
28	2	H	33546	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	463	-
R_work	0.282	8113	-
obs	-	-	88.81 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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