[日本語] English
万見
- PDB-4tu6: Crystal structure of apo ATAD2A bromodomain with N1064 alternate ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tu6
タイトルCrystal structure of apo ATAD2A bromodomain with N1064 alternate conformation
要素ATPase family AAA domain-containing protein 2
キーワードGENE REGULATION / bromodomain- conserved asparagine conformations
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome ...nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Poncet-Montange, G. / Zhan, Y. / Bardenhagen, J. / Petrocchi, A. / Leo, E. / Shi, X. / Lee, G. / Leonard, P. / Geck Do, M. / Cardozo, M. ...Poncet-Montange, G. / Zhan, Y. / Bardenhagen, J. / Petrocchi, A. / Leo, E. / Shi, X. / Lee, G. / Leonard, P. / Geck Do, M. / Cardozo, M. / Palmer, W. / Andersen, J. / Jones, P. / Ladbury, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Observed bromodomain flexibility reveals histone peptide- and small molecule ligand-compatible forms of ATAD2.
著者: Poncet-Montange, G. / Zhan, Y. / Bardenhagen, J.P. / Petrocchi, A. / Leo, E. / Shi, X. / Lee, G.R. / Leonard, P.G. / Geck Do, M.K. / Cardozo, M.G. / Andersen, J.N. / Palmer, W.S. / Jones, P. / Ladbury, J.E.
履歴
登録2014年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
B: ATPase family AAA domain-containing protein 2
C: ATPase family AAA domain-containing protein 2
D: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1988
ポリマ－61,8144
非ポリマー3844
水4,071226
1
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5502
ポリマ－15,4541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5502
ポリマ－15,4541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5502
ポリマ－15,4541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5502
ポリマ－15,4541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.980, 108.600, 77.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGAA979 - 11081 - 130
21SERSERARGARGBB979 - 11081 - 130
12GLUGLUSERSERAA982 - 11074 - 129
22GLUGLUSERSERCC982 - 11074 - 129
13SERSERARGARGAA979 - 11081 - 130
23SERSERARGARGDD979 - 11081 - 130
14GLUGLUSERSERBB982 - 11074 - 129
24GLUGLUSERSERCC982 - 11074 - 129
15SERSERARGARGBB979 - 11081 - 130
25SERSERARGARGDD979 - 11081 - 130
16GLUGLUSERSERCC982 - 11074 - 129
26GLUGLUSERSERDD982 - 11074 - 129

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 15453.514 Da / 分子数: 4 / 断片: bromodomain (UNP residues 981-1108) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→61.923 Å / Num. obs: 32012 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.27→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.975

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
SCALA0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DAI

3dai


解像度: 2.27→44.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 12.917 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1571 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.192 31181 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→44.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4179 0 20 227 4426
Biso mean--64.47 35.9 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194295
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.985831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88839253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4985518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96623.829222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.215757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77160.14
12B77160.14
21A74960.14
22C74960.14
31A77960.13
32D77960.13
41B75090.12
42C75090.12
51B76770.13
52D76770.13
61C76650.11
62D76650.11
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 121 -
Rwork0.277 2134 -
obs--97.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2008-0.4228-0.33512.47060.79956.9334-0.0820.25990.02720.00220.00590.0890.4614-0.22160.0760.0403-0.0249-0.00850.04370.01580.1044-1.568-0.2175.696
23.6802-1.5735-1.60832.51551.72343.8151-0.06690.0107-0.080.20910.08670.06590.00340.0883-0.01970.1840.04070.03480.02680.04170.099317.534-25.6719.88
35.03680.35232.27221.9123-0.02113.1809-0.1615-0.02380.13830.09550.04150.0026-0.061-0.18040.11990.0325-0.0010.04310.0987-0.01160.11210.933-45.29135.471
41.4246-0.17410.48483.2546-1.50375.63140.01140.25710.1091-0.0733-0.2054-0.1438-0.5710.01160.19410.1303-0.01420.05690.0906-0.02750.1199-18.493-25.7351.032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A979 - 1108
2X-RAY DIFFRACTION2B979 - 1108
3X-RAY DIFFRACTION3C980 - 1107
4X-RAY DIFFRACTION3C1201
5X-RAY DIFFRACTION4D979 - 1108

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る