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万見
- PDB-4ts6: Crystal structure of the RIM C2A domain from Drosophila. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ts6
タイトルCrystal structure of the RIM C2A domain from Drosophila.
要素Rab3 interacting molecule variant 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / C2A domain
機能・相同性
機能・相同性情報


exocytosis / intracellular protein transport / small GTPase binding / synapse / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / RIM2-alpha zinc finger / Rim-like / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...: / RIM2-alpha zinc finger / Rim-like / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab3 interacting molecule variant 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Hatzopoulos, G.N. / Shiroma, J. / Vakonakis, I.
引用ジャーナル: Brain / 年: 2022
タイトル: The human cognition-enhancing CORD7 mutation increases active zone number and synaptic release.
著者: Paul, M.M. / Dannhauser, S. / Morris, L. / Mrestani, A. / Hubsch, M. / Gehring, J. / Hatzopoulos, G.N. / Pauli, M. / Auger, G.M. / Bornschein, G. / Scholz, N. / Ljaschenko, D. / Muller, M. / ...著者: Paul, M.M. / Dannhauser, S. / Morris, L. / Mrestani, A. / Hubsch, M. / Gehring, J. / Hatzopoulos, G.N. / Pauli, M. / Auger, G.M. / Bornschein, G. / Scholz, N. / Ljaschenko, D. / Muller, M. / Sauer, M. / Schmidt, H. / Kittel, R.J. / DiAntonio, A. / Vakonakis, I. / Heckmann, M. / Langenhan, T.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab3 interacting molecule variant 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0442
ポリマ－14,9521
非ポリマー921
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.080, 38.700, 131.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rab3 interacting molecule variant 2


分子量: 14952.046 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 836-962 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Rim / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5M2P5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-lithium citrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→65.68 Å / Num. obs: 13188 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.806 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.39 / Num. measured all: 90891
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.92-1.970.6940.6431.976649176317560.75199.6
1.97-2.020.8710.3973.096723176917690.462100
2.02-2.080.8770.3373.796314166416620.39499.9
2.08-2.150.9140.2924.326499171117090.3499.9
2.15-2.220.9650.2135.75791152015190.24899.9
2.22-2.290.960.1886.766072159315920.21999.9
2.29-2.380.9730.1567.885510144614440.18299.9
2.38-2.480.9780.1398.945513145514540.16299.9
2.48-2.590.9850.11510.445177136913650.13599.7
2.59-2.720.9910.08813.164900129912990.102100
2.72-2.860.9920.07814.994720125412490.09199.6
2.86-3.040.9950.06217.954399117711700.07299.4
3.04-3.250.9970.04921.854226114411360.05799.3
3.25-3.510.9970.04324.533763102810200.0599.2
3.51-3.840.9970.03927.1634459409280.04598.7
3.84-4.290.9980.03727.9931118538450.04499.1
4.29-4.960.9970.03329.1327457707600.03998.7
4.96-6.070.9990.02728.3624376366320.03199.4
6.07-8.590.9990.02628.7719265015000.0399.8
8.590.9990.02528.689712812690.02995.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless3.11データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MrBUMP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BWQ

2bwq


解像度: 1.92→65.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8336 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 648 4.93 %
Rwork0.1843 12492 -
obs0.186 13140 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.22 Å2 / Biso mean: 37.6901 Å2 / Biso min: 15.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→65.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1017 0 6 94 1117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.191436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.69392
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9201-2.06830.2951370.22672418
2.0683-2.27650.24711200.19622486
2.2765-2.60590.20931320.19542442
2.6059-3.28320.2551200.19092517
3.28320.1881390.17042629
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.3144 Å / Origin y: 4.2403 Å / Origin z: -17.8546 Å
111213212223313233
T0.1424 Å2-0.0329 Å20.0283 Å2-0.2094 Å2-0.0483 Å2--0.2187 Å2
L2.5579 °2-0.7521 °2-0.7027 °2-2.9456 °21.0375 °2--3.2253 °2
S-0.0471 Å °-0.3888 Å °0.2443 Å °-0.0716 Å °0.176 Å °-0.3199 Å °-0.0017 Å °0.1437 Å °-0.1061 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid -1 through 962)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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