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- PDB-4ts1: CRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF A TYROSYL-T/RNA SYNTHET... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ts1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DELETION MUTANT OF A TYROSYL-T/RNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TYROSINE
要素TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE (SYNTHETASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / regulation of protein complex stability / tRNA binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brick, P. / Blow, D.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal structure of a deletion mutant of a tyrosyl-tRNA synthetase complexed with tyrosine.
著者: Brick, P. / Blow, D.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure of Tyrosyl-T/RNA Synthetase Refined at 2.3 Angstroms Resolution. Interaction of the Enzyme with the Tyrosyl Adenylate Intermediate
著者: Brick, P. / Bhat, T.N. / Blow, D.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Interaction of Crystalline Tyrosol-T/RNA Synthetase with Adenosine, Adenosine Monophosphate, Adenosine Triphosphate and Pyrophosphate in the Presence of Tyrosinol
著者: Monteilhet, C. / Blow, D.M. / Brick, P.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1983
タイトル: Deletion Mutagenesis Using an M13 Splint. The N-Terminal Structural Domain of Tyrosyl-T/RNA Synthetase (B. Stearothermophilus) Catalyses the Formation of Tyrosyl Adenylate
著者: Waye, M.M.Y. / Winter, G. / Wilkinson, A.J. / Fersht, A.R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Tyrosyl-T/RNA Synthetase Forms a Mononucleotide-Binding Fold
著者: Bhat, T.N. / Blow, D.M. / Brick, P. / Nyborg, J.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Binding of Tyrosine, Adenosine Triphosphate and Analogues to Crystalline Tyrosyl Transfer RNA Synthetase
著者: Monteilhet, C. / Blow, D.M.
履歴
登録1989年6月29日処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
B: TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0774
ポリマ－72,7142
非ポリマー3622
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.460, 67.060, 61.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: MET 1 - SIDE CHAIN OMITTED IN CHAINS A AND B. / 2: LYS 83 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B. / 3: SER 84 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN B. / 4: ARG 86 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B. / 5: THR 87 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN A. / 6: LYS 91 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAINS A AND B. / 7: GLU 92 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B. / 8: ARG 100 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A.
9: GLU 103 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
10: GLU 112 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
11: ASP 114 - SIDE CHAIN OMITTED IN CHAINS A.
12: GLN 155 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
13: ILE 158 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN A. - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN B.
14: GLU 159 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
15: ARG 214 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
16: ILE 222 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
17: LYS 230 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A. - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN B.
18: LYS 233 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
19: THR 234 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
20: GLU 235 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
21: SER 236 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN A. / 22: LYS 243 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN B.
23: GLU 276 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A. - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN B.
24: GLN 283 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN A.
25: ARG 286 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
26: GLU 287 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAINS A AND B.
27: GLU 290 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAINS A AND B.
28: LYS 291 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAINS A AND B.
29: ARG 292 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A. / 30: LYS 296 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A. / 31: GLU 309 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN B.
32: GLU 310 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A. - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN B.
33: ARG 313 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN A AND B. / 34: GLU 314 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED IN CHAIN A. / 35: ARG 317 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED IN CHAIN A.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1606, -0.7198, 0.6754), (-0.7351, -0.3694, -0.5685), (0.6587, -0.5877, -0.4698)22.91, 33.08, 7.05
2given(-0.0936, -0.7155, 0.6923), (-0.7722, -0.3868, -0.5042), (0.6285, -0.5817, -0.5163)19.78, 35.47, 7.73
詳細THE TRANSFORMATION PROVIDED ON THE *MTRIX 1* RECORDS BELOW YIELDS APPROXIMATE COORDINATES FOR RESIDUES 1-220 OF THE *A* CHAIN WHEN APPLIED TO THE EQUIVALENT RESIDUES OF THE *B* CHAIN. THE TRANSFORMATION PROVIDED ON THE *MTRIX 2* RECORDS BELOW YIELDS APPROXIMATE COORDINATES FOR RESIDUES 221-313 OF THE *A* CHAIN WHEN APPLIED TO THE EQUIVALENT RESIDUES OF THE *B* CHAIN.

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要素

#1: タンパク質 TYROSYL-tRNA SYNTHETASE


分子量: 36357.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: M13 / 参照: UniProt: P00952, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mMprotein1drop
21 mMtyrosine1drop
36 %(w/v)polyethylene glycol 40001drop
412 %polyethylene glycol1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 26176 / % possible obs: 94.3 % / Num. measured all: 64683 / Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2.5 Å /
Rfactor反射数
obs0.187 25459
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4820 0 26 144 4990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0570.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.21.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.82.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.871.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.792.25
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.170.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.20.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.30.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / 最高解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 25459 / Rfactor obs: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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