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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tuf | |||||||||
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タイトル | Catalytic domain of the major endoglucanase from Xanthomonas campestris pv. campestris | |||||||||
要素 | Major extracellular endoglucanase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Endoglucanase TIM barrel folding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Puhl, A.C. / Rosseto, F.R. / Polikarpov, I. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Substrate cleavage pattern, biophysical characterization and crystallographic structure of the major endoglucanase from Xanthomonas campestris pv. campestris 著者: Puhl, A.C. / Rosseto, F.R. / Stankovic, I. / Alvarez, T.M. / Squina, F.M. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tuf.cif.gz | 556.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tuf.ent.gz | 464.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tuf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2zumS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38413.172 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-371 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 株: ATCC 33913 / NCPPB 528 / LMG 568 / 参照: UniProt: P19487, cellulase #2: 化合物 | ChemComp-2HP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.77 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 2.0 M ammonium dihydrogen phosphate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→107.039 Å / Num. obs: 67461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.15 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZUM 解像度: 2.7→43.72 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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