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- PDB-4tvr: Tandem Tudor and PHD domains of UHRF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tvr
タイトルTandem Tudor and PHD domains of UHRF2
要素E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
キーワードLIGASE / Structural Genomics Consortium (SGC) / Tandem Tudor / PHD
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO transferase activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / protein sumoylation / protein autoubiquitination / heterochromatin / pericentric heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity ...SUMO transferase activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / protein sumoylation / protein autoubiquitination / heterochromatin / pericentric heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain ...: / : / : / : / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / SH3 type barrels. - #30 / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Walker, J.R. / Dong, A. / Zhang, Q. / Ong, M. / Duan, S. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Walker, J.R. / Dong, A. / Zhang, Q. / Ong, M. / Duan, S. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of the Tandem Tudor and PHD domains of UHRF2
著者: Walker, J.R. / Dong, A. / Zhang, Q. / Ong, M. / Duan, S. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,55611
ポリマ－31,3591
非ポリマー19610
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.280, 71.280, 120.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2 / Np95/ICBP90-like RING finger protein / Np95-like RING finger protein / Nuclear protein 97 / Nuclear ...Np95/ICBP90-like RING finger protein / Np95-like RING finger protein / Nuclear protein 97 / Nuclear zinc finger protein Np97 / RING finger protein 107 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 2 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 2


分子量: 31359.346 Da / 分子数: 1 / 断片: Tandem Tudor and PHD domains, UNP residues 109-395 / 変異: deletion from 169 to 176, E383A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF2, NIRF, RNF107 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2
参照: UniProt: Q96PU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 14292 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.318 / Net I/av σ(I): 49.59 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 120996
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.29-2.338.80.9676790.77598
2.33-2.378.80.8217160.78498.4
2.37-2.428.70.6236790.80298.1
2.42-2.478.80.5116910.79698.2
2.47-2.528.70.4416990.79498.2
2.52-2.588.70.3517040.78498.3
2.58-2.648.70.2737030.77498.6
2.64-2.728.70.26860.82898.1
2.72-2.798.70.1527130.8698.3
2.79-2.898.60.1177040.83799.2
2.89-2.998.60.097060.88398.7
2.99-3.118.60.077170.91998.9
3.11-3.258.50.0517180.92898.9
3.25-3.428.50.0467131.11899.4
3.42-3.638.50.047151.35698.9
3.63-3.928.40.0417341.85499.3
3.92-4.318.20.0367301.99499.6
4.31-4.9380.0317461.9799.6
4.93-6.217.80.0337652.51399.2
6.21-507.30.0397745.25191.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0071精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ASK

3ask


解像度: 2.29→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 13.81 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25982 721 5.1 %RANDOM
Rwork0.22902 ---
obs0.23067 13552 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.29→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1700 0 10 53 1763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191794
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731.952433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6763.0053751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9235225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50622.71681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1215277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6071516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5415.545903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.545.542902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5868.2961127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5858.31128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2125.517891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.215.52892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0918.2451306
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.20743.1311887
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.21143.0641874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.353 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 56 -
Rwork0.305 951 -
obs--97.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10380.986-0.35854.16561.39362.26890.06960.10520.26080.19590.2530.02630.02540.1898-0.32260.0117-0.00150.00950.19820.04850.1145-3.1957-19.2573-25.3267
29.2763-5.1912-1.64823.11380.38984.1178-0.44160.00160.13830.00620.2706-0.1246-0.5118-0.97550.1710.9019-0.16510.0320.3794-0.02780.5379-30.3365-23.6427-14.8936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A113 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2A331 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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