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- PDB-4tv7: Crystal structure of Bacillus subtilis GabR at 2.05 Angstroms res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tv7
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis GabR at 2.05 Angstroms resolution
要素HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多重同系置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Goto, M. / Okuda, K. / Yoshimura, T.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Role of the aminotransferase domain in Bacillus subtilis GabR, a pyridoxal 5'-phosphate-dependent transcriptional regulator
著者: Okuda, K. / Kato, S. / Ito, T. / Shiraki, S. / Kawase, Y. / Goto, M. / Kawashima, S. / Hemmi, H. / Fukada, H. / Yoshimura, T.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
C: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
D: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,8734
ポリマ－221,8734
非ポリマー00
水10,142563
1
A: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9362
ポリマ－110,9362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area36450 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
D: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9362
ポリマ－110,9362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area38020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.831, 101.556, 212.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 55468.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lys312 makes a schiff base with PLP. / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis 168 (枯草菌) / 遺伝子: gabR, ycnF, BSU03890 / プラスミド: pBAD18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P94426
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 1000, PEG 400, ethyleneglycol, calcium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 130131 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.86 / Net I/av σ(I): 45.119 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 797244
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.095.40.5863021.22395.6
2.09-2.125.70.49964271.24497
2.12-2.1660.44264441.27897.3
2.16-2.216.10.37864551.29297.5
2.21-2.266.30.32364601.3197.9
2.26-2.316.30.27664801.35797.9
2.31-2.376.30.22864911.41498.1
2.37-2.436.30.18965491.45998.3
2.43-2.56.40.15964991.50998.4
2.5-2.586.40.13665271.55498.3
2.58-2.686.30.11365231.66498.1
2.68-2.786.30.09465871.75999
2.78-2.916.30.0865671.89698.4
2.91-3.066.30.0766322.00599
3.06-3.256.30.0666092.2499
3.25-3.516.20.05266352.43998.7
3.51-3.866.20.0566612.79499.2
3.86-4.4260.04766823.03798.3
4.42-5.565.80.04666353.09197.4
5.56-505.70.03959662.65883.8

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMACrefmac_5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
RESOLVEモデル構築
REFMAC精密化
SOLVEモデル構築
REFMAC5精密化
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.941 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28442 6564 5 %RANDOM
Rwork0.23111 ---
obs0.23381 123479 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13936 0 0 563 14499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.97619196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94151738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52523.772639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.522152465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2831599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.22145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4255.1957027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9027.7618740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0445.4587176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.51543.75922187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20 / WRfactor Rwork: 0.348
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 470 -
Rwork0.291 8898 -
obs--95.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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