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- PDB-4tsx: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Mutant Complexed with Allos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tsx
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Mutant Complexed with Allosteric Inhibitor
要素Integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HIV Integrase / CCD / H171T / DDE motif / dimer interface / allosteric inhibitor / ALLINI / quinoline
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LF0 / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Feng, L. / Kvaratskhelia, M.
引用ジャーナル: Retrovirology / 年: 2014
タイトル: The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
著者: Slaughter, A. / Jurado, K.A. / Deng, N. / Feng, L. / Kessl, J.J. / Shkriabai, N. / Larue, R.C. / Fadel, H.J. / Patel, P.A. / Jena, N. / Fuchs, J.R. / Poeschla, E. / Levy, R.M. / Engelman, A. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2014年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7134
ポリマ－18,1151
非ポリマー5983
水1,00956
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4268
ポリマ－36,2312
非ポリマー1,1956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area3910 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.248, 72.248, 66.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細Functional biological unit is the tetramer of full length protein

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 18115.402 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytical core Domain, UNP residues 50-212 / 変異: H171T, F185K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2WR39
#2: 化合物 ChemComp-LF0 / (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid


分子量: 405.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27NO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 277.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月24日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 15117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 2.431 / Net I/av σ(I): 48.449 / Net I/σ(I): 24.9 / Num. measured all: 73892
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-1.974.80.4454.227311.476100
1.97-2.014.80.3827641.542100
2.01-2.054.80.3397301.614100
2.05-2.094.80.2947501.777100
2.09-2.144.90.2497421.798100
2.14-2.184.90.1997431.915100
2.18-2.244.90.1817412.00399.7
2.24-2.34.90.157492.242100
2.3-2.374.90.1367502.125100
2.37-2.444.90.1227602.31100
2.44-2.534.90.1057372.59299.9
2.53-2.634.90.0937532.675100
2.63-2.754.90.0817452.768100
2.75-2.950.0697622.84199.7
2.9-3.0850.0627453.16699.7
3.08-3.324.90.0547693.14399.9
3.32-3.6550.0467593.21100
3.65-4.184.90.0457753.11299.9
4.18-5.264.90.0437783.027100
5.26-504.60.0398343.02599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.94→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2264 / WRfactor Rwork: 0.191 / FOM work R set: 0.8455 / SU B: 3.151 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1421 / SU Rfree: 0.1338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1517 10.1 %RANDOM
Rwork0.1899 13530 --
obs0.1931 15047 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134 Å2 / Biso mean: 46.193 Å2 / Biso min: 25.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 40 56 1212
Biso mean--49.64 52.34 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7351.9881599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1045140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8612546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.97115197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.515154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.614.414578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5466.544712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.174.668607
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.991 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 127 -
Rwork0.244 969 -
all-1096 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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