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- PDB-4tvm: Structure of Citrate Synthase from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tvm
タイトルStructure of Citrate Synthase from Mycobacterium tuberculosis
要素Citrate synthase
キーワードTRANSFERASE / Krebs cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate (Si)-synthase activity / tricarboxylic acid cycle / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #60 / Citrate synthase, type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain ...Rubrerythrin, domain 2 - #60 / Citrate synthase, type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALOACETATE ION / : / Citrate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ferraris, D.M. / Rizzi, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Union FP7 ProgramSysteMTb HEALTH-F4-2010-241587 イタリア
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structures of citrate synthase and malate dehydrogenase of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ferraris, D.M. / Spallek, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Rizzi, M.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1322
ポリマ－48,0011
非ポリマー1311
水64936
1
A: Citrate synthase
ヘテロ分子

A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2654
ポリマ－96,0022
非ポリマー2622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area11520 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area31770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.767, 148.767, 182.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Citrate synthase


分子量: 48001.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: RVBD_0896 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6XWI3, UniProt: P9WPD5*PLUS, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Citrate synthase crystals grew at 20 degrees Celsius in 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH=8.5, 3.4M 1,6-Hexandiol in a 75/25 protein/reservoir-ratio drop of 1 microlitre and ...詳細: Citrate synthase crystals grew at 20 degrees Celsius in 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH=8.5, 3.4M 1,6-Hexandiol in a 75/25 protein/reservoir-ratio drop of 1 microlitre and with a protein concentration of 5.2 mg/ml.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.545
11-2/3H-1/3K+2/3L, -1/3H-2/3K-2/3L, 2/3H-2/3K+1/20.179
11-1/3H+1/3K-2/3L, -K, -4/3H-2/3K+1/3L30.115
111/3H-1/3K+2/3L, -H, -2/3H-4/3K-1/3L40.161
反射解像度: 2.6→47.14 Å / Num. obs: 24114 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 7.91

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E6Y

4e6y


解像度: 2.6→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.225 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19405 1290 5.4 %RANDOM
Rwork0.17378 ---
obs0.17494 22819 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.13 Å20 Å20 Å2
2--14.13 Å20 Å2
3----28.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2966 0 9 36 3011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.9674128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90236555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6615376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.09423.521142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.17715483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8271522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7645.3871516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7545.3861515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5188.0711888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5168.0721889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5935.5631525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5945.5631523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4358.2312240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.550.07612584
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.50250.07512571
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.593→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 83 -
Rwork0.19 1502 -
obs--88.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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