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- PDB-4try: Structure of BACE1 complex with a HEA-type inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4try
タイトルStructure of BACE1 complex with a HEA-type inhibitor
要素
  • Beta-secretase 1
  • GLU-ILE-TIH-THC-NVA
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrase proteinase converting / designed inhibitor / hydrase-inhibitor complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
syn-HEA type inhibitor / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
Model detailssyn-HEA, aki213a
データ登録者Akaji, K. / Teruya, K. / Akiyama, T. / Sanjho, A. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of BACE1 complex with an anti-HMC-type inhibitor
著者: Akaji, K. / Teruya, K. / Akiyama, T. / Sanjho, A. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
D: GLU-ILE-TIH-THC-NVA
E: GLU-ILE-TIH-THC-NVA
F: GLU-ILE-TIH-THC-NVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9336
ポリマ－131,9336
非ポリマー00
水77543
1
A: Beta-secretase 1
D: GLU-ILE-TIH-THC-NVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9782
ポリマ－43,9782
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
E: GLU-ILE-TIH-THC-NVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9782
ポリマ－43,9782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
F: GLU-ILE-TIH-THC-NVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9782
ポリマ－43,9782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.326, 102.618, 101.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 43281.832 Da / 分子数: 3
断片: beta-site amyloid precursor protein-converting enzyme
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: タンパク質・ペプチド GLU-ILE-TIH-THC-NVA / syn-HEA type inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 695.847 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was designed and chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: syn-HEA type inhibitor
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100mM Sodium citrate pH5.0, 200mM Ammonium sulfate, 22% v/v PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日 / 詳細: horizontal focusing mirror
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.1 % / 数: 172450 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.22 / D res high: 2.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42426 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.465010.0341.2943.9
5.927.4610.0411.0894
5.175.9210.0461.1134.1
4.75.1710.051.2884.1
4.364.710.0611.7584.1
4.114.3610.0721.7354.1
3.94.1110.0761.4244.1
3.733.910.0831.2674.1
3.593.7310.1021.2654.1
3.463.5910.1191.1994.1
3.363.4610.1531.2184.1
3.263.3610.1971.1764.1
3.173.2610.2311.1394.1
3.13.1710.2761.1284.1
3.033.110.3261.0744.1
2.963.0310.3861.0364.1
2.92.9610.4651.0634.1
2.852.910.5231.0374.1
2.82.8510.6311.0274.1
2.752.810.7591.0434.1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 42426 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.218 / Net I/av σ(I): 17.067 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 172450
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.75-2.84.10.75921051.043100
2.8-2.854.10.63121281.027100
2.85-2.94.10.52320961.037100
2.9-2.964.10.46520991.063100
2.96-3.034.10.38621251.036100
3.03-3.14.10.32620911.074100
3.1-3.174.10.27621321.128100
3.17-3.264.10.23121161.139100
3.26-3.364.10.19721081.176100
3.36-3.464.10.15321091.218100
3.46-3.594.10.11921131.199100
3.59-3.734.10.10221391.265100
3.73-3.94.10.08321041.267100
3.9-4.114.10.07621351.424100
4.11-4.364.10.07220961.735100
4.36-4.74.10.06121191.758100
4.7-5.174.10.0521361.288100
5.17-5.924.10.04621431.113100
5.92-7.4640.04121411.089100
7.46-503.90.03421911.29499.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータ削減
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOLREPモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QP8

2qp8


解像度: 2.75→49.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 26.632 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.9 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2517 2139 5 %RANDOM
Rwork0.1795 40264 --
obs0.183 42403 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 242.91 Å2 / Biso mean: 54.999 Å2 / Biso min: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.04 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9283 0 90 43 9416
Biso mean--53.07 48.55 -
残基数----1169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.029537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.95712972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9873.00720334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.09251161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22823.958432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.214151494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8231551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0735.4194662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0745.4194660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6558.125817
LS精密化 シェル解像度: 2.755→2.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 167 -
Rwork0.278 2866 -
all-3033 -
obs--96.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51550.058-0.02911.2128-0.17110.2245-0.08280.04380.02610.0170.09370.1011-0.07360.0113-0.01080.0829-0.0062-0.02680.05050.01030.022933.86950.852921.2757
20.64450.247-0.32551.04060.02230.60210.0648-0.03790.00290.093-0.04860.02340.0044-0.0423-0.01620.02950.0061-0.00990.08880.0250.03389.8477-39.084741.3737
31.4849-0.677-0.04990.3269-0.05420.63530.0388-0.046-0.3338-0.02890.00940.1662-0.02680.1386-0.04820.0304-0.0056-0.03250.0524-0.02120.11958.37-41.660816.4591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 446
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 510
3X-RAY DIFFRACTION2B60 - 447
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 515
5X-RAY DIFFRACTION3C60 - 447
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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