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- PDB-4tu0: CRYSTAL STRUCTURE OF CHIKUNGUNYA VIRUS NSP3 MACRO DOMAIN IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tu0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHIKUNGUNYA VIRUS NSP3 MACRO DOMAIN IN COMPLEX WITH A 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER
要素
  • 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER
  • Non-structural polyprotein 3
キーワードVIRAL PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / MARSEILLES STRUCTURAL GENOMICS PROGRAM AT AFMB / MSGP / ATP-BINDING / CYTOPLASM / HELICASE / HYDROLASE / MEMBRANE / NUCLEOTIDE-BINDING / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / RNA REPLICATION / RNA-BINDING / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization ...ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase ...: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / Polyprotein P1234
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morin, B. / Ferron, f.p. / Malet, h. / Coutard, b. / Canard, b.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF CHIKUNGUNYA VIRUS NSP3 MACRO DOMAIN IN COMPLEX WITH A 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER
著者: Morin, B. / Ferron, F.P. / Malet, H. / Coutard, B. / Canard, B.
履歴
登録2014年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation_author / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural polyprotein 3
B: Non-structural polyprotein 3
C: Non-structural polyprotein 3
D: Non-structural polyprotein 3
F: 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER
G: 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9588
ポリマ－76,7466
非ポリマー2122
水3,927218
1
A: Non-structural polyprotein 3
G: 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7382
ポリマ－19,7382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural polyprotein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7412
ポリマ－18,6351
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
3
C: Non-structural polyprotein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7412
ポリマ－18,6351
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
4
D: Non-structural polyprotein 3
F: 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7382
ポリマ－19,7382
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.371, 87.371, 84.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Non-structural polyprotein 3 / nsP3


分子量: 18635.123 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1334-1493 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: S27-African prototype / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS IQ (BIOLABS-C3016)
参照: UniProt: Q8JUX6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'- ...参照: UniProt: Q8JUX6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'-phosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, RNA-directed RNA polymerase
#2: RNA鎖 2'-5' OLIGOADENYLATE TRIMER / RNA (2'-R(*AP*AP*ATP)-5'')


分子量: 1102.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 46% PEG 600, 100MM HEPES, PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.86 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→75.67 Å / Num. obs: 32115 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0044精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GPG

3gpg


解像度: 2.3→75.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.272 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1594 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.177 29865 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→75.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4941 149 14 218 5322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0225334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.9997261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34623.75224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.46515890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4881540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.53268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74325281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74232066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4684.51979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 120 -
Rwork0.212 2139 -
obs--96.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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